Снип минимальная глубина заложения фундамента: Глубина заложения ленточного фундамента дома

Глубина заложения ленточного фундамента дома


III. Упрощенный расчет монолитного малозаглубленного ленточного фундамента для стандартных случаев

Глубина заложения ленточного фундамента
Определяя глубину заложения ленточного фундамента, следует иметь в виду следующие принципиальные факторы:

  • Фундамент должен опираться на грунт с достаточной несущей способностью.
  • На глинистых грунтах фундамент должен прорезать слои, где возможны сезонные движения грунта из-за изменения режима влажности (влияние растительного покрова, кустарника, деревьев).
  • Фундамент должен прорезать слои, где возможны движения грунтов при замерзании.
  • Фундамент должен опираться на грунты, несущая cпособность которых не меняется при водонасыщении.
  • С увеличением глубины заложения фундамента, основание способно нести большие нагрузки.

Выбор рациональной глубины заложения фундаментов в зависимости от учета указанных выше условий рекомендуется выполнять на основе технико-экономического сравнения различных вариантов.  При требуемой большой глубине заложения ленточного фундамента возможно дешевле будет применить фундамент другого типа: свайный, свайно-ростверковый или поверхностный фундамент из монолитной железобетонной плиты. Максимальная экономически оправданная глубина заложения ленточного фундамента по английским рекомендациям  –

2,5 метра.   
Минимальная глубина заложения мелкозаглубленного ленточного фундамента определяется глубиной промерзания грунта, степенью пучинистости грунта и высотой грунтовых вод. Чем больше в грунте воды и чем ближе она к поверхности (уровню планировки), чем больше глубина промерзания грунта, тем сильнее будут силы пучения, воздействующие на малозаглубленный фундамент снизу, по касательной и сбоку. Эти силы будут выталкивать малозаглубленный фундамент к поверхности, и будут сдавливать фундамент. Чтобы снизить степень воздействия этих сил, ленточный фундамент придется заглублять. Кроме заглубления на силы морозного пучения можно влиять утеплением грунта, полной или частичной заменой грунта, его уплотнением, водоотведением и дренированием.
Заложение ленточного фундамента  на глубину менее глубины сезонного промерзания грунтов возможно только при проведении «специальных теплотехнических мероприятия, исключающие промерзание грунтов» [пункт 2.29 СНиП 2.02.01-83, пункт 12.2.5 СП 50-101-2004].Втерриториальных строительных нормах ТСН МФ-97 Московской области указывается, что при проектировании и устройстве мелкозаглубленных фундаментов малоэтажных зданий рекомендуется “применение утеплителей, укладываемых под отмостку” с обязательной защитой их гидроизоляцией.
По строительным нормам Великобритании минимальная глубина заложения мелкозаглубленного ленточного фундамента на всех типах грунтов (кроме скального и глинистого) равняется
45 см BR 2010, A1/2, 2E4]. По отечественным нормам [п. 2.30 СНиП 2.02.01-83] минимальная глубина заложения ленточного фундамента составляет 50 см.
На скальном грунте, при физической невозможности заглубления, ленточный фундамент может быть устроен прямо на поверхности без заглубления.  Минимальная глубина закладки мелкозаглубленного ленточного фундамента на глинистых (и других пучинистых) грунтах по британским нормам составляет 75 см (оптимальная глубина заложения 90-100 см).

Таблица №15. Рекомендуемые минимальные глубины заложения ленточных фундаментов (Великобритания).


Грунт

Глубина заложения фундамента

Примечание

Скальный, каменистый грунт

45 см или менее

При невозможности заглубления фундамент может устраиваться по поверхности земли.

Глина

75 -100 см

Глубина заложения фундамента может быть увеличена при наличии близко растущих  деревьев.

Пески, супеси, суглинки

45-90 см

 

В «Рекомендациях по проектированию оснований и фундаментов на пучинистых грунтах» (Москва, 1972) указывается, что наиболее рациональным решением при проектировании фундаментов будет заложение ленточных фундаментов на глубину 0,5-0,6 м от планировочной отметки. При этом должны быть предусмотрены следующие инженерно-мелиоративные и строительно-конструктивные мероприятия, направленные на снижение потенциала пучинистости подлежащих грунтов.  Под ленточным фундаментом должна быть устроена песчаная подушка минимальной толщиной 20 см и максимальной – до трех размеров ширины фундамента. Рядом с фундаментом в траншее ниже песчаной подушки устроить систему дренажа с отводом воды в нижележащие песчаные слои или вниз по рельефу. Толщина засыпки пазух между фундаментом и грунтом должна составить не менее 20 см. Вокруг здания на ширину 2-3 м по поверхности уложить 10-15 см почвенный слой с уклоном от здания и посеять многолетние дернообразующие травы. При невозможности задернения поверхности грунта вокруг здания следует сделать отмостку шириной до 1 м.

В некоторых отечественных нормативных документах определено ограничение использование технологии малозаглубленного ленточного фундамента в климатических зонах с глубиной промерзания грунта свыше 1,7 метра. Также, в случае чрезмерной мягкости, возможной подвижности (пески, супеси, водонасыщенные грунты) и малой несущей способности поверхностных слоев почвы, глубина заложения мелкозаглубленного ленточного фундамента может быть увеличена до глубин достижения грунтов с хорошими несущими способностями и стабильными характеристиками.
Глубину заложения мелкозаглубленного ленточного фундамента допускается назначать независимо от расчетной глубины промерзания, если фундамент опираются на пески с подтвержденным отсутствием пучинистости. Другой возможностью отступить от привязки глубины заложения ленточного фундамента к глубине промерзания грунта являются » специальные теплотехнические мероприятия, исключающие промерзание грунтов» [Пункт 2.29 СНиП 2.02.01-83].

Таблица №16. Рекомендуемые минимальные глубины заложения ленточных фундаментов.*


Расчетная глубина промерзания условно непучинистого грунта

Расчетная глубина промерзания слабо пучинистого грунта твердой и полутвердой консистенции

Глубина заложения фундамента

до 2 метров

до 1 метра

0,5 м

до 3 метров

до 1,5 метров

0,75 м

Более 3 метров

от 1,5 до 2,5 м

1 м

 

от 2,5 до 3,5 м

1,5 м

* Таблица адаптирована на основании таблицы №2  п. 2.30 СНиП 2.02.01-83 «Основания зданий и сооружений»

То есть речь идет о горизонтальном утеплении грунта и вертикальном утеплении мелкозаглубленного ленточного фундамента в совокупности с постоянным поддержанием положительной температуры в доме. По нормам IBC/IRС-2012 R403.3, глубина фундамента может не достигать глубины промерзания, если грунт и фундамент утеплены, и в здании круглогодично поддерживается температура не менее 18 °С Наличие высоко стоящих грунтовых вод может внести свои коррективы в глубину заложения ленточного фундамента. При высоком уровне грунтовых вод вполне возможно, что мелкозаглубленный ленточный фундамент придется превращать в глубоко заглубленный ленточный фундамент. Для ориентира следует руководствоваться требованиями

п. 2.30 СНиП 2.02.01-83 «Основания зданий и сооружений»:

Таблица  №17.   Глубина заложения фундаментов зданий  с холодными подвалами и техническими подпольями (имеющими отрицательную температуру в зимний период) в зависимости от глубины расположения уровня подземных вод и глубины сезонного промерзания. *

     


Грунты под подошвой фундамента, залегающие на глубину не менее нормативной глубины промерзания

Глубина заложения фундаментов в зависимости от глубины расположения уровня подземных вод и глубины сезонного промерзания

Уровень глубины подземных вод выше уровня глубины промерзания грунта + 2 метра

Уровень глубины подземных ниже уровня глубины промерзания + 2 метра

Скальные, крупнообломочные с песчаным заполнителем, пески гравелистые, крупные и средней крупности

не зависит от глубины промерзания грунта

не зависит от глубины промерзания грунта

Пески мелкие и пылеватые

не менее глубины промерзания грунта

не зависит от глубины промерзания грунта

Супеси

не менее глубины промерзания грунта

не зависит от глубины промерзания грунта

Cуглинки, глины, а также крупно-обломочные грунты с пылевато-глинистым заполнителем

не менее глубины промерзания грунта

Не менее ½ глубины промерзания грунта

* Таблица адаптирована на основании таблицы №2  п. 2.30 СНиП 2.02.01-83 «Основания зданий и сооружений»
Минимальные расстояния от границы промерзания грунта до уровня подземных вод, при котором грунтовые воды не оказывают влияния на увлажнение промерзающего грунта можно определить по следующей таблице:  

Таблица №18. Минимальные расстояния от границы промерзания грунта до уровня подземных вод *


Наименование грунта

Значение минимального расстояния до уровня подземных вод, м

Глина с монтмориллонитовой и иллитовой основой

3,5

Глины с каолинитовой основой

2,5

Суглинки пылеватые

2,5

Суглинки

2,0

Супеси пылеватые

1,5

Супеси

1,0-1,3

Пески пылеватые

1,0

Пески мелкие

0,8

* Таблица адаптирована с упрощениями на основании таблицы №3  ВСН 29-85 «Проектирование мелкозаглубленных фундаментов на пучинистых грунтах».

Если грунт на вашем участке пучинистый и грунтовые воды стоят высоко, то целесообразно подумать о применении другого типа фундамента: свайного или свайно-ростверкового (свайный фундамент с несущими балками). Такой фундамент не боится ни морозного пучения, ни высокого грунтовых вод.

Стоп-халтура! Под свайным фундаментом понимаются бетонные сваи на опорных площадках, сваи ТИСЭ, буронабивные сваи, или винтовые сваи большого диаметра промышленного производства из толстостенной оцинкованной или нержавеющей стальной трубы. Для жилых зданий предлагаются винтовые сваи с несколькими уровнями лопастей для увеличения несущей способности и предупреждения просадки свай. Такие сваи могут быть установлены только механизированным способом. Тонкостенные (4 мм) винтовые сваи из бывшей в употреблении трубы, диаметром 10 см из неоцинкованной стали, с кустарно приваренными лопастями, закручиваемые в землю ручным сбособом, подойдут только для неответственных сооружений  типа времянок, небольших садовых домиков, беседок, гульбищ, дек, настилов, сараев, туалетов и заборов. 

Как определить глубину зелегания фундамента

Минимальная глубина заложения фундамента зависит от нескольких ключевых факторов:

  • — от характера грунта;
  • — от уровня грунтовых вод;
  • — от уровня промерзания грунта;
  • — от капитальности здания;
  • — от конструктивных особенностей здания (наличие подвалов, нескольких этажей, фундаментов примыкающих зданий).


Наименьшая допустимая глубина заложения фундамента 50 см от поверхности планировки.

Для одноэтажных промышленных зданий без динамических нагрузок и кранов, а также для гражданских и жилых зданий высотой не более двух этажей, в случае промерзания грунта на 70 см и более, нижняя часть фундамента может быть заменена на подушку из щебня, гравия, крупного или среднезернистого песка.

В этом случае высота верхней каменной части фундамента должна быть не менее полуметра. Если в качестве подушки используется среднезернистый песок, то основание подушки должно превышать уровень грунтовых вод.

Когда фундамент или фундаментная подушка закладывается на пылеватом или мелком песке, суглинке, глине или супеси, все перечисленные грунты основания должны быть хорошо защищены от попадания воды с поверхности.

Для этого необходимо устроить вокруг здания водоотводные лотки или отмостки. Глубина заложения такого фундамента должна превышать расчетную глубину промерзания грунта.

Фундаменты внутренних колонн и стен отапливаемых зданий закладываются вне зависимости от глубины промерзания грунта и уровня грунтовых вод. Однако глубина заложения таких фундаментов не должна быть менее 50 см.

Если фундаменты внутренних стен закладываются выше стен наружных фундаментов, возникает необходимость заложить основание против промерзания. Такое основание закладывается как в период строительства, так и после его окончания.

Расчет глубины  по СНиП

Согласно СНиП, фундаменты закладываются в зависимости от степени промерзания грунтов. Глубину промерзания грунта определяют по формуле:

где kh — коэффициент, определяющий насколько тепловой режим здания влияет на промерзание грунта у наружных стен,

а dfn — нормативная глубина промерзания грунта.

Значение коэффициента в зависимости от особенностей сооружения:

Конструктивные особенности сооруженияКоэффициент kh при среднесуточной температуре воздуха в помещениях, примыкающих к наружным фундаментам, °С
05101520 и более
Без подвала с полами, устраиваемыми:
по грунту0,90,80,70,60,5
на лагах по грунту1,00,90,80,70,6
по утепленному цокольному перекрытию1,01,00,90,80,7
С подвалом или техническим подпольем0,80,70,60,50,4

Глубина заложения фундаментов зданий без подвалов считается от уровня планировки, при наличии подвалов — от пола подвала.

Фундамент здания, а также его отсеков, во всех точках должен закладываться на одном уровне.

Глубина заложения в зависимости от типа фундамента

Ленточный фундамент

Ленточный фундамент закладывают по всему периметру строения. При закладке такого фундамента учитывается толщина стен как внутренних, так и внешних.

Фундамент ленточного типа чаще всего имеет форму трапеции, прямоугольника, иногда это ступенчатые фундаменты, или фундаменты с расширенной нижней частью.

Ленточные фундаменты делятся на сборные и монолитные. Монолитные более надежны и долговечны. Помимо этого монолитные фундаменты совместимы со зданиями любого типа и формы.

Сборный фундамент быстрее сооружается, за счет этого дороже стоит. В сборных фундаментах не исключается отсутствие герметичности стыков плит, что может привести к попаданию воды.

Встречаются ленточные фундаменты кирпичные и бутовые. Кирпичный фундамент заложить сложнее, к тому же такие фундаменты не слишком прочны. Бутовые фундаменты более прочные, но дорогостоящие.

Укладка бутового фундамента осложняется подбором одинаковых бутовых камней.

Ленточные фундаменты закладывают на ниже глубины промерзания на 20 см, но не более 50-70 см от уровня планировки.

Свайный фундамент

Свайные фундаменты наиболее популярны. Такие фундаменты очень прочны и практически не деформируются. Чаще всего сваи для такого фундамента изготавливаются из тяжелого бетона. Выбор свай для фундамента определяется типом грунта.

Фундамент свайного типа закладывается на глубину от 100 см и выше. Расчет глубина залегания такого фундамента также определяется типом грунта.

Сборный фундамент

Сборный фундамент, называемый также блочным, закладывают под частные дома небольших размеров. Как правило, это дома с цокольным этажом и подвалом.

Чаще всего сборные фундаменты закладывают на песчаной почве. Не рекомендуется укладка фундаментов данного типа на глине и суглинке. Глубина заложения блочного фундамента — 1-2 блока.

Столбчатый фундамент

Такие фундаменты закладывают под здания облегченной конструкции. Это сооружения со стенами из каркасно-щитовых материалов или дерева.

Столбы фундамента изготавливаются из бетона, кирпича, камня, иногда из дерева, и имеют длительный срок эксплуатации. Сам процесс заложения фундамента сравнительно простой и экономичный.

Фундаменты столбчатого типа стоит применять в районах, где промерзание почвы очень сильное. К недостаткам таких фундаментов можно отнести их нестабильность. Фундамент столбчатого типа закладывают на глубину, на 10-25 см превышающую промерзания грунта.

Плитный фундамент

Сплошные или плитные фундаменты закладывают на почвах с высоким уровнем грунтовых вод. Иногда такие фундаменты применяют на песчаных подушках или вспучивающихся грунтах. Фундамент сплошной конструкции складывается из монолитных железобетонных плит.

Сплошные фундаменты устойчивы к любым перемещениям грунта, горизонтальным и вертикальным. Заложить такой фундамент довольно просто, однако процесс это довольно дорогостоящий из-за объема материалов.

Глубина заложения плитного фундамента 40-50 см.

Глубина заложения фундамента –

При любом строительстве глубина заложения фундамента является одной из важнейших расчетных проектных характеристик. Она определяется по нормам СНиП 2.02.01-83 и выполнить правильный расчет можно самостоятельно. От правильного расчета зависит несущая способность всего здания и его долговечность, а также стоимость самих работ и материалов. Наша компания готова заняться строительством фундамента под ключ Вашего дома.

Глубина заложения фундамента зависит от типа грунта, глубины промерзания, от параметров и назначения постройки, климатической зоны. Основная характеристика почвы в этом случае — пучинистость или непучинистость. Пучинистые грунты промерзают в зимнее время, в результате чего увеличиваются в объеме. Непучинистыми являются почвы, где земля не промерзает в силу климатических условий или имеют скальную каменистую, песочную структуру.

В наших климатических условиях большинство грунтов являются пучинистыми. Глубина заложения фундамента в них определяется глубиной промерзания грунта:

при глубине промерзания до 1 м фундамент закладывается на глубину 0.5 м;

  • при промерзании до 1.5 м фундамент закладывается на 0.75 м;
  • промерзание о 2.5 м — закладка на 1 м;
  • промерзание на 3.5 м — фундамент на глубине 1.5 м.

Другие величины принимаются на непучинистых почвах:

  • промерзание до 2 м — закладка на 0.5 м;
  • промерзание до 3 м — фундамент на 0.75 м;
  • промерзание от 3 м — фундамент на глубине 1 м.

До недавнего времени использовалось общее правило для всех типов почв: глубина заложения фундамента принималась на 0.5 м ниже, ем глубина промерзания. Но такой подход делает строительство слишком затратным и сейчас чаще используется достаточная минимальная безопасная глубина.

Принимается во внимание и вес строения, который рассчитывается исходя из массы используемых материалов, предполагаемого внутреннего оборудования и коммуникаций, нагрузок в зависимости от сезонных условий. При деревянном домостроении глубина заложения фундамента может быть меньше, чем при возведении тяжелых кирпичных жомов, но при расчете во внимание принимаются обильные снегопады.

Если к уже существующим строениям достраиваются новые корпуса, вес готовой конструкции также должен учитывать общую массу всего строения, часть которой придется на фундамент новой конструкции. Пользуясь параметрами СНиПа, можно учесть все необходимые данные и выбрать оптимальную по характеристикам и стоимости работ глубину заложения фундамента.

Как рассчитать глубину заложения фундамента

Качественно построенный фундамент гарантирует надежность и долгий срок эксплуатации жилого дома. Главной его характеристикой является устойчивость, обеспечиваемая использованием хороших стройматериалов и созданием правильного проекта. Грамотно спроектированная и возведённая основа способна выдержать любое давление и сохранить целостность конструкции дома на долгие годы. Поэтому важно использовать не только качественные материалы, но и рассчитать глубину заложения фундамента.

Содержание

  • Как определить тип фундамента
    • Грунт
    • Грунтовые воды
    • Промерзание грунта
  • Фундаменты для домов из различных материалов
    • Фундамент под сруб
    • Фундамент для дома из газобетона
    • Фундамент для дома из кирпича
Как определить тип фундамента

Определение наиболее подходящего типа фундамента для будущего дома, а также глубины его заложения начинается с исследования почвы. Именно от характера грунта зависит из чего и каким образом будет строиться фундамент, а следовательно – во сколько он обойдется хозяину.

Глубина заложения фундамента зависит от следующих факторов:

  • особенности грунта,
  • уровня залегания грунтовых вод,
  • глубины промерзания почвы,
  • характеристик конструкции будущего дома (этажности, из чего будет построен, с подвалом или без и т.д.).
Грунт

Чтобы определить гидрогеологические особенности грунта, необходимо взять пробу. Для этого сперва следует выявить глубину промерзания, а затем пробурить землю на 50-70 см ниже этого уровня. Только таким образом можно узнать несущую способность грунта и, как следствие, глубину заложения фундамента. СНиП работ по исследованию почвы определяет глубину в соответствии с ее характером.

Виды грунтов:

  • скалистый – самый устойчивый вид грунта, характеризующийся тем, что не промерзает и не впитывает влагу. Фундамент на такой почве можно не заглублять вовсе и закладывать по поверхности,
  • крупнообломочный – надежный устойчивый грунт, наполовину состоящий из обломков скал, булыжников, крупных фракций щебня или гравия. Но если в составе такого грунта присутствует изрядная доля глины или мелкого песка, то несущая способность его значительно ослабевает. Это будет уже пучинистый грунт, и расчет глубины заложения фундамента в него должен равняться не меньше 50 см,
  • песчаный – состоит из частиц кварца, смеси минералов и глины (не больше 3%). Чем крупнее частички песка, тем более устойчивым будет грунт. Когда коробка дома давит своей тяжестью на фундамент, а он, в свою очередь – на грунт, то средние и крупные фракции становятся плотнее друг к другу. Минимальная глубина заложения фундамента в такую землю составляет 40-70 см. Более мелкие частицы песка просто «обтекают» фундамент и не являются надежным основанием для строительства дома. Такая почва сильно впитывает и задерживает воду. Если построить дом на мелкопесчаной земле, она будет просаживаться под ним каждый год все больше и больше,
  • глинистый – состоит из очень маленьких частиц и прекрасно впитывает влагу. Такой грунт легко размывается, деформируется и вспучивается. Чем влажнее глинистая земля, тем сильнее она будет вспучиваться (увеличиваться в объемах при замерзании). Логично, что в сильные морозы такой грунт будет оказывать колоссальное давление на фундамент, в результате чего может просто сломать или вытолкнуть его. Глинистые почвы бывают нескольких видов: непосредственно глина, суглинок и супесь. Чтобы определить глубину заложения фундамента, необходимо выяснить, к какому типу глинистого грунта принадлежит почва на вашем участке. Пылевато-глинистая основа самая ненадежная, и фундамент необходимо углублять на 20-30 см ниже уровня промерзания,
  • илистый (лёссовый) – непригодный для строительства грунт, поскольку очень непредсказуемый и непрочный,
  • торфянистый – для строительства фундамента такой грунт необходимо укрепить, чтобы во время таяния снегов или обильных дождей он не превратился в плывун. Для этого надо изъять пористые слои земли и установить дренажи (подушки из крупного песка и гравия высотой от 50 см до метра). На подушки следует опереть фундамент.
Грунтовые воды

Выбор глубины заложения фундамента также зависит от того, насколько близко к поверхности проходят грунтовые воды. Если они лежат на уровне 1,5-2 метров, то фундамент закладывается не глубже 50 см. К слову, полметра – это минимальная глубина, на которую положено закладывать фундамент. Максимальная глубина составляет 30 см ниже точки промерзания земли.

Не стоит забывать, что глубина заложения фундамента зависит и от особенностей самого дома. Их надо соотносить с характером грунта и делать соответствующие выводы. Так, почва может даже диктовать условия для выбора стройматериалов, из которых будет построена коробка. Например, будет нерационально делать глубоко заглубленный фундамент под легким домом из газоблоков, и наоборот – фундамент мелкого заложения, глубина которого не превышает 50 см, может не выдержать тяжелый кирпичный дом в несколько этажей.

Промерзание грунта

Мы уже выяснили, что от уровня подземных вод зависит многое, но этот фактор нельзя рассматривать отдельно. Уровень залегания вод всегда сопряжен со степенью промерзания, а, следовательно, — с пучинистостью грунта. Так, идеальным условием для строительства фундамента является ситуация, когда глубина промерзания меньше, чем уровень залегания грунтовых вод. Когда же почва промерзает очень глубоко, и холод затрагивает грунтовые воды, они превращаются в лед. Происходит следующее: вода затвердевает, увеличивается в размерах, давит на частицы грунта и заставляет его деформироваться. По весне вода тает, а вспучившийся за зиму грунт превращается в «кашу» и проседает. В таком случае ни о какой прочности и надежности фундамента не может быть и речи.

Если промерзание захватывает грунтовые воды, можно сделать следующее:

  • Понизить уровень грунтовых вод посредством осушения, прокладки дренажных канав и т.д.
  • Выбрать самый надежный тип фундамента, наиболее подходящий для пучинистых почв и не жалеть денег на строительство.
  • Фундаменты для домов из различных материалов Фундамент под сруб

    Фундамент под сруб может быть трех типов, в зависимости от особенностей почвы и характера постройки:

  • Ленточный – самый «универсальный» тип фундамента, который подходит практически для всех сооружений. Для сруба целесообразно делать глубоко заглубленный фундамент, если в доме будут тяжелые стены, подпольные помещения, в общем, он будет оказывать довольно сильную нагрузку. Это самый дорогостоящий вариант, если степень промерзания земли велика, поскольку придется копать почву на 20-30 см ниже уровня промерзания. Глубина фундамента мелкого заложения для небольшого сруба или баньки составляет всего 50-70 см. Это идеальный вариант, если почва позволяет, и вам не нужен большой дом. Но в этом случае не следует забывать о хорошей тепло- и гидроизоляции. Многие выбирают ленточный фундамент из-за его низкой теплопроводности, что позволяет сэкономить деньги на утеплении пола.
  • Столбчатый – самый экономичный тип фундамента для сруба. Он подойдет для легких каркасных или деревянных домиков, веранд или в качестве опоры для крыльца. Столбы устанавливаются в местах пересечения стен, по углам здания и во всех местах с высокой нагрузкой. Глубина закладки – на уровень промерзания земли.
  • Винтовые сваи – современный аналог старым-добрым столбам из дерева или кирпича. Чем хороши винтовые сваи, так это тем, что их можно без особого труда и временных затрат вкрутить в землю на любую глубину. Следовательно, они подойдут практически для любых, даже самых проблемных почв.
  • Фундамент для дома из газобетона

    Особенностью газобетона является его пористая структура и небольшой вес. Это одновременно и его достоинство, и недостаток, поскольку малый вес позволяет быстро и легко осуществлять монтаж материала, но пористая структура требует особого обращения и в случае несоблюдения правил эксплуатации может быстро прийти в негодность. Также из-за легкости газобетона из него не рекомендуется строить многоэтажные дома в виду их непрочности. Учитывая все эти факторы, к выбору фундамента для такого стройматериала следует подходить с особой щепетильностью.

    Производители газобетона хором твердят, что его уникальная структура позволяет значительно сэкономить на фундаменте. Дескать, материал весит мало, значит и фундамент не обязательно делать супер-прочным. С другой стороны, любая постройка из газобетона может воздвигаться только на цокольном этаже из обычного прочного бетона, что «ударит по кошельку» застройщика.

    Но чтобы не запутаться в соблазнительных предложениях, необходимо помнить, что долговечность дома зависит от фундамента, каким бы он ни был. Да, дома из газобетона можно строить на легко заглубленном фундаменте, но при этом он должен быть сделан из качественных материалов.

    Итак, какой же фундамент подойдет для дома из газобетонных блоков?

    Рассмотрим самые оптимальные варианты:

  • Железобетонная плита – монолитный фундамент, который закладывается под всю площадь будущего дома и составляет с опалубкой единое целое. Довольно дорогостоящий вариант, но затраты оправдываются надежностью и долговечностью. Подходит для проблемных грунтов, потому что большая площадь опоры дает меньшее давление на поверхность земли. Толщина плиты для малоэтажного дома должна быть минимум 40 см, 10 из которых утапливаются в землю. В обязательном порядке следует установить под плиту дренажную систему и хорошую гидроизоляцию.
  • Ленточный фундамент – для мелкозаглубленного варианта достаточно выкопать траншею по периметру будущего здания глубиной около 50 см, засыпать ее песком и уплотнить. Затем установить опалубку, положить арматуру и залить ее бетоном. Заливать такой фундамент надо непременно в теплое время года. Если же выбирать не приходится, и вам надо делать эту работу зимой в минусовую температуру, постарайтесь выполнить весь объем за один день, заливая бетон непрерывно. Мелкозаглубленный фундамент прекрасно подойдет для дома из газоблоков, если вы не планируете построить погреб или подвал.
  • Столбчатый фундамент – конструкция из столбов, расположенных по углам будущего сооружения и в местах пересечения стен. Не стоит делать столбчатый фундамент на слабых грунтах даже при использовании легких газоблоков.
  • Фундамент для дома из кирпича

    Кирпичный дом – это надежная «крепость», которая при умелой постройке простоит не одно десятилетие. Кирпич – долговечный, прочный и тяжелый стройматериал, поэтому и фундамент под него должен быть соответствующим. Определение глубины заложения фундамента в этом случае «диктуется» самим материалом. Для кирпичных домов надо делать основания, которые уходят в почву на уровень ниже точки промерзания.

    Из всего вышесказанного становится понятно, что стоить такой фундамент будет недешево. На самом деле, если его стоимость составляет около 20% от затрат на строительство самого дома, это считается совершенно нормальным. Так что если вы задумали возвести кирпичную крепость, приготовьтесь раскошелиться.

    Самые распространенные типы фундаментов для кирпичных домов – это ленточные и плитные. Только они обладают достаточной мощностью, чтобы выдержать вес тяжелого стройматериала.

    Фундамент из железобетонной плиты подходит для сложных пучинистых и насыпных грунтов. Принцип заложения такой же, как для дома из газобетона, только толщина плиты будет больше.

    Ленточный фундамент для кирпичных домов делается по всему периметру здания и под всеми несущими конструкциями внутри. Чаще всего такие фундаменты делают профильными, заглубленными примерно на 20 см ниже уровня промерзания почвы.


    СП 40-102-2000 : Проектирование наружного водопровода

    Введение
    Область применения
    Общие положения
    Проектирование внутренних водопроводных сетей
    Проектирование внутренней канализации и водотоков

    5.1.1 Выбор напорных труб из полимерных материалов для наружных систем водоснабжения производится с учетом климатических условий и технико-экономических оценок.

    5.1.2 Трубы подбирают расчетом, при этом для наружного водопровода, как правило, следует принимать трубы типа «С» (PN-6) и выше.

    5.2.1 Требования к геометрическим размерам труб и их параметрам указаны в разделе 3.2.

    5.2.2 Длину отрезков труб или бухты указывают в документации изготовителя.

    5.3.1 Для соединения труб из полимерных материалов должны использоваться, как правило, соединительные детали из полимерных материалов. Допускается использовать специальные соединительные детали из металла.

    5.3.2 Для соединения труб диаметром до 110 мм из полиолефинов следует использовать сварку. Трубы из ПВХ, стеклопластиков и базальтопластиков следует соединять на раструбных соединениях, уплотняемых профильным резиновым кольцом, или на клею.

    5.3.3 Для присоединения труб из полимерных материалов к арматуре и металлическим трубам следует использовать пластмассовые буртовые втулки и свободные металлические фланцы или неразъемные соединения из пластмассы-металла.

    5.4.1 Трассировка водопровода должна осуществляться в соответствии со СНиП 2.04.02 с учетом способа прокладки — в грунте, в коллекторах, непроходных каналах либо в реконструируемых трубопроводах, определяемого местными условиями и результатами экономического расчета.

    5.4.2 При новом строительстве предпочтение следует отдавать прокладке трубопровода в грунте.

    5.4.3 Следует использовать возможность поворота трассы за счет изгиба трубы с минимальным радиусом

    где E0 — модуль упругости полимера при растяжении, МПа;

    D — наружный диаметр труб, мм;

    s — расчетная прочность (предел текучести) для материала труб при растяжении, МПа.

    5.4.4 Поворот трассы может быть осуществлен также за счет отклонения оси одной трубы относительно другой в раструбном соединении, уплотняемом кольцом, на угол до 2°.

    5.4.5 Минимальное заглубление водопровода до верха трубопровода согласно СНиП 2.04.02 должно превышать глубину промерзания грунта для данной местности не менее чем на 0,5 м. Уменьшать глубину заложения трубопровода допускается только при применении тепловой изоляции, конструкция которой не поглощает влагу.

    5.4.6 Минимальное заглубление водопровода из условий прочности при отсутствии транспортных нагрузок (кроме поливочного водопровода) должно быть не менее 1,0 м.

    5.4.7 Пересечение водопровода с другими коммуникациями, а также автомобильными и железными дорогами следует выполнять в соответствии с требованиями СНиП 2.04.02.

    5.4.8 При пересечении с канализацией на расстоянии, меньшем 0,4 м (по вертикали в свету), водопроводы из полимерных труб должны проектироваться в футлярах. Расстояние от края футляра до пересекаемого трубопровода должно быть не менее 5 м в каждую сторону.

    5.4.9 Соединение пластмассовых труб с трубами из других материалов (стальными, чугунными, асбестоцементными и т.д.) следует выполнять на разъемных соединениях. При подземной прокладке такие соединения следует устанавливать в колодцах.

    5.4.10 Пересечение пластмассовым трубопроводом стен сооружений следует предусматривать в футлярах. Зазор между футляром и трубопроводом заделывается эластичными материалами, предотвращающими попадание влаги внутрь футляра.

    5.4.11 При прокладке труб в тоннелях (коммуникационных коллекторах) следует выполнять требования СНиП 2.07.01, при этом электрические кабели и провода должны прокладываться выше трубопроводов из полимерных материалов и должны быть конструктивно выделены.

    5.4.12 Крепление арматуры к стенкам и днищу колодца, туннеля или канала следует производить с помощью анкерных болтов и хомутов или замоноличивать бетоном.

    5.4.13 Пересечение трубопроводом стенок колодцев или фундаментов зданий следует предусматривать в стальных или пластмассовых футлярах. Зазор между футляром и трубопроводом заделывается водонепроницаемым эластичным материалом.

    Расчет трубопровода на прочность возможно производить по различным методикам, приведенным в справочной литературе. Одна из них дана в приложении Д.

    Гидравлический расчет систем водоснабжения, изложенный в разделе 3.5, следует применять также и для расчета наружных систем водоснабжения.

    5.7.1 Компенсация температурного удлинения подземных водопроводов холодной воды из труб с раструбными соединениями, уплотняемыми резиновыми кольцами, достигается в раструбах.

    5.7.2 Для подземных водопроводов на сварных или других неразъемных соединениях, прокладываемых в грунте, с учетом защемления труб грунтом специальной компенсации не требуется. При прокладке в каналах следует проводить расчет на компенсацию удлинения в соответствии с разделом 3.7.

    Проектирование наружной канализации, водостоков и дренажей
    Монтаж трубопроводов
    Испытание и сдача трубопроводов в эксплуатацию
    Техника безопасности при монтаже труб из полимерных материалов
    Транспортирование и хранение труб из полимерных материалов
    Приложение А
    Приложение Б
    Приложение В
    Приложение Г
    Приложение Д
    Приложение Е

    глубина заложения трубы в частном доме

    Если вы проживаете в частном доме, то прокладывать систему канализации, если вы еще этого не сделали, придется самостоятельно. Можно, конечно, довериться специалистам, но работы обойдутся дороже. Добиться без этого должного уровня комфорта невозможно. Однако в работе существует множество нюансов, один из них выражен в глубине заложения канализации. От этого во многом зависит эффективность работы и долговечность системы.

    Глубина прокладки коммуникаций

    В качестве основной составляющей очистительной системы следует выбирать септик. Он располагается в котловане поблизости с домом. Расстояние не должно быть меньше 5 м. Что касается глубины, то септик обычно располагается в 1,5 м от поверхности земли. Котлован можно укрепить бетоном, что позволяет исключить разрушения септика, которые могут быть вызваны давлением грунта. Иногда этому способствуют и другие факторы, например, подземные воды.

    Наличие колен и поворотов

    Глубину заложения канализации можно определить, руководствуясь уровнем расположения сооружения. При прокладке коммуникаций на всем отрезке от дома до септика не рекомендуется делать колен и поворотов. Такой подход считается идеальным. Трубопровод следует сделать прямым. Трубы заглубляются на линию выше средней точки промерзания почвы. Учесть следует еще и то, что по площадкам и дорогам, которые зимой будут очищаться от снега, глубину нужно увеличить, чтобы трубы не замерзли и не разрушились.

    Минимальная глубина заложения составляет 80 см. Это значение актуально для регионов с теплым климатом. Суровая зима предусматривает более глубокую прокладку трубопровода.

    Самостоятельное определение глубины

    Прежде чем определить глубину заложения канализации, вы должны учесть некоторые моменты. Во-первых, изделия должны обладать достаточным диаметром. Во-вторых, они должны быть уложены с некоторым уклоном, который равен 0,03 м на погонный метр. В-третьих, важно принять в расчет места расположения септика и точку, где канализационная труба будет выходить из дома.

    Угол наклона определяется согласно санитарным нормам и правилам. В этом случае удастся снизить риск засоров, а также добиться самопроизвольного движения сточной воды. Поворотных точек и соединений труб в доме может быть сколько угодно, но на улице их необходимо постараться избежать.

    Необходимость наличия колодцев

    Придерживаться вышеупомянутой глубины заложения канализации рекомендуется по нескольким причинам. Если трубы располагаются на линии промерзания грунта, жидкость может остыть, что будет способствовать затору, а канализация при этом не сможет эксплуатироваться до наступления тепла. Засоров вы сможете избежать, если соединений будет минимальное количество.

    Когда без поворотов обойтись не удается, в точке стыка необходимо сделать колодец, а к нему — свободный доступ. Если с канализацией возникнут проблемы, трубы можно будет легко очистить и удостовериться в качестве соединений. При прокладке коммуникаций следует учитывать линию промерзания грунта. В каждом регионе уровень отличается. Если в вашем регионе суровая зима, траншеи для прокладки трубопровода необходимо делать еще более глубокими.

    Проведение утепления

    Для того чтобы продлить срок эксплуатации канализации, трубы следует теплоизолировать. Для этого лучше всего использовать пенополиуретан. Нержавеющая труба будет обернута этим материалом, а сверху следует наложить полиэтиленовую оболочку. Это позволит исключить промерзание. Наиболее часто такая проблема возникает на стыках, а также поворотах, поэтому трубопровод следует делать прямым. Участки повышенного риска необходимо хорошо утеплить.

    Для подогрева трубы можно монтировать электрический кабель. Трубопровод должен быть проложен на достаточной глубине, несмотря на утепление. Степень теплоизоляции будет зависеть от климатических особенностей региона. Глубина канализации в северных областях может достигать 2,5 м, тогда как в южных районах закапывать трубы на такую глубину нет смысла. Будет достаточно 1 м.

    Какие материалы использовать

    В той местности, где климат суровый, для утепления следует использовать стекловолокно или минеральную вату. Эти материалы используются для труб, проложенных и над почвой. В этом случае необходимо подумать и о гидроизоляции.

    Что важно учитывать при выборе глубины залегания

    При выборе глубины заложения трубы канализации нужно учитывать несколько факторов. Сюда следует отнести не только линию промерзания грунта и прочностные характеристики труб, но и глубину расположения точки входа трубы в септик или коллектор. Довольно важным фактором являются и динамические нагрузки, которые в процессе эксплуатации канализации оказываются на трубопровод транспортом.

    Глубина и схема укладки определяются с учетом практической и экономической выгоды. Особенно важно более серьезно рассмотреть климатический фактор. Многие полагают, что глубина прокладки должна быть больше линии промерзания грунта, что верно для работ по монтажу трубопровода. Однако определить эту величину бывает непросто.

    Может помочь определить глубину заложения канализации и СНиП. Для этого следует обратиться к документации СНиП 2.01.01.82. В этом документе есть карта зон с указанием линий промерзания грунта. Руководствуясь картой, вы сможете определить, что величина для Московской области равна 1,4 м, а для районов поблизости Сочи этот параметр равен 0, 8 м. Но эти расчеты справедливы лишь для крупных объектов. Если ведется строительство жилого дома, то уровень глубины заложения определяется по-другому.

    При строительстве жилья система канализации обычно самотечная. Важно соблюсти для правильного функционирования уклон, что может превратиться в настоящую проблему, это особенно актуально, если трубопровод обладает внушительной протяженностью. При определении глубины заложения следует учитывать, какое очистное сооружения вы планируете использовать на конце трубопровода.

    Советы специалиста

    При увеличении глубины закладки следует выкапывать более глубокий котлован под септик. Очистное сооружение заглублять слишком сильно не стоит. Дело здесь не только в том, что копать яму будет затруднительно. Септик следует установить, чтобы закопать лишь основное хранилище стоков, тогда как крышка должна виднеться над поверхностью земли. Если закопать септик глубже рекомендованной нормы, придется увеличивать высоту горловины, что не всегда возможно. Слишком глубокий котлован под септик затруднит его очистку.

    При определении минимальной глубины заложения канализации следует учитывать еще и то, что трубопровод может дать течь, а слишком глубокая прокладка затруднит ремонт, особенно зимой. В большинстве случаев глубина выбирается без учета линии промерзания грунта. В пользу прокладки трубы на меньшей глубине существуют доводы.

    Первый из них выражен в том, что стоки могут иметь не только комнатную, но и высокую температуру. Образующаяся на внутренних стенках изморозь будет смываться теплой водой. Еще один фактор: если домашней канализацией не пользуются, трубы будут оставаться пустыми, следовательно, замерзать в них попросту нечему. Третьим фактором является то, что в канализационные трубы будет поступать тепло из очистного сооружения или септика, что образуется во время очистки и разложения стоков. Это указывает на то, что необходимости делать глубину заложения больше линии промерзания нет необходимости. Для средней полосы трубы из дома выводятся на глубине 0,7 м, дальше копать канаву и прокладывать коммуникации нужно, придерживаясь необходимого уклона.

    Глубина заложения ливневки

    Также можно определить и минимальную глубину заложения канализации по СНиП. Для этого необходимо руководствоваться СНиП 2.04.03-85. Согласно некоторым пунктам этого документа, глубину заложения трубы ливневки необходимо определять с учетом сечения. Если оно не превышает 500 мм, то систему закладывают не ниже 30 см уровня замерзания грунта. Если первое значение больше 500 мм, то второе увеличивается до 50 см. Однако эти пункты носят рекомендательный характер. Их применение лежит на совести строителей и монтажников.

    Согласно СНиП, глубину заложения канализации в частном доме необходимо определять, опираясь на опыт эксплуатации подобных систем в конкретном регионе. Обычно минимальная глубина заложения ливневки составляет 70 см от поверхности. Наиболее оптимальным вариантом станет укладка труб ниже уровня промерзания. Выкапывая траншею, вы должны знать этот показатель, прибавив к нему толщину песчаной подушки. В некоторых регионах, находящихся ближе к северу, глубина залегания может составить 1,5 м или 2 м. К этому следует прибавить грунт, который может быть каменистым.

    Важно учесть еще и требования по уклону. Если правила не соблюдать, вода не будет уходить, а эффективность ливневки снизится. В этом случае, если рельеф местности неровный, глубина траншей может достигать больших значений. Многие задаются вопросом о том, может ли глубина заложения наружной канализации быть меньше, чтобы уложить трубы ближе к поверхности. Но следует помнить, что между ливневкой и бытовой канализацией существует различие, которое состоит в температуре стоков.

    В ливневой канализации нет теплых стоков, а вода там бывает не всегда. В зимний период в трубах и вовсе пусто, к этому следует прибавить еще и минусовую температуру. С наступлением весны теплая вода будет попадать в холодное «подземелье», что будет способствовать образованию обледенений и заторов.

    Если сделать глубину заложения ливневой канализации больше нет возможности, коммуникации следует утеплить. Если трубы обладают термоизоляционный защитой, углублять их в землю слишком сильно не стоит.

    Глубина заложения напорных труб

    На поставленный выше вопрос ответы можно найти в СНиП 2.04.03-85. Наименьшую глубину можно определить на основе эксплуатационного опыта сетей в определенной местности. Если нет необходимых данных, то минимальная глубина закладки может определяться с учетом диаметра. Если он не превышает 0,5 м, то углубить систему необходимо на 0,3 м.

    Глубина заложения напорной канализации определяется с учетом практического опыта. В скальных и водонасыщенных грунтах прокладывать напорную канализацию нужно на глубине 4 м. Если работы ведутся в сухих грунтах, то глубину необходимо увеличить до 7 метров.

    В заключение

    Глубина заложения является важным фактором при монтаже системы канализации. Если не соблюсти норм, можно столкнуться с промерзанием коммуникаций, что выведет их из строя. Это часто становится причиной заторов.

    Оценка секвенирования длинного чтения с низким охватом нанопор для генотипирования SNP у удвоенного гаплоида канолы (Brassica napus L.)

  • 1.

    Chalhoub, B. et al . Ранняя аллополиплоидная эволюция в постнеолитическом геноме масличных семян Brassica napus . Science 345 , 950–953, https://doi.org/10.1126/science.1253435 (2014).

    ADS CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 2.

    Лысак, М. А., Кох, М. А., Печинка, А., Шуберт, И. У всего племени обнаружено троение хромосом. Brassiceae. Genome Res. 15 , 516–525, https://doi.org/10.1101/gr.3531105 (2005).

    CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 3.

    Паркин И.А. и др. . Сегментарная структура генома Brassica napus на основе сравнительного анализа с Arabidopsis thaliana . Genetics 171 , 765–781, https://doi.org/10.1534/genetics.105.042093 (2005).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 4.

    Паркин И.А., Шарп А.Г. и Лидиат Д.Д. Паттерны дупликации генома в геноме Brassica napus . Геном 46 , 291–303 (2003).

    CAS Статья Google Scholar

  • 5.

    Trick, M., Long, Y., Meng, J. & Bancroft, I. Обнаружение однонуклеотидного полиморфизма (SNP) в полиплоиде Brassica napus с использованием секвенирования транскриптома Solexa. Plant Biotechnol. J. 7 , 334–346, https://doi.org/10.1111/j.1467-7652.2008.00396.x (2009).

    CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 6.

    Cai, G. et al. . Метод би-фильтрации для обработки данных массива однонуклеотидных полиморфизмов улучшает качество генетической карты и точность картирования локусов количественных признаков в популяциях удвоенных гаплоидов полиплоида Brassica napus . BMC Genom. 16 , 409, https://doi.org/10.1186/s12864-015-1559-4 (2015).

    CAS Статья Google Scholar

  • 7.

    Мейсон, А.С. и др. . Руководство пользователя набора для генотипирования SNP Brassica 60K Illumina Infinium ™. Теор. Прил. Genet. 130 , 621–633, https://doi.org/10.1007/s00122-016-2849-1 (2017).

    CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 8.

    Durstewitz, G. et al. . Обнаружение SNP с помощью секвенирования ампликонов и мультиплексного генотипирования SNP у аллополиплоидных видов Brassica napus . Геном 53 , 948–956, https://doi.org/10.1139/g10-079 (2010).

    CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 9.

    Jarquin, D. et al. . Генотипирование путем секвенирования для прогнозирования генома в селекционной популяции сои. BMC Genom. 15 , 740, https://doi.org/10.1186/1471-2164-15-740 (2014).

    Артикул Google Scholar

  • 10.

    Chopra, R. et al. . Секвенирование транскриптомов нового поколения, обнаружение и проверка SNP в четырех рыночных классах арахиса, Arachis hypogaea L. Mol. Genet. Genomics 290 , 1169–1180, https://doi.org/10.1007/s00438-014-0976-4 (2015).

    CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 11.

    Газаве, Э. и др. . Геномный анализ популяций выявляет различные истории эволюции и закономерности разнообразия в субгеномах и субпопуляциях Brassica napus L. Front. Plant Sci. 7 , 525, https://doi.org/10.3389/fpls.2015.00525 (2016).

    Артикул PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 12.

    Bukowski, R. et al. . Построение карты гаплотипов Zea mays третьего поколения. GigaScience 7 , gix134 (2017).

    PubMed Central Google Scholar

  • 13.

    Картикеян, А. и др. . Наследование, точное картирование и анализ генов-кандидатов устойчивости к штамму SC5 вируса мозаики сои в сое. Мол. Genet. Genomics 292 , 811–822, https://doi.org/10.1007/s00438-017-1310-8 (2017).

    CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 14.

    Torkamaneh, D. et al. . Подробное описание нуклеотидов и структурных вариаций генома короткосезонной сои. Plant Biotechnol. J. 16 , 749–759, https://doi.org/10.1111/pbi.12825 (2017).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 15.

    Мальмберг, М. М. и др. . Генотипирование путем секвенирования с помощью транскриптомики: реализация для ряда видов сельскохозяйственных культур с различными репродуктивными привычками и уровнями плоидности. Plant Biotechnol. J. 16 , 877–889, https://doi.org/10.1111/pbi.12835 (2018).

    CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 16.

    Malmberg, M., Shi, F., Spangenberg, GC, Daetwyler, HD & Cogan, NO Анализ разнообразия и генома зародышевой плазмы семян масличных семян Австралии и всего мира Brassica napus L. с использованием транскриптомики и полногеномного анализа. последовательность действий. Фронт. Plant Sci. 9 , 508, https: // doi.org / 10.3389 / fpls.2018.00508 (2018).

    Артикул PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 17.

    Tayeh, N. et al. . Геномное предсказание гороха: влияние плотности маркеров, размера и состава обучающей популяции на точность предсказания. Фронт. Plant Sci. 6 , 941, https://doi.org/10.3389/fpls.2015.00941 (2015).

    Артикул PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 18.

    Ян, Х. У., Аббади, А., Лак, С., Николс, Р. А. и Сноудон, Р. Дж. Геномное прогнозирование результатов тест-кросса у канолы ( Brassica napus ). PLoS ONE 11 , e0147769, https://doi.org/10.1371/journal.pone.0147769 (2016).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 19.

    Gorjanc, G. et al. . Возможность низкого охвата генотипирования путем секвенирования и вменения для рентабельной геномной селекции в популяции с разделением на двух родителей. Crop Sci. 57 , 1404–1420, https://doi.org/10.2135/cropsci2016.08.0675 (2017).

    CAS Статья Google Scholar

  • 20.

    Ясодха, Р. и др. . Проект генома ценного тропического дерева, тика ( Tectona grandis L. f): понимание разнообразия, филогении и сохранения SSR. DNA Res. 25 , 409–419, https://doi.org/10.1093/dnares/dsy013 (2018).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 21.

    Schmidt, M. H.-W. и др. . De novo сборка нового образца Solanum pennellii с использованием секвенирования нанопор. Растительная клетка 29 , 2336–2348 (2017).

    CAS Статья Google Scholar

  • 22.

    Fuselli, S. et al. .Новый гибридный подход для генотипирования MHC: высокопроизводительное NGS и длинное считывание нанопор MinION с применением к немодельным позвоночным альпийской серне ( Rupicapra rupicapra ). Наследственность 121 , 293–303 (2018).

    CAS Статья Google Scholar

  • 23.

    Miller, D. E., Staber, C., Zeitlinger, J. & Hawley, R. S. ОТЧЕТ О ГЕНОМЕ: Очень смежные геномные сборки 15 видов Drosophila , полученные с помощью секвенирования Nanopore. G3 Genes Genomes Genet . 8 , https://doi.org/10.1534/g3.118.200160 (2018).

    Артикул Google Scholar

  • 24.

    Solares, E. A. et al. . Быстрая и недорогая сборка эталонного генома Drosophila melanogaster с использованием секвенирования с низким охватом и длительным считыванием. G3 Genes Genomes Genet. 8 , 3143–3154, https://doi.org/10.1534/g3.118.200162 (2018).

    Артикул Google Scholar

  • 25.

    Тан, М. Х. и др. . В поисках Немо: Гибридная сборка с Oxford Nanopore и Illumina reads значительно улучшает сборку генома рыбы-клоуна ( Amphiprion ocellaris ). GigaScience 7 , 1–6 (2018).

    ADS Статья Google Scholar

  • 26.

    Debladis, E., Llauro, C., Carpentier, M.-C., Mirouze, M. & Panaud, O. Обнаружение активных мобильных элементов в Arabidopsis thaliana с использованием технологии Oxford Nanopore Sequencing. BMC Genom. 18 , 537, https://doi.org/10.1186/s12864-017-3753-z (2017).

    CAS Статья Google Scholar

  • 27.

    Dutta, U. R. et al . Картирование точек останова новой транслокации de novo t (X; 20) (q11.1; p13) путем позиционного клонирования и секвенирования с длинным считыванием. Genomics , https://doi.org/10.1016/j.ygeno.2018.07.005 (2018).

  • 28.

    Эбберт, М. Т. У. и др. .Долговечное секвенирование через экспансию повтора C9orf72 «GGGGCC»: значение для клинического использования и усилий по генетическому открытию при заболеваниях человека. Мол. Neurodegener. 13 , 46, https://doi.org/10.1186/s13024-018-0274-4 (2018).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 29.

    Jain, M. et al. . Секвенирование нанопор и сборка генома человека со сверхдлинными считываниями. Nat. Biotechnol. 36 , 338–345, https://doi.org/10.1038/nbt.4060 (2018).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 30.

    Маги, А., Джусти, Б. и Таттини, Л. Характеристика данных нанопор MinION для анализа повторного секвенирования. Бриф. Биоинформатика 18 , 940–953, https://doi.org/10.1093/bib/bbw077 (2017).

    CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 31.

    Кришнакумар, Р. и др. . Систематическое и стохастическое влияние на производительность секвенатора нанопор MinION в широком диапазоне нуклеотидных смещений. Sci. Отчет 8 , 3159, https://doi.org/10.1038/s41598-018-21484-w (2018).

    ADS CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 32.

    Huang, X. et al . Полногеномные ассоциативные исследования 14 агрономических признаков у староместных сортов риса. Nat. Genet. 42 , 961–967, https://doi.org/10.1038/ng.695 (2010).

    CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 33.

    Jiao, Y. et al . Геномные генетические изменения при современной селекции кукурузы. Nat. Genet. 44 , 812–815, https://doi.org/10.1038/ng.2312 (2012).

    CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 34.

    Цзя, Г. и др. . Карта гаплотипов геномных вариаций и полногеномных ассоциаций агрономических признаков проса лисохвоста ( Setaria italica ). Nat. Genet. 45 , 957–961, https://doi.org/10.1038/ng.2673 (2013).

    CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 35.

    Malmberg, M. M. et al . Оценка и рекомендации по рутинному генотипированию с использованием повторного секвенирования полного генома канолы. Фронт. Plant Sci. 9 , 1809, https://doi.org/10.3389/fpls.2018.01809 (2018).

    Артикул PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 36.

    Perez-Enciso, M., Rincon, J. C. & Legarra, A. Геномный отбор с использованием последовательности и чипа: рекомендуется точная биологическая информация. Genet. Sel. Evol. 47 , 43, https://doi.org/10.1186/s12711-015-0117-5 (2015).

    Артикул PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 37.

    Хуанг, X. и др. . Генотипирование с высокой пропускной способностью за счет повторного секвенирования всего генома. Genome Res. 19 , 1068–1076, https://doi.org/10.1101/gr.089516.108 (2009).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 38.

    Xie, W. et al. . Независимое от родителей генотипирование для построения карты сцепления сверхвысокой плотности на основе секвенирования популяции. Proceedings of the National Academy of Sciences 107 , 10578–10583, 10.1073 / pnas.10057 / — / DCSupplemental (2010).

    ADS CAS Статья Google Scholar

  • 39.

    Beissinger, T. M. et al. . Плотность маркеров и глубина считывания для популяций генотипирования с использованием генотипирования путем секвенирования. Генетика 193 , 1073–1081 (2013).

    CAS Статья Google Scholar

  • 40.

    Мичем, Ф. и др. .Выявление и исправление систематической ошибки в данных высокопроизводительной последовательности. BMC Bioinformatics 12 , 451 (2011).

    Артикул Google Scholar

  • 41.

    Робертс Р. Дж., Карнейро М. О. и Шатц М. С. Преимущества секвенирования SMRT. Genome Biol. 14 , 405 (2013).

    Артикул Google Scholar

  • 42.

    Wei, L. et al. . Генетический и транскриптомный анализ признаков, связанных с лигнином и полеганием, у Brassica napus . Теор. Прил. Genet. 130 , 1961–1973, https://doi.org/10.1007/s00122-017-2937-x (2017).

    CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 43.

    Хуанг, С. М. и др. . Идентификация полногеномных однонуклеотидных полиморфизмов у аллополиплоидной культуры Brassica napus . BMC Genom. 14 , 717, https://doi.org/10.1186/1471-2164-14-717 (2013).

    CAS Статья Google Scholar

  • 44.

    Chen, X. et al . Обнаружение и генотипирование полиморфизмов, ассоциированных с рестрикционными фрагментами, в полиплоидных культурах с псевдореференсной последовательностью: тематическое исследование аллотетраплоида Brassica napus . BMC Genom. 14 , 346, https://doi.org/10.1186 / 1471-2164-14-346 (2013).

    CAS Статья Google Scholar

  • 45.

    Delourme, R. et al. . Разработка генетической карты на основе SNP с высокой плотностью и оценка неравновесия по сцеплению в Brassica napus L. BMC Genom. 14 , 120, https://doi.org/10.1186/1471-2164-14-120 (2013).

    CAS Статья Google Scholar

  • 46.

    Шумейкер, Р. К., Шлютер, Дж. И Дойл, Дж. Дж. Палеополиплоидия и дупликация генов в сое и других бобовых культурах. Curr. Opin. Plant Biol. 9 , 104–109 (2006).

    CAS Статья Google Scholar

  • 47.

    Schmutz, J. et al. . Последовательность генома палеополиплоидной сои. Природа 463 , 178–184 (2010).

    ADS CAS Статья Google Scholar

  • 48.

    Клевенджер, Дж. П. и Озиас-Акинс, П. SWEEP: инструмент для фильтрации высококачественных SNP в полиплоидных культурах. G3 Genes Genomes Genet. 5 , 1797–1803, https://doi.org/10.1534/g3.115.019703 (2015).

    Артикул Google Scholar

  • 49.

    Ван, К. Б. и др. . Проект генома диплоидной хлопчатника Gossypium raimondii . Nat. Genet. 44 , 1098– +, https: // doi.org / 10.1038 / ng.2371 (2012).

    CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 50.

    Li, F. G. et al. . Последовательность генома культурного хлопка Gossypium arboreum . Nat. Genet. 46 , 567–572, https://doi.org/10.1038/ng.2987 (2014).

    CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 51.

    Zhang, T. et al. .Секвенирование аллотетраплоидного хлопка ( Gossypium hirsutum, L. согласно TM-1) обеспечивает ресурс для улучшения клетчатки. Nat. Biotechnol. 33 , 531–537, https://doi.org/10.1038/nbt.3207 (2015).

    CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 52.

    Panchy, N., Lehti-Shiu, M. & Shiu, S.-H. Эволюция дупликации генов у растений. Plant Physiol. 171 , 2294–2316, https: // doi.org / 10.1104 / pp.16.00523 (2016).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 53.

    Xu, C., Wu, K., Zhang, J., Shen, H. & Deng, H. Низкий, высокий охват и двухэтапное секвенирование ДНК при разработке генетической ассоциации учиться. Genet. Эпидемиол. 41 , 187–197, https://doi.org/10.1002/gepi.22015 (2017).

    Артикул PubMed Google Scholar

  • 54.

    Тиммис, Дж. Н., Эйлифф, М. А., Хуанг, С. Ю. и Мартин, В. Перенос эндосимбиотических генов: геномы органелл формируют эукариотические хромосомы. Nature Reviews Genetics 5 , 123–135 (2004).

    CAS Статья Google Scholar

  • 55.

    Hofinger, B.J. et al. . Валидация удвоенных гаплоидных растений путем ферментативного расщепления несоответствия. Заводские методы 9 , 43 (2013).

    Артикул Google Scholar

  • 56.

    Cheng, A. Y., Teo, Y.-Y. И Онг, Р. Т.-Х. Оценка обнаружения однонуклеотидных вариантов и генотипа у лиц с полногеномным секвенированием. Биоинформатика 30 , 1707–1713 (2014).

    CAS Статья Google Scholar

  • 57.

    Greminger, M. P. et al. . Создание наборов данных SNP для геномики популяции орангутанов с использованием улучшенного секвенирования с уменьшенным представлением и прямого сравнения алгоритмов вызова SNP. BMC Genom. 15 , 16, https://doi.org/10.1186/1471-2164-15-16 (2014).

    Артикул Google Scholar

  • 58.

    Torkamaneh, D., Laroche, J. & Belzile, F. Полногеномный вызов SNP из данных генотипирования посредством секвенирования (GBS): сравнение семи конвейеров и двух технологий секвенирования. PLoS ONE 11 , e0161333 (2016).

    Артикул Google Scholar

  • 59.

    Янсен, Х. Дж. и др. . Быстрая сборка de novo генома европейского угря при чтении секвенирования нанопор. Sci. Репу . 7 , 7213, 0,1038 / s41598-017-07650-6 (2017).

  • 60.

    Тайсон, Дж. Р. и др. . Секвенирование и сборка на основе MinION расширяют референсный геном Caenorhabditis elegans . Genome Res. 28 , 266–274, https://doi.org/10.1101/gr.221184.117 (2017).

    CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 61.

    Deschamps, S. et al. . Сборка генома сорго в масштабе хромосом с использованием секвенирования нанопор и оптического картирования. Nature Communications 9 , 1–10, https://doi.org/10.1038/s41467-018-07271-1 (2018).

    CAS Статья Google Scholar

  • 62.

    Майкл, Т. П. и др. . Сборка генома Arabidopsis thaliana с высокой степенью смежности с одной проточной ячейкой с нанопорами. Nature Communications 9 , 541, https://doi.org/10.1038/s41467-018-03016-2 (2018).

    ADS CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 63.

    Cretu Stancu, M. et al . Картирование и фазирование структурных изменений в геномах пациентов с помощью секвенирования нанопор. Nature Communications 8 , 1–13, https://doi.org/10.1038/s41467-017-01343-4 (2017).

    CAS Статья Google Scholar

  • 64.

    Леггетт Р. М. и Кларк М. Д. Мир возможностей с секвенированием нанопор. J. Exp. Бот. 68 , 5419–5429, https://doi.org/10.1093/jxb/erx289 (2017).

    CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 65.

    Jain, M. et al. . Улучшенный анализ данных для секвенатора нанопор MinION. Nat. Методы 12 , 351 – U115, https://doi.org/10.1038/nmeth.3290 (2015).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 66.

    Loman, N.J., Quick, J. & Simpson, J. T. Собран полный бактериальный геном de novo с использованием только данных секвенирования нанопор. Nat. Методы 12 , 733–735, https://doi.org/10.1038/NMETH.3444 (2015).

    CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 67.

    Мартин, М. Кутадапт удаляет последовательности адаптеров из операций чтения с высокой пропускной способностью. EMBnet. журнал 17 , 10–12 (2011).

    Артикул Google Scholar

  • 68.

    Li, H. Minimap и miniasm: быстрое отображение и сборка de novo для зашумленных длинных последовательностей. Биоинформатика 32 , 2103–2110 (2016).

    CAS Статья Google Scholar

  • 69.

    Ли, Х. и др. . Формат Sequence Alignment / Map и SAMtools. Биоинформатика 25 , 2078–2079, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp352 (2009).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 70.

    Danecek, P. et al . Вариант формата вызова и VCFtools. Биоинформатика 27 , 2156–2158, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr330 (2011).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 71.

    Основная группа разработчиков R. R: язык и среда для статистических вычислений . (Фонд R для статистических вычислений, 2012 г.).

  • 72.

    Milne, I. et al. . Использование планшета для визуального изучения данных секвенирования второго поколения. Справка . Биоинформатика 14 , 193–202, https: // doi.org / 10.1093 / bib / bbs012 (2013).

    CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 73.

    Робинсон, Дж. Т. и др. . Программа просмотра интегративной геномики. Nat. Biotechnol. 29 , 24 (2011).

    CAS Статья Google Scholar

  • 74.

    Schmutzer, T. et al. . Последовательность генома для всего вида и нуклеотидный полиморфизм модельного аллополиплоидного растения Brassica napus . Научный . Данные 2 , 150072, https://doi.org/10.1038/sdata.2015.72 (2015).

    CAS Статья Google Scholar

  • % PDF-1.5 % 1 0 объект > >> эндобдж 4 0 объект / CreationDate (D: 201

    100313 + 01’00 ‘) / ModDate (D: 201

    100313 + 01’00 ‘) /Режиссер >> эндобдж 2 0 obj > эндобдж 3 0 obj > эндобдж 5 0 объект > / XObject> >> / Аннотации [58 0 R 59 0 R 60 0 R 61 0 R 62 0 R] / Родитель 2 0 R / MediaBox [0 0 595 842] >> эндобдж 6 0 объект > / ExtGState> / ProcSet [/ PDF / Text / ImageB / ImageC / ImageI] >> / Аннотации [70 0 R] / MediaBox [0 0 612 792] / Содержание 71 0 руб. / Группа> / Вкладки / S / StructParents 0 >> эндобдж 7 0 объект > / ExtGState> / ProcSet [/ PDF / Text / ImageB / ImageC / ImageI] >> / MediaBox [0 0 612 792] / Содержание 73 0 руб. / Группа> / Вкладки / S / StructParents 2 >> эндобдж 8 0 объект > / ExtGState> / ProcSet [/ PDF / Text / ImageB / ImageC / ImageI] >> / MediaBox [0 0 612 792] / Содержание 74 0 руб. / Группа> / Вкладки / S / StructParents 3 >> эндобдж 9 0 объект > / ExtGState> / ProcSet [/ PDF / Text / ImageB / ImageC / ImageI] >> / Аннотации [75 0 R] / MediaBox [0 0 612 792] / Содержание 76 0 руб. / Группа> / Вкладки / S / StructParents 4 >> эндобдж 10 0 объект > / ExtGState> / ProcSet [/ PDF / Text / ImageB / ImageC / ImageI] >> / MediaBox [0 0 612 792] / Содержание 78 0 руб. / Группа> / Вкладки / S / StructParents 6 >> эндобдж 11 0 объект > / ExtGState> / ProcSet [/ PDF / Text / ImageB / ImageC / ImageI] >> / Аннотации [79 0 R] / MediaBox [0 0 612 792] / Содержание 80 0 руб. / Группа> / Вкладки / S / StructParents 7 >> эндобдж 12 0 объект > / ExtGState> / ProcSet [/ PDF / Text / ImageB / ImageC / ImageI] >> / Аннотации [81 0 R] / MediaBox [0 0 612 792] / Содержание 82 0 руб. / Группа> / Вкладки / S / StructParents 9 >> эндобдж 13 0 объект > / ExtGState> / ProcSet [/ PDF / Text / ImageB / ImageC / ImageI] >> / MediaBox [0 0 612 792] / Содержание 83 0 руб. / Группа> / Вкладки / S / StructParents 11 >> эндобдж 14 0 объект > / ExtGState> / ProcSet [/ PDF / Text / ImageB / ImageC / ImageI] >> / Аннотации [85 0 R] / MediaBox [0 0 612 792] / Содержание 86 0 руб. / Группа> / Вкладки / S / StructParents 12 >> эндобдж 15 0 объект > / ExtGState> / ProcSet [/ PDF / Text / ImageB / ImageC / ImageI] >> / MediaBox [0 0 612 792] / Содержание 87 0 руб. / Группа> / Вкладки / S / StructParents 14 >> эндобдж 16 0 объект > / ExtGState> / ProcSet [/ PDF / Text / ImageB / ImageC / ImageI] >> / MediaBox [0 0 612 792] / Содержание 88 0 руб. / Группа> / Вкладки / S / StructParents 15 >> эндобдж 17 0 объект > / ExtGState> / ProcSet [/ PDF / Text / ImageB / ImageC / ImageI] >> / MediaBox [0 0 612 792] / Содержание 89 0 руб. / Группа> / Вкладки / S / StructParents 16 >> эндобдж 18 0 объект > / ExtGState> / ProcSet [/ PDF / Text / ImageB / ImageC / ImageI] >> / MediaBox [0 0 612 792] / Содержание 90 0 руб. / Группа> / Вкладки / S / StructParents 17 >> эндобдж 19 0 объект > / ExtGState> / ProcSet [/ PDF / Text / ImageB / ImageC / ImageI] >> / Аннотации [91 0 R] / MediaBox [0 0 612 792] / Содержание 92 0 руб. / Группа> / Вкладки / S / StructParents 18 >> эндобдж 20 0 объект > / ExtGState> / ProcSet [/ PDF / Text / ImageB / ImageC / ImageI] >> / MediaBox [0 0 612 792] / Содержание 93 0 руб. / Группа> / Вкладки / S / StructParents 20 >> эндобдж 21 0 объект > / ExtGState> / ProcSet [/ PDF / Text / ImageB / ImageC / ImageI] >> / MediaBox [0 0 612 792] / Содержание 94 0 руб. / Группа> / Вкладки / S / StructParents 21 >> эндобдж 22 0 объект > / ExtGState> / ProcSet [/ PDF / Text / ImageB / ImageC / ImageI] >> / MediaBox [0 0 612 792] / Содержание 95 0 руб. / Группа> / Вкладки / S / StructParents 22 >> эндобдж 23 0 объект > / ExtGState> / ProcSet [/ PDF / Text / ImageB / ImageC / ImageI] >> / MediaBox [0 0 612 792] / Содержание 96 0 руб. / Группа> / Вкладки / S / StructParents 23 >> эндобдж 24 0 объект > / ExtGState> / ProcSet [/ PDF / Text / ImageB / ImageC / ImageI] >> / MediaBox [0 0 612 792] / Содержание 97 0 руб. / Группа> / Вкладки / S / StructParents 24 >> эндобдж 25 0 объект > / ExtGState> / ProcSet [/ PDF / Text / ImageB / ImageC / ImageI] >> / MediaBox [0 0 612 792] / Содержание 98 0 руб. / Группа> / Вкладки / S / StructParents 25 >> эндобдж 26 0 объект > / ExtGState> / ProcSet [/ PDF / Text / ImageB / ImageC / ImageI] >> / MediaBox [0 0 612 792] / Содержание 99 0 руб. / Группа> / Вкладки / S / StructParents 26 >> эндобдж 27 0 объект > / ExtGState> / ProcSet [/ PDF / Text / ImageB / ImageC / ImageI] >> / MediaBox [0 0 612 792] / Содержание 100 0 руб. / Группа> / Вкладки / S / StructParents 27 >> эндобдж 28 0 объект > / ExtGState> / ProcSet [/ PDF / Text / ImageB / ImageC / ImageI] >> / MediaBox [0 0 612 792] / Содержание 101 0 руб. / Группа> / Вкладки / S / StructParents 28 >> эндобдж 29 0 объект > / ExtGState> / ProcSet [/ PDF / Text / ImageB / ImageC / ImageI] >> / MediaBox [0 0 612 792] / Содержание 102 0 руб. / Группа> / Вкладки / S / StructParents 29 >> эндобдж 30 0 объект > / ExtGState> / ProcSet [/ PDF / Text / ImageB / ImageC / ImageI] >> / MediaBox [0 0 612 792] / Содержание 103 0 руб. / Группа> / Вкладки / S / StructParents 30 >> эндобдж 31 0 объект > / ExtGState> / ProcSet [/ PDF / Text / ImageB / ImageC / ImageI] >> / MediaBox [0 0 612 792] / Содержание 104 0 руб. / Группа> / Вкладки / S / StructParents 31 >> эндобдж 32 0 объект > / ExtGState> / ProcSet [/ PDF / Text / ImageB / ImageC / ImageI] >> / MediaBox [0 0 612 792] / Содержание 105 0 руб. / Группа> / Вкладки / S / StructParents 32 >> эндобдж 33 0 объект > / ExtGState> / ProcSet [/ PDF / Text / ImageB / ImageC / ImageI] >> / MediaBox [0 0 612 792] / Содержание 107 0 руб. / Группа> / Вкладки / S / StructParents 33 >> эндобдж 34 0 объект > / ExtGState> / ProcSet [/ PDF / Text / ImageB / ImageC / ImageI] >> / MediaBox [0 0 612 792] / Содержание 108 0 руб. / Группа> / Вкладки / S / StructParents 34 >> эндобдж 35 0 объект > / ExtGState> / ProcSet [/ PDF / Text / ImageB / ImageC / ImageI] >> / MediaBox [0 0 612 792] / Содержание 109 0 руб. / Группа> / Вкладки / S / StructParents 35 >> эндобдж 36 0 объект > / ExtGState> / ProcSet [/ PDF / Text / ImageB / ImageC / ImageI] >> / MediaBox [0 0 612 792] / Содержание 110 0 руб. / Группа> / Вкладки / S / StructParents 36 >> эндобдж 37 0 объект > / ExtGState> / ProcSet [/ PDF / Text / ImageB / ImageC / ImageI] >> / MediaBox [0 0 612 792] / Содержание 111 0 руб. / Группа> / Вкладки / S / StructParents 37 >> эндобдж 38 0 объект > / ExtGState> / ProcSet [/ PDF / Text / ImageB / ImageC / ImageI] >> / MediaBox [0 0 612 792] / Содержание 113 0 руб. / Группа> / Вкладки / S / StructParents 38 >> эндобдж 39 0 объект > / ExtGState> / ProcSet [/ PDF / Text / ImageB / ImageC / ImageI] >> / MediaBox [0 0 612 792] / Содержание 114 0 руб. / Группа> / Вкладки / S / StructParents 39 >> эндобдж 40 0 объект > / ExtGState> / ProcSet [/ PDF / Text / ImageB / ImageC / ImageI] >> / MediaBox [0 0 612 792] / Содержание 115 0 руб. / Группа> / Вкладки / S / StructParents 40 >> эндобдж 41 0 объект > / ExtGState> / ProcSet [/ PDF / Text / ImageB / ImageC / ImageI] >> / MediaBox [0 0 612 792] / Содержание 116 0 руб. / Группа> / Вкладки / S / StructParents 41 >> эндобдж 42 0 объект > / ExtGState> / ProcSet [/ PDF / Text / ImageB / ImageC / ImageI] >> / Аннотации [117 0 118 0 ₽ 119 0 120 0 ₽] / MediaBox [0 0 612 792] / Содержание 121 0 руб. / Группа> / Вкладки / S / StructParents 42 >> эндобдж 43 0 объект > / ExtGState> / ProcSet [/ PDF / Text / ImageB / ImageC / ImageI] >> / MediaBox [0 0 612 792] / Содержание 122 0 руб. / Группа> / Вкладки / S / StructParents 47 >> эндобдж 44 0 объект > / ExtGState> / XObject> / ProcSet [/ PDF / Text / ImageB / ImageC / ImageI] >> / MediaBox [0 0 612 792] / Содержание 125 0 руб. / Группа> / Вкладки / S / StructParents 48 >> эндобдж 45 0 объект > / ExtGState> / ProcSet [/ PDF / Text / ImageB / ImageC / ImageI] >> / MediaBox [0 0 792 612] / Содержание 126 0 руб. 7ˁa2eh?> | TM [? Ib0 ~ goazQ7>? ב ܠ Qo \ 91, u {@ k * A & YǻQ c_T ׅ>! MӅT \! y0wR \ pw привет ה NA4od u + Ixyp / K`cO ۥ M & c \ B9Spe.Ӫ «ws / zNW-_zAu / hy (‘t ޘ | {n $) pbԔKэ \ vx [m? + Lbsx # amIGp կ JXHIt + Al [n

    Минимальная маркировка гаплотипов | PNAS

    Аннотация

    ]

    Высокая частота однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) у человека геном предоставляет беспрецедентную возможность отследить генетическую основу общие заболевания. В то же время огромное количество SNP также делает невыполнимые исследования ассоциации болезней в масштабе всего генома. Гаплотипическая природа человеческий геном, однако, поддается отбору скупого набора SNP, называемые SNP с тегами гаплотипов (htSNP), способные различать гаплотипические вариации в популяции.Текущие подходы основаны на статистических анализ скоростей передачи для выявления htSNP. В отличие от этих приближенных методов, этот вклад описывает точный, аналитический и метод без потерь, называемый BEST (Best Enumeration of SNP Tags), способный идентифицировать минимум наборов SNP, помечающих произвольный набор гаплотипов из либо родословные, либо независимые образцы. Наши результаты подтверждают, что небольшая пропорции SNP достаточно, чтобы уловить гаплотипические вариации в популяции и что эта пропорция экспоненциально уменьшается по мере того, как гаплотип длина увеличивается.Мы использовали BEST, чтобы пометить гаплотипы 105 генов в Афроамериканец и европейско-американский образец. Интересная находка Этот анализ показывает, что подавляющее большинство (95%) htSNP в Европейско-американская выборка — это подмножество htSNP афроамериканцев. образец. Этот результат, кажется, является дополнительным доказательством того, что серьезное узкое место произошло во время основания Европы, и предполагаемое «Вне Африка ».

    Однонуклеотидные полиморфизмы (SNP) — бесценный инструмент для раскрытия генетическая основа распространенных болезней (1, 2) предоставив карта генома с высоким разрешением и позволяющая исследователям связывать вариации в определенной области генома до наблюдаемых признаков.К несчастью, огромное количество SNP в геноме человека, что делает SNP такими полезными, как маркеры, также делает невозможными общегеномные ассоциативные исследования. Тем не менее количество различных комбинаций аллелей (гаплотипов) SNP, встречающихся в человеческие образцы — это небольшая часть возможных гаплотипов, которые могут возникнуть если аллели были распределены случайным образом. Эта гаплотипическая структура генома поддается отбору скупого набора SNP, называемого гаплотипом. маркировка SNP (htSNP), способная различать гаплотипические вариации в Население.

    Дан набор гаплотипов в геномной области, идентифицированный с помощью статистический (3, 4) или молекулярный (5, 6) методы, процесс Маркировка гаплотипов в принципе детерминирована. К сожалению, эта проблема также трудноразрешим с вычислительной точки зрения (7), поскольку его решение требует тестирования всех возможных комбинаций SNP в гаплотипе набор, и количество этих комбинаций растет экспоненциально с увеличением числа SNP в наборе гаплотипов. Современные подходы основаны на приближенных методах для выявления htSNP.Большинство усилий (8–12) сосредоточились на идентификации вторичной структуры гаплотипа в несколько крупных участков генома. Эта подструктура включает регионы ограниченная рекомбинация, называемая блоками гаплотипов , ограниченными небольшими регионы, характеризующиеся более высокими скоростями рекомбинации. В рамках этих меньших В некоторых регионах htSNP можно легко идентифицировать на глаз или с помощью поиска методом перебора. An альтернативный подход (13) ищет htSNP, максимизируя разнообразие гаплотипов «Объясняется» набором SNP.Используя этот метод, Johnson et al. al . (13) смогли идентифицировать htSNP, на которые приходится до 80% геномных вариаций в популяции, которые они проанализировали. Несмотря на их различия, как блочные, так и прямые подходы используют стохастические методы для определения сокращенного набора SNP достаточно, чтобы охарактеризовать геномный регион в популяции. Общее беспокойство об этих подходах заключается в том, что потеря информации, вызванная их стохастический характер может привести к игнорированию редких вариаций, ответственных за менее частые заболевания (14).

    В отличие от этих приближенных подходов, мы вводим первый точный, аналитическое, без потерь решение проблемы идентификации минимум наборов SNP с учетом вариаций в произвольной геномная область. Этот метод, называемый Best Enumeration of SNP Tags (BEST), делает не следовать субоптимальному эвристическому или приблизительному, стохастическому подходу, но использует особый аспект генома (относительно небольшой количество гаплотипов по отношению к количеству SNP), чтобы ограничить источник сложности в меньшее пространство поиска.Таким образом, надежность идентифицированные htSNP будут только функцией предполагаемых гаплотипов, а Процесс маркировки гаплотипов не приведет к дальнейшей потере информации. Экспериментальные результаты показывают, что BEST выполняется за считанные секунды. даже для участков генома, содержащих> 200 SNP.

    Метод, описанный в этой статье, может принимать в качестве входных гаплотипов. выводится из выборок поперечного сечения с помощью стохастических систем (3, 4) или по родословным данным. Таким образом, мы применили наш метод к набору 105 генов из 47 независимые субъекты и описанные гаплотипы для 9 генов из родословных в исх.13. Наши результаты подтверждают, что небольшой доли SNP достаточно для захвата гаплотипические вариации в популяции и показывают, что эта доля уменьшается экспоненциально по мере увеличения количества SNP в гаплотипе. Сравнение BEST к методу, предложенному Johnson et al . (13) мы также показываем, что в два гена из девяти, наш метод находит меньшие наборы htSNP, что позволяет предположить, что BEST улучшает их исходные результаты даже для сравнительно небольших гаплотипы.

    Материалы

    Сбор данных. данных генотипа SNP для 24 самоописанных африканских Американцы (12 женщин) и 23 европейца (11 женщин) были получены для 105 генов: 85 генов из Вашингтонского университета – Фреда Хатчинсона. Программа ресурсов по открытию вариаций Центра исследований рака для геномных Приложения (http://pga.mbt.washington.edu) и 20 генов из программ врожденного иммунитета для геномных приложений (http://innateimmunity.net). Все секвенирования проводились на одних и тех же анонимных образцах ДНК из Репозитории Coriell Cell (http: // locus.umdnj.edu/nigms), используя ту же химию и оборудование для секвенирования Big Dye Terminator (Прикладное Биосистемы). Оба сайта использовали одно и то же программное обеспечение и практически идентичные протоколы для базового вызова, сборки и определения SNP, как подробно описано на каждый из соответствующих веб-сайтов.

    Мы также протестировали наш метод с использованием опубликованных гаплотипов, которые включали 5 гены максимум в 418 мультиплексных семьях из Diabetes UK Warren 1 Репозиторий, 3 гена у 598 субъектов из финских семей с хотя бы одним брат или сестра с диагнозом диабет 1 типа и один ген из крови Соединенного Королевства доноры (13).

    Идентификация гаплотипа. гаплотипов, включающих все SNP с минорными частота аллелей ≥10% была сделана для каждого гена независимо в каждом этническая выборка, используя стандартные настройки фазовой программы (3) для каждого из 105 генов. Чтобы учесть частоту ошибок, присущих текущим технологиям генотипирования, мы отобраны только те гаплотипы, которые наблюдались более одного раза (частота> 4%).

    Методы

    Предварительные определения. Мы рассматриваем SNP как переменный подшипник на большинство, четыре состояния, по одному для каждого из возможных аллелей (A, T, G и C), хотя на практике SNP с более чем двумя состояниями относительно редки. Эта переменная также может кодировать вставку (+) и удаление (-) полиморфизмы. Аллель — это присвоение значения SNP: мы скажем что у конкретного человека SNP в определенном локусе несет ценность. Гаплотип — это набор смежных аллелей, как они появляются в интересующее население.Набор гаплотипов — это набор смежных SNP, и он идентифицированы набором гаплотипов, обнаруженных в интересующей популяции. На рис. 1 показан уникальный гаплотипы из SNP с частотой редких аллелей ≥10%, обнаруженных в генах TLR7 афроамериканского образца; столбцы представляют собой SNP, строки представляют гаплотипы, клетки представляют аллели, а вся таблица представляет собой набор гаплотипов.

    Рис.1.

    Набор гаплотипов гена TLR7 в афроамериканской выборке.Каждый столбец представляет SNP, а каждая строка представляет гаплотип, идентифицированный в образец. В данном случае имеется 14 гаплотипов, охватывающих 59 SNP. Цветовая кодировка для каждого SNP выполняется путем выбора первого (в данном случае наиболее частый) гаплотип и аллели окраски с тем же значением, что и первый гаплотип выделен красным. Альтернативный аллель окрашен в синий цвет. Первый ряд метки присваивают номер каждому SNP, а вторая строка меток указывает является ли SNP htSNP (без метки), производным SNP (отмечен X) или двоичный эквивалент SNP (помеченный своим первым двоичным эквивалентом в набор гаплотипов).Например, первый SNP выводится, второй SNP — двоичный эквивалент 1, а третий SNP — это htSNP. Последний столбец сообщает частота каждого гаплотипа в выборке.

    Набор гаплотипов может быть блоком гаплотипа, целым геном или произвольным геномная область. SNP — это , производный из набора SNP, если его аллели однозначно идентифицируются комбинацией аллелей SNP в таком наборе. Набор SNP составляет , достаточно для получения SNP в наборе гаплотипов, если все SNP в наборе гаплотипов могут быть получены из SNP в такой набор.Набор SNP составляет необходимых для получения SNP в гаплотип устанавливается, если при удалении одного из его членов хотя бы один SNP в набор гаплотипов, включая его самого, больше не выводится. Маркировка набор — это набор SNP в наборе гаплотипов, необходимый и достаточный для получить все SNP в наборе. Среди всех наборов тегов минимальный набор тегов — это набор, содержащий минимальное количество SNP, а его члены будут называться htSNP. Для данного набора гаплотипов может быть более одного минимального набора тегов.Наша цель — найти хотя бы один из их.

    Маркировка гаплотипов. Фиг. 2 дает скелетное описание алгоритма маркировки гаплотипов. ЛУЧШИЙ. Алгоритм принимает на вход набор S гаплотипов, каждый представляющий уникальный набор значений каждого SNP в наборе гаплотипов, например набор гаплотипов, представленный на рис. 1. Алгоритм возвращает минимальный набор SNP, из которого другие SNP в наборе гаплотипов могут быть получены. Предварительный этап алгоритм заключается в преобразовании набора гаплотипов в двоичную форму.Цвета в Рис. 1 кодирует двоичный преобразование набора гаплотипов. Хотя мы рассматриваем здесь только случай двуаллельные SNP, это кодирование можно легко обобщить на триаллельные SNP и в настоящее время реализован как таковой. Когда два SNP используют один и тот же двоичный файл представление, они называются двоичным эквивалентом . Любой набор тегов включение SNP будет эквивалентно набору тегов, в котором он заменен на один из его двоичных эквивалентов SNP. После двоичного преобразования алгоритм сохранит только одного члена каждой группы двоичных эквивалентных SNP.

    Рис.2.

    Скелетное описание ЛУЧШЕГО алгоритма. Строчная буква обозначает SNP, прописная буква обозначает набор SNP, а каллиграфическая прописная буква буква обозначает набор наборов. Символ \ обозначает теоретико-множественную операцию вычитания, | Y | обозначает количество элементов в набор Y , h обозначает тегирующий SNP, обозначает тегирование set, обозначает набор альтернативных наборов тегов, c обозначает SNP, не включены в набор тегов, C обозначает набор таких SNP, а * и ** являются вспомогательными переменными, хранящими альтернативные наборы тегов.В функция DERIVED ( Y ) возвращает набор SNP, полученный из набора SNP Y и ПРОИЗВОДНАЯ ( x , Y ) истинно, если SNP x выводится из набора SNP Y .

    Фундаментальным свойством этого двоичного представления является то, что если SNP полученный из набора других SNP, то он будет получен из любого надмножество такого набора. Это свойство позволяет сэкономить экспоненциальные усилия идентификация набора SNP, образующих SNP.Второе критическое свойство BEST используется в том, что набор тегов идентифицируется путем добавления на каждом этапе SNP, который получает максимальное количество SNP, приводит к наборам SNP, содержащим минимальный набор тегов.

    Пусть S = { s 1 , …, s m } обозначают m SNP в гаплотипе. набор. BEST рекурсивно разделяет набор S на две группы H и D , так что S = H D , где H — минимальный набор тегов (наименьший необходимый набор SNP и достаточно для получения всех SNP в наборе гаплотипов), D является набор ( m k ) SNP, которые выводятся из H , и SNP d j выводится из H , если значение d j в каждом гаплотипе может быть выражена как логическая функция f (.) элементов Н . Свойство этих логических функций состоит в том, что если SNP d j выводится из подмножества H ′ из H , затем d j также можно получить из любого подмножество H , содержащее H ‘. Это свойство следует из тот факт, что если SNP выводится из набора SNP H ′, то его аллели однозначно идентифицируются комбинациями аллелей SNP в Н .Следовательно, f ( h 1 , …, h k ) = f ( h 1 , …, ч к , ч к + 1 , h k + 2 , …) для всех h 1 , …, h k дюйм H ′. Таким образом можно проверить, s j выводится из подмножества SNP в S без обязательного знания конкретного подмножества, поэтому избегая экспоненциальная стоимость поиска.В скелетном описании алгоритма на рис.2, это операция выполняется функцией DERIVABLE ( x, Y ), которая возвращает истина, если комбинации аллелей подмножества SNP в наборе Y однозначно идентифицируют аллели SNP x . Функция DERIVED ( Y ) возвращает набор SNP, полученных из набора SNP. Y . Мы можем показать, что стоимость функции ПОЛУЧЕНО ( Y ) составляет полином, отмечая, что если SNP x выводится из набора SNP Y , он также может быть получен любым расширенным набором Y .Следовательно, чтобы проверяем выводимость СНП x из набора Y , просто проверить, соответствуют ли аллели хотя бы одного члена Y аллели x . Функция ПОЛУЧЕНО ( Y ) представляет собой простую итерацию. функции DERIVABLE ( x, Y ) по набору SNP Y и может выполняться за полиномиальное время.

    Первым шагом алгоритма является создание набора H 1 htSNP, которые не производятся ни из какого подмножества С .Этот набор идентифицируется путем изучения логической зависимости каждого s j по набору SNP S \ s j , и каждый s j , который не подлежит производному присвоению H 1 . Элементы H 1 определить разделение оставшихся SNP на . Набор D 1 содержит SNP, производные от H 1 , тогда как C 1 — это набор SNP, который не выводятся из H 1 и поэтому являются кандидатами htSNPs.Затем применяется процедура увеличения для перемещения одного или нескольких элементы от C 1 до H 1 и от C 1 до D 1 . Во-первых, элементы C 1 отсортированы по этому критерию: если набор D 2 i SNP, полученных из имеет мощность больше, чем мощность набора D 2 j SNP выводится из.Если критерий идентифицирует только один c 1 такой, что для всех остальных c j дюйм C 1 , затем , Д 2 = D 21 и , и процедура повторяется на наборе C 2 до тех пор, пока набор кандидатов SNP не будет пустой. При более чем одном комплекте D 2 i из Производные SNP имеют одинаковый размер из D 21 , затем параллельные перегородки , D 2 i и D 2 i ), и Процедура увеличения повторяется на каждом из них.Когда ни один из SNP в C 1 дополняет набор D 1 , затем пары SNP обрабатываются процедурой дополнения как одна переменная. Когда набор SNP-кандидатов пуст, если процедура дополнения возвращает один или более необходимых и достаточных наборов H htSNP, то алгоритм останавливается. Если такого набора не найдено, вся процедура повторяется на каждом из наборы H .

    Доказательство оптимальности. Докажем индукцией по k , минимальное количество htSNP, это наименьший набор необходимых и достаточных htSNP, возвращаемый BEST, — это минимум наборов htSNP из , помечающих гаплотип установлен под рукой. Предположим сначала, что k = 1, так что минимум набор htSNP состоит только из одного SNP. Поскольку k = 1, то все элементы S являются двоичными эквивалентами, и BEST вернет один из м минимальных наборов маркировки, каждый набор определяется { s i }, для i = 1 ,…, м . Любой из этот набор будет минимальным решением. Затем предположим, что результат верен для любой минимальный набор размера k — 1 (то есть, если минимальный набор htSNPs имеет размер j k — 1, то мы предполагаем, что BEST возвращает одно из минимальных решений размером j ), и мы показываем, что результат верен, если минимальный набор состоит из тыс. htSNP. Более точно, мы предполагаем, что H = { h 1 ,…, h n } — это набор, возвращаемый BEST, упорядоченный в соответствии с к процедуре увеличения, и мы покажем, что n = k . Предположим, что мы можем разложить набор SNP S на , где S k 1 — это подмножество S , который разлагается на , Д к 1 , H k 1 состоит из первые k — 1 htSNP в H, D k 1 — набор SNP которые выводятся из H k 1 и S k — это набор SNP в S , которые не являются выводится из H k 1 .По индукции H k 1 is минимальный набор htSNP для S k 1 , и это эквивалент любого минимального набора htSNP для S к 1 . Более того, поскольку мы предполагаем, что существует минимальное решение размером k , там существует хотя бы один htSNP в S k который, после добавления H k 1 , марки минимальный набор htSNPs.Поскольку набор SNP, получаемых из весь набор , то мощность набора SNP, получаемых из самый большой, и следовательно, это набор htSNP, найденные BEST, и n = k . Если разложение не существует, тогда мы можем разложить, где и H k i состоит из первых ( k i ) SNP и повторяет тот же аргумент.

    Результаты

    BEST был впервые использован для тегирования 105 генов, в диапазоне от 5 до 229 SNP в длина, описанная в , Материалы .Результаты этого анализа сведены в Таблицу 1. Эти результаты подтверждают, что небольшая доля SNP (14% для афроамериканцев и 10% для американцев европейского происхождения) достаточно, чтобы уловить вариации набор гаплотипов. Интересно отметить, что доля требуемых SNP пометить ген уменьшается экспоненциально по мере того, как количество составляющих SNP увеличивается. Рис. 3 показывает резкое экспоненциальное уменьшение количества htSNP как размера гаплотипа увеличивается в обеих популяциях.Этот распад связан с тем, что, поскольку общее количество SNP увеличивается, наблюдаемые гаплотипы, вероятно, будут меньшая доля всего пространства выборки, которая экспоненциально растет с увеличением количество SNP. Алгоритм использует ограниченный гаплотип разнообразие в геноме для достижения экспоненциальной экономии при генотипировании как длина гаплотипа увеличивается.

    Рис.3.

    Графики зависимости общего количества SNP в каждом гене от отношения SNP требуется пометить его афроамериканцем ( слева, ) и Европейско-американские ( Правые ) образцы.Более крутой распад в Европейско-американская выборка обусловлена ​​увеличенным числом двоичных эквивалентов SNP и меньшее количество SNP в некоторых генах, потому что некоторые SNP в Афро-американская выборка не полиморфна в европейско-американской образец.

    Таблица 1. Результаты анализа 105 генов с помощью BEST

    Интересным открытием является то, что большинство htSNP в Европейско-американская выборка также появляется как htSNP в афроамериканской выборке.Поскольку минимальный набор тегов не обязательно уникален, эти пропорции могут только как нижнюю границу общих htSNP. Тем не менее, в среднем 95% (и в большинстве случаев 100%) htSNP в европейско-американской выборке являются подмножество htSNP афроамериканской выборки. Для 98 генов (94%) все htSNP, обнаруженные в европейско-американской выборке, также были обнаружены в Афро-американский образец. Это открытие поразительно идентично на огромном большинство из 105 рассмотренных здесь генов предполагает, что нижний изменчивость европейско-американского населения действительно является результатом истощение исходного генофонда в соответствии с серьезным узким местом происходящие во время основания Европы и предложенного «Вне Африка »(11, г. 15, 16).

    Важным результатом является то, что BEST успешно определяет минимальный набор htSNP даже в наборах гаплотипов, с которыми было бы невозможно справиться исчерпывающим подсчет или погрешность на глаз. Мы также проанализировали девять генов, описанных Джонсон и др. . (13). Рис.4 Слева показывает результаты, полученные BEST, и сравнивает их с результатами, опубликованными в исходный отчет. Для двух генов из девяти, CASP10 и SDF1, BEST обнаружил несколько альтернативный htSNP устанавливает меньше, чем указано в исходном отчете.За SDF1, самый крупный из генов, описанных в исходном отчете, охватывающий 22 SNP, Johnson и др. . определить, что для пометки требуется пять htSNP гаплотипы с частотой> 5%. Напротив, BEST показывает 10 эквивалентных наборы из четырех htSNP для своих данных. Даже для меньшего гена, CASP10, с всего 11 SNP, BEST смог идентифицировать четыре альтернативных набора из трех htSNP, против единственного набора из четырех htSNP в исходном отчете. Эти результаты предполагают, что, хотя их метод позволяет находить наборы тегов SNP, они не обязательно оптимальны.Во всех генах BEST идентифицировал эквивалентные SNP. По нашему опыту, знание альтернативных эквивалентных наборов htSNP часто бывает ценно на практике, когда оказывается, что генотипировать отдельные htSNP сложно. из-за фланкирующих повторяющихся областей.

    Рис.4.

    Результаты анализа данных, описанных Johnson et al . (13). ( Левый ) Резюме результатов и сравнение с результатами, полученными в исходной отчет. Для каждого гена в таблице указано название, количество SNP, количество гаплотипов с частотой> 5% в популяции, htSNPs определяется исходным отчетом и BEST, а также количеством альтернативных минимальные наборы htSNP, найденные BEST.( Справа ) Гаплотипы SDF1 и, красным — три альтернативных минимальных набора htSNP. Путем бинарного обмена SNP эквивалентных отмеченным htSNP, мы получаем 10 альтернативных наборов htSNP идентифицировано ЛУЧШИМ.

    Обсуждение

    Исследования на основе гаплотипов сегодня считаются одними из самых многообещающих. подходы к раскрытию генетической основы распространенных болезней. Одно следствие гаплотипической природы генома человека заключается в том, что только часть SNP в гаплотипе будет достаточно, чтобы однозначно различить гаплотипы.Эта особенность генома обещает значительно сократить количество SNP. требуется для полного генотипирования образца и, таким образом, сделать возможным общегеномные ассоциативные исследования. Идентификация созданных блоков гаплотипов эволюционной историей генома — важный шаг к идентификация избыточных SNP, но выполнение обещания Исследования на основе гаплотипов основываются на возможности определения того, какие SNP действительно может пометить набор гаплотипов без потери информации.Этот вклад описал возможный, точный и без потерь метод, способный идентифицировать такие htSNP и аналитически маркируют произвольный участок генома.

    Текущие подходы сосредоточены на идентификации htSNP на основе сцепления неравновесие и стохастические меры разнообразия гаплотипов. Несмотря на то что эти усилия дают полезное представление о естественной истории генома, мы показали, что аналитическое мечение гаплотипом произвольных участков генома более эффективен при идентификации экономных наборов htSNP.мы верим что способность нашего метода определять минимальный набор тегов для произвольного область генома может сыграть важную роль в выполнении обещания исследования на основе гаплотипов. Кроме того, способность нашего метода идентифицировать альтернативные минимальные наборы htSNP, когда они доступны, могут быть полезны в Практика, когда оказывается, что htSNP сложно генотипировать. Сопряжение BEST с картой человеческие гаплотипы предоставят исследователям мощный инструмент для разработки ассоциативные исследования.

    Компьютерная программа, реализующая описанный здесь метод, доступна по адресу http: // genomethods.org / best.

    Благодарности

    Мы благодарим Эмануэлу Гуссони (Гарвардская медицинская школа), Стефано Монти (Массачусетский технологический институт / Институт Уайтхеда, Кембридж, Массачусетс), Альберто Рива (Гарвардская медицинская школа) и рецензенты за их проницательные Комментарии. Это исследование было частично поддержано Национальным научным фондом. Грант ECS-0120309 (для M.F.R. и P.S.) и Национальные институты здравоохранения Гранты HL-66795 (для S.T.W. и I.S.K.) и P01 NS40828 (для L.М.К. и I.S.K.). L.M.K. является следователем Медицинского института Говарда Хьюза.

    Сноски

    • ↵§§ Кому следует обращаться по адресу: Программа по информатике, Детская Больница, Гарвардская медицинская школа, 300 Лонгвуд-авеню, Бостон, Массачусетс 02115. Электронное письмо: marco_ramoni {at} harvard.edu.

    • Сокращения: BEST, наилучшее перечисление тегов SNP; SNP, однонуклеотидный полиморфизм; htSNP, SNP с тегированием гаплотипа.

    • Авторские права © 2003, Национальная академия Науки

    Обнаружение однонуклеотидного полиморфизма (SNP) в полиплоиде Brassica napus с использованием секвенирования транскриптома Solexa — Уловка — 2009 — Журнал биотехнологии растений

    Введение

    Полиплоидия широко распространена у покрытосеменных растений и считается основным фактором их эволюции и успеха (Leitch and Bennett, 1997; Wendel, 2000). Несколько важных сельскохозяйственных культур представляют собой относительно недавно сформировавшиеся полиплоиды, включая мягкую пшеницу, хлопок, сою и масличный рапс.Культурные виды Brassica , в том числе масличный рапс, составляют группу культур, наиболее близких к Arabidopsis thaliana , и все они являются членами семейства Brassicaceae (Crucifereae) (Warwick and Black, 1991). Три генетически диплоидных вида Brassica , B. rapa (2 n = 20), B. nigra (2 n = 16) и B. oleracea (2 n = 18), содержат типичные геномы A, B и C, соответственно, хотя они имеют палеополиплоидные структуры.Каждая парная комбинация с тех пор спонтанно гибридизуется с образованием трех аллотетраплоидных видов, B. napus (2 n = 38, включая геномы A и C), B. juncea (2 n = 36, включая Геномы A и B) и B. carinata (2 n = 34, включая геномы B и C), впервые выведенные цитогенетическим анализом (UN, 1935). Линии Brassica и Arabidopsis разошлись только на c. 20 млн лет назад (Ян и и ., 1999). Это тесное филогенетическое родство с A. thaliana , которое было первым растением, для которого была определена полная последовательность генома (Arabidopsis Genome Initiative, 2000), сделало видов Brassica привлекательной группой для изучения эволюции генома после полиплоидии.

    Сравнительные исследования, проведенные на уровне карт генетического сцепления, выявили обширную дупликацию в пределах геномов Brassica (Lagercrantz and Lydiate, 1996), тогда как цитогенетический подход показал, что отличительной особенностью трибы Brassiceae является то, что они содержат трижды геномы (Lysak et al ., 2005). Исследование Brassicaceae выявило 24 консервативных хромосомных блока, связывая их с предполагаемым наследственным кариотипом ( n = 8) (Schranz et al ., 2006). При проведении анализов целевых областей геномов B. oleracea , B. rapa и B. napus с использованием подходов физического картирования или сравнительного секвенирования, результаты согласуются с принципиально трехкратной структурой для диплоид Brassica геномов (O’Neill and Bancroft, 2000; Rana et al ., 2004; Park et al ., 2005; Town et al ., 2006; Ян и и ., 2006). Подсчитано, что линии видов B. rapa и B. oleracea разошлись на c. 3,7 Mya (Inaba, Nishio, 2002). Масличный рапс ( B. napus ) возник в результате гибридизации предшественника генома A и предка генома C, вероятно, во время культивирования человека, то есть менее 10 000 лет назад. Генетическое картирование подтвердило, что геномы предков A и C практически не повреждены в B.napus и не подвергались перегруппировке (Parkin et al ., 1995). Таким образом, видов Brassica дают возможность изучить эволюцию структуры генома после полиплоидии в широком диапазоне временных масштабов.

    Геномы видов Brassica относительно велики для анализа с помощью секвенирования с помощью капиллярного электрофореза (СЕ) по Сенгеру. Например, из B. rapa является самым маленьким, c. 500 МБ (Arumuganthan, Earle, 1991).Хотя проект по секвенированию генома находится в стадии реализации для этого вида, причем как последовательности, так и аннотации последовательностей находятся в открытом доступе (http://brassica.bbsrc.ac.uk/), маловероятно, что геном размером ~ 1,2 Гб у B Napus будет секвенирован в обозримом будущем.

    Доступны три коммерческие системы для массового параллельного секвенирования (обычно называемые «секвенирование следующего поколения», NGS): GSFLX (от Roche), Solexa (от Illumina) и SOLiD (от Applied Biosystems).Длины высококачественного чтения из NGS обычно намного короче, чем> 800 оснований, полученных с помощью СЕ-секвенирования, но все платформы NGS производят данные с гораздо более низкими затратами на нуклеотид, чем СЕ-секвенирование. Первоначальные исследования с использованием прекурсора для прибора Roche GSFLX (454 GS20) показали, что объединение данных, полученных с него, с платформами CE преодолевает присущие им недостатки соответствующих технологий, позволяя получить более полное представление последовательности геномов (Goldberg et al ., 2006). Системы Solexa и SOLiD преодолевают главный недостаток GSFLX, секвенирование гомополимеров, но имеют свои недостатки (например, они не могут разрешить большинство повторяющихся последовательностей из-за их очень короткой длины считывания) и смещения (например, связанные с Контент GC для платформы SOLiD). Все три системы хорошо подходят для приложений повторного секвенирования, где доступна эталонная последовательность генома, например, как применяется в C. elegans с использованием Solexa (LaDeana et al ., 2008). Однако отсутствуют полные справочные последовательности, доступные для больших геномов большинства видов сельскохозяйственных культур, а вычислительные трудности, связанные с сборкой de novo очень больших геномов, означают, что имеющиеся в настоящее время системы NGS вряд ли предоставят их.

    Однонуклеотидные полиморфизмы (SNP) — это различия в одном основании между последовательностями ДНК людей или линий. Их можно анализировать и использовать в качестве молекулярных маркеров с высокой пропускной способностью.Если могут быть построены достаточно плотные карты сцепления, SNP-маркеры могут быть использованы в подходах ассоциативной генетики, посредством чего опросы на уровне популяции могут использовать преимущества исторической рекомбинации для выявления взаимосвязей признак-маркер на основе неравновесия по сцеплению. Это стало излюбленным генетическим подходом у многих организмов (Cardon and Bell, 2001; Flint-Garcia et al ., 2003). Доступны коллекции из линий B. napus , включая «фиксированные базовые наборы разнообразия», целью которых является уловить в небольшом количестве гомозиготных линий большую часть генетического разнообразия, доступного для данного вида (http: // www. .oregin.info/). Они представляют ресурсы, которые можно использовать с помощью генетики ассоциаций. Однако в настоящее время существует слишком мало полиморфных маркеров, доступных для реализации подхода к общегеномной ассоциации в B. napus , в основном потому, что полиплоидная природа его генома мешает как открытию SNP, так и технологиям высокопроизводительного анализа маркеров SNP.

    Были начаты исследования, направленные на использование NGS для идентификации SNP в растениях, с успехом сообщается для кукурузы с использованием 454 секвенирования транскриптома меристем побегов (Barbazuk et al ., 2007). В этом исследовании использовались сборки геномных последовательностей, состоящие из обогащенных генами геномных обзорных последовательностей из линии B73 (Fu et al ., 2005; Whitelaw et al ., 2003), и позволило идентифицировать более 4900 SNP. в более чем 2400 генах кукурузы. Этот подход не подходит для использования в B. napus по двум основным причинам. Во-первых, не существует ресурса эквивалентной геномной последовательности, который можно было бы использовать в качестве эталонной последовательности для выравнивания NGS. Во-вторых, предполагается, что амфидиплоидная природа B.napus обычно приводит к совместной экспрессии гомеологических пар генов, происходящих из геномов предшественников A и C. Эти транскрипты будут отличаться по последовательности в среднем только примерно на 3,5% (И. Бэнкрофт, неопубликованные данные). Как правило, это приводит к полиморфизму, обнаруженному в коротких NGS-чтениях, которые появляются как смесь оснований в заданном положении, одно из которых соответствует гомеологу A-генома, а другое — гомеологу C-генома, что затрудняет автоматическое обнаружение SNP и смешивает аллель с вариацией гомеолога. .

    Чтобы решить проблему обнаружения SNP в полиплоидных культурах с помощью подхода, основанного на NGS, мы выбрали B. napus для наших экспериментов. Чтобы обеспечить максимальную избыточность покрытия последовательностей, мы выбрали систему Solexa для создания тегов последовательностей. Мы сосредоточились на ненормализованном транскриптоме в листьях, который в едином наборе данных обеспечивает широкий динамический диапазон уровней изобилия транскриптов, с помощью которых можно протестировать методологию, от генов с очень высокой степенью экспрессии, таких как те, которые кодируют белки, участвующие в фотосинтезе, до генов. с едва заметным выражением лица.Для первоначального выравнивания последовательностей и идентификации SNP-кандидатов из данных короткого чтения мы использовали общедоступное программное обеспечение maq (Li et al ., 2008). Основываясь на этих результатах, мы разработали новый нисходящий подход для обнаружения SNP между генотипами в отсутствие данных эталонных геномных последовательностей, определили предполагаемые SNP между двумя сортами масличного рапса и утвердили их долю в линиях, выбранных из традиционно охарактеризованной картографической популяции.

    Результаты и обсуждение

    Создание данных тега экспрессированной последовательности (EST)

    Сорта масличного рапса, выращиваемые на Западе, демонстрируют очень низкий уровень аллельного разнообразия. Поэтому, чтобы максимально увеличить количество доступных для обнаружения SNP, мы выбрали для нашего исследования сорта Tapidor и Ningyou 7, которые оказались наиболее расходящимися линиями, проанализированными с использованием маркеров полиморфизма длины рестрикционных фрагментов (RFLP) (Meng et ). al ., 1996). Tapidor — это европейский сорт озимого типа (т.е.он требует сильной яровизации), тогда как Ningyou 7 — китайский полузимный сорт (то есть он мало требует яровизации). Они доступны в виде линий удвоенных гаплоидов (DH), что означает, что они полностью гомозиготны. Популяция для картирования DH была разработана на основе их скрещивания (Qiu et al ., 2006), которая была широко принята в качестве эталонной популяции для картирования исследовательским сообществом Brassica .Поэтому мы выбрали линии DH Tapidor и Ningyou 7 для разработки EST. Растения выращивали до стадии шести листьев, и из листьев экстрагировали РНК. Полиаденилированную РНК очищали и подвергали секвенированию Solexa (четыре полосы на приборе для каждого сорта). Чтобы сохранить широкий диапазон уровней изобилия видов мРНК, взятых из транскриптома, РНК не нормализовали.

    После фильтрации для праймера, коротких и низкокачественных последовательностей было получено 21 952 885 EST размером 35 п.н. для Ningyou 7 и 19 002 103 EST размером 35 п.н. для Tapidor.Таким образом, общее количество доступных для анализа баз составило ~ 0,77 Гб для Ningyou 7 и ~ 0,67 Гб для Tapidor. Эти результаты подтверждают ожидаемую эффективность системы Solexa для генерации данных EST от Brassica , причем данные, полученные от каждого сорта, превышают общее количество оснований последовательностей EST, полученных из CE, в настоящее время в общедоступных базах данных для всех видов Brassica . (~ 0,49 Гб).

    Согласование EST с эталонными последовательностями

    В настоящее время нет доступной эталонной последовательности генома для B.napus , и нет доступных вычислительных подходов для обнаружения SNP непосредственно между двумя наборами данных Solexa. Поэтому нам пришлось разработать новый подход. Мы решили провести наши сопоставления и процедуру идентификации SNP кандидатов с использованием программного пакета maq (Li et al ., 2008). Первоначально он был разработан для приложений повторного секвенирования, предполагая предоставление высококачественной эталонной последовательности генома. Вместо этого стандартного типа эталонной последовательности мы использовали набор из 94 558 уникальных генов Brassica , которые были собраны из примерно 810000 общедоступных EST нескольких различных видов Brassica , первоначально для использования в конструкции Brassica . микрочип (M.Trick et al ., Готовится; http://brassica.bbsrc.ac.uk/array_info.html). Эти унигены представляют в общей сложности 64 044 420 п.н. последовательности, включая 43 731 неразрешенное основание («N»). Для Ningyou 7 EST 16 267 058 прочтений (74,1%) были выровнены с 27 256 779 разрешенными основаниями эталонных последовательностей (более 71239 униген), обеспечивая среднюю глубину охвата в 20,9 раза (16 267 058 чтений × 35 длина чтения / 27 256 779 п.н. выровненной эталонной последовательности). Для Tapidor EST 13 953 924 читает (73.4%) были выровнены с 25 871023 разрешенными основаниями эталонных последовательностей (более 70 007 уникальных генов), обеспечивая среднюю глубину покрытия в 18,9 раз (13 953 924 чтения × длина чтения 35 п.н. / 25 871023 п.н. выровненного эталона). последовательность). Эти результаты показывают, что большинство EST, полученных из Solexa, можно сопоставить с последовательностями, уже представленными в общедоступных базах данных, но существенное меньшинство (25,9% в Ningyou 7 и 26,6% в Tapidor) не могут. Отсутствие выравнивания для этих последовательностей может быть связано с тем, что соответствующий транскрипт не представлен в общедоступном наборе данных EST (и, следовательно, унигенах Brassica ), либо из-за большей глубины профилирования транскриптома листа в нашем эксперименте, либо из-за невозможности для клонирования последовательностей Escherichia coli перед секвенированием СЕ.Это также может быть вызвано тем, что вариация последовательностей между соответствующими Solexa EST и унигеновыми последовательностями слишком велика для возможности выравнивания, например, в результате вариации InDel с участием нескольких оснований. Сборка de novo этих невыровненных прочтений Solexa должна привести к увеличению унигенных последовательностей, доступных для видов Brassica , но выходит за рамки настоящего исследования.

    Сводка нуклеотидных составов эталонных последовательностей, а также общих и выровненных считываний Solexa представлена ​​в таблице 1.Эти результаты показывают, что содержание GC в общих и выровненных считываниях Solexa (47,6% и 48,2% соответственно для Ningyou 7; 48,4% и 48,8% соответственно для Tapidor) выше, чем для набора данных unigene в целом (44,1%), что позволяет предположить что может быть некоторое дифференциальное представление между последовательностями EST, полученными из Solexa, и последовательностями EST, полученными с помощью CE после клонирования.

    Таблица 1. Нуклеотидный состав унигенных эталонных последовательностей и последовательностей метки экспрессируемой последовательности (EST) Solexa (полные и выровненные) из масличного рапса сортов Ningyou 7 и Tapidor
    Нуклеотид Ссылка (%) Нинъю 7 Тапидор
    Всего прочтений (%) Совместные чтения (%) Всего прочтений (%) Совместные чтения (%)
    А 28.31 27,78 26,84 26,56 26,62
    С 21,39 22.37 22,29 23,80 23,03
    г 22,72 25,21 25.92 24,62 25,78
    т 27,59 24,58 24,95 24.94 24,57

    Обнаружение полиморфизма

    После выравнивания последовательности Solexa считывается с унигенными эталонными последовательностями Brassica , необходимо было провести идентификацию полиморфизмов аллельных последовательностей между Tapidor и Ningyou 7. Хотя это упрощается за счет использования инбредных или, как здесь используется, линий DH (которые гомозиготны по всему геному), этот процесс по своей сути более сложен в аллотетраплоиде, таком как B.napus , чем у диплоидных видов из-за наличия гомеологических локусов. Это схематично проиллюстрировано на рисунке 1. Там, где последовательности гомеологов различаются, можно наблюдать полиморфизмы, называемые здесь «межгомеологическими полиморфизмами». Они не представляют собой аллельную вариацию как таковую и при выравнивании последовательностей генерируют одинаковый код неоднозначности в каждом генотипе (например, Y на рисунке 1, генерируемый присутствием как оснований C, так и T). Напротив, мы называем аллельные полиморфизмы, наблюдаемые в присутствии гомеологических последовательностей, «геми-SNP».При выравнивании последовательностей они генерируют код неоднозначности только для одного сорта (например, на Рисунке 1 буква S указывает на наличие оснований C и G для Tapidor, но только C для Ningyou 7) или, иногда, разные коды неоднозначности для сортов с одним сортом. составляющих их оснований вместе. В экспериментах по генетическому картированию общая основа между аллелем одного сорта и его гомеологами обоих сортов неинформативна; следовательно, геми-SNP будут оцениваться как доминантные маркеры, и, как это типично для таких маркеров, ошибки оценки будут в первую очередь ложноотрицательными для информативного аллеля.В нашем случае это будет результатом того, что база, необходимая для выявления информативного аллеля, не была случайно выбрана доступными считываниями Solexa. Даже в полиплоидах иногда возможен локус-специфический анализ, например, при использовании локус-специфичных ампликонов для анализа геномной ДНК или когда только один гомеолог вносит вклад в транскриптом. В этих случаях аллельные вариации можно идентифицировать с помощью того, что мы называем «простыми SNP» (рис. 1).

    Схематическое изображение типов полиморфизма последовательностей в линиях удвоенных гаплоидов (DH).Позиции полиморфизмов последовательностей выделены жирным шрифтом. Два типа аллельного однонуклеотидного полиморфизма (SNP) обозначены сплошными прямоугольниками (межгомеологические полиморфизмы не являются аллельными SNP). Коды неоднозначности Международного союза биохимии (IUB): Y = C или T, S = C или G.

    Чтобы идентифицировать аллельные полиморфизмы (межсортовые SNP), мы использовали двухэтапный процесс. На первом этапе Perl-скрипт SNP-фильтра, поставляемый с распределением maq, был использован для идентификации в унигеновых последовательностях Brassica позиций устойчивых полиморфизмов последовательностей-кандидатов относительно выровненных считываний Solexa от каждого сорта.Среди различных параметров, используемых сценарием, есть регулируемое требование минимальной глубины чтения для оценки потенциального SNP. Для составления отдельных списков SNP мы использовали глубину по умолчанию, равную трем. На втором этапе был использован Perl-скрипт, который мы разработали, для сравнения этих двух списков уточненных SNP, чтобы идентифицировать: (i) вызовы одного и того же «SNP» относительно унигеновых последовательностей Brassica как в Tapidor, так и в Ningyou. 7; (ii) вызовы SNP между уникальными последовательностями Brassica и только одним из Tapidor или Ningyou 7; и (iii) отличающиеся вызовы SNP для Tapidor и Ningyou 7 относительно унигеновых последовательностей Brassica .Последние два класса были объединены и подвергнуты дальнейшей обработке для уточнения определения предполагаемых полиморфизмов между двумя сортами. Это включало анализ базовых вызовов в чтениях Solexa для каждого из Tapidor и Ningyou 7 в позиции данного предполагаемого SNP с целью отфильтровать те случаи, в которых не было достаточной глубины чтения в противоположном сорте для maq to надежно назвали либо эталонной базой, либо полиморфизмом. Мы ввели первоначальное требование как минимум четырех считываний потенциально полиморфной базы в наборах данных Tapidor и Ningyou 7 для сохранения предполагаемого SNP между сортами.Кроме того, алгоритм устранял SNP, идентифицированные maq как базовые неоднозначности в одном генотипе, если смесь высококачественных базовых вызовов в этой позиции в противоположном родителе воссоздала ту же неоднозначность, независимо от того, вызвал ли maq SNP там.

    При минимальной глубине считывания, равной четырем, наш анализ выявил 55 938 экземпляров одних и тех же вызовов «SNP» относительно эталонных последовательностей, идентифицированных в одном месте для обоих сортов. Очень немногие из них (139) назначали базовые вызовы на нерешенные позиции (т.е. ‘N’) в унигенных последовательностях. Мы интерпретируем подавляющее большинство, что остается, как в значительной степени свидетельствующее о сайтах, на которых последовательности транскриптов различных видов, используемых для общедоступного набора данных EST, полученных из CE, отличаются от последовательности в масличном рапсе. Кроме того, некоторые из них также могут отражать ошибки секвенирования в данных, полученных из CE, ошибки в сборке унигенов Brassica или аллельные вариации между проанализированными нами сортами масличного рапса и сортами, использованными для создания полученных из CE ESTs.

    Мы идентифицировали 41 593 предполагаемых аллельных полиморфизма по 15 626 унигенам между сортами масличного рапса Tapidor и Ningyou 7. Большинство из них представляют собой SNP относительно эталона, где основание, считанное с одного из сортов, совпадает с основанием в соответствующем унигене, но есть было 5378 случаев, когда и Tapidor, и Ningyou 7 отличались от unigene (и друг от друга). Многие SNP были обозначены maq как коды неоднозначности, представляющие несколько оснований.Для исходного приложения, для которого был разработан maq, они будут интерпретироваться как соответствующие гетерозиготным локусам в диплоидном геноме. В нашей заявке, в которой участвовали две полностью гомозиготные линии, мы интерпретируем их как свидетельство вклада в транскриптом близкородственных генов, наиболее вероятно гомеологов из генома A и C B. napus . В самом деле, унигены, используемые в качестве эталонных последовательностей, были собраны с использованием параметров, направленных на совместную сборку EST из таких гомеологов.Из выявленных предполагаемых полиморфизмов 36 424 (87,5%) связаны с кодами неоднозначности. Два таких геми-SNP, которые встречаются рядом в одном и том же унигене (JCVI_23323: 727 и JCVI_23323: 751), показаны на рисунке 2. Мы интерпретируем их как случаи, в которых предполагаемый SNP присутствует в одном из двух транскрибируемых и тесно связанных гены, скорее всего, гомеологи в нашем приложении.

    Сравнительные дисплеи из Maqview, показывающие чтение с выравниванием по maq для родителей Tapidor и Ningyou 7 по образцу unigene, JCVI_23323.Кандидаты SNP (C / Y и Y / C) идентифицируются в позициях 727 и 751. На каждой панели верхняя дорожка показывает эталонную последовательность; следующее показывает консенсус, называемый maq, полученный из выровненных индивидуальных чтений, изображенных ниже. Phred-подобные базовые качества (Li et al ., 2008) кодируются графически (заглавные буквы, базовое качество> 25; строчные белые, качество 21–25; строчные светло-серые, качество 11–20; нижние темные. серый, качество, ≤ 10). Отличия от консенсусной базы окрашены в красный цвет.

    Если оценка аллелей зависит от представления транскриптов двух генов, важным источником ошибок при присвоении аллелей является требование, чтобы оба они были адекватно представлены в наборе данных Solexa. Ожидается, что частота таких ошибок будет уменьшаться с увеличением глубины чтения, поэтому мы оценили количество предполагаемых SNP, идентифицированных по мере постепенного увеличения требуемого порога с минимальной глубины чтения, равной четырем, до минимальной глубины чтения, равной восьми.Результаты сведены в Таблицу 2. Как и ожидалось, количество идентифицированных SNP-кандидатов уменьшается с увеличением требуемой глубины чтения. Однако даже при оценке самого строгого требования (минимальная глубина чтения восемь), мы все же идентифицировали 23 330 предполагаемых SNP над 9265 уникальными генами. Из них 21 259 (91,2%) являются полу-SNP. Мы интерпретируем это как, вероятно, лучшую оценку доли SNP, которые включают транскрипты двух тесно связанных генов, поскольку увеличенная глубина чтения должна снизить вероятность ошибок выборки, как описано выше.

    Таблица 2. Обнаруженные предполагаемые однонуклеотидные полиморфизмы (SNP) между транскриптомами масличного рапса сортов Tapidor и Ningyou 7 при различной минимальной глубине покрытия последовательностей
    Минимальная глубина чтения Всего SNP между сортами Unigenes Простые SNP Hemi-SNP Hemi-SNP (%)
    4 41593 15 626 5169 36 424 87.5
    5 35 030 13 395 3856 31 174 89,0
    6 30 104 11 632 3016 27 088 90.0
    7 26 358 10 357 2466 23 892 90,6
    8 23 330 9 265 2071 21 259 91.2

    Число унигенов, идентифицированных как содержащие хотя бы один предполагаемый SNP, колеблется от 9265 до 15 626 (с использованием восьми- и четырехкратной минимальной глубины чтения, соответственно). Рассчитанные плотности SNP находятся в диапазоне от 0,32 до 29,72 на килобайт унигеновой последовательности, а их частотные распределения показаны на рисунке 3. Распределение отличается от экспоненциального спада частоты с увеличением степени полиморфизма за счет появления пика с плотностью приблизительно 19 SNP. / kb выровненной эталонной последовательности.Это может соответствовать транскриптам из областей генома, интрогрессированных в Ningyou 7 из B. rapa . Это связано с тем, что мы ожидаем гораздо более высокой скорости вариации последовательностей между аллелями, происходящими от B. napus и B. rapa , чем мы делаем для аллелей, происходящих от сортов B. napus , и селекция Ningyou 7 включала скрещивания. с B. rapa (Qiu et al ., 2006). Оценка общей скорости полиморфизма последовательностей осложняется неопределенностью фактической сложности анализируемого транскриптома.Если мы предположим, что доля эталонных последовательностей размером ~ 26 МБ, с которыми считывает Solexa, была выровнена из двух различных генов, указана долей геми-SNP, когда требуется минимальная глубина чтения восемь (91,2%), мы можем оценить общий эффективный размер выровненной эталонной последовательности составляет 1,912 × ~ 26 МБ = ~ 49,7 МБ. Это позволяет нам оценить уровень обнаруженного полиморфизма между транскрибируемыми последовательностями в Tapidor и Ningyou 7 в пределах ~ 0,047% на основе минимальной глубины чтения восемь (23 330 SNP / 49.7 Мб) и ~ 0,084% при минимальной глубине чтения четыре (41593 SNP / 49,7 Мб). Это согласуется с предыдущими оценками разнообразия аллельных последовательностей между этими двумя сортами ~ 0,1% (И. Бэнкрофт, неопубликованные данные).

    Логарифмические гистограммы частотного распределения обнаруженных плотностей однонуклеотидного полиморфизма (SNP) при критериях минимальной глубины чтения, равных четырем и восьми считываниям. SNP, идентифицированные maq в родительских наборах данных и оставшиеся после этапов постобработки, были записаны для расчета плотности на основе длин эталонных последовательностей.

    Подтверждение кандидатских SNP в геномных последовательностях

    Проверка кандидатных SNP с помощью полимеразной цепной реакции (ПЦР), амплификации геномной ДНК и секвенирования является сложной и трудоемкой процедурой для масличного рапса. Это связано с тем, что низкий уровень расхождения между геномами A и C, ~ 3,5%, обычно приводит к одновременной амплификации обоих гомеологов, что мешает последующему секвенированию.Ранее мы провели анализ вариации последовательностей между Tapidor и Ningyou 7 с использованием 33 локус-специфичных ампликонов, всего 13 857 п.н., как показано в Таблице S1 (см. «Вспомогательную информацию»), в рамках проекта разработки маркеров SNP (Qiu et al ., 2006; http://brassica.bbsrc.ac.uk/IMSORB/). По результатам однопроходного секвенирования шесть ампликонов содержат SNP, всего обнаружено 19 SNP. Мы идентифицировали, используя выравнивание бластов, унигены, содержащие предполагаемые SNP, которые были идентифицированы в данных Solexa (с минимальной глубиной чтения четыре), которые перекрывают геномные последовательности.Затем мы оценили, подтверждают ли эти геномные последовательности предполагаемые SNP, вызываемые нашими методами. Из девяти SNP в выровненных регионах восемь были названы в анализе данных Solexa геми-SNP, и поэтому ожидается, что они будут соответствовать парам гомеологических геномных последовательностей, только одна из которых будет соответствовать локусу, идентифицированному полиморфизмом. Из этих восьми четыре полиморфизма, JCVI_17800: 283 (Tapidor = G / T, Ningyou 7 = G), JCVI_17800: 316 (Tapidor = A / G, Ningyou 7 = A), JCVI_35335: 514 (Tapidor = C / T , Ningyou 7 = C) и JCVI_35335: 709 (Tapidor = A / T, Ningyou 7 = T) были подтверждены как присутствующие.Для остальных четырех JCVI_35335: 559 (Tapidor = C / T, Ningyou 7 = G / T), JCVI_ 35335: 607 (Tapidor = G, Ningyou 7 = A / G), JCVI_35335: 718 (Tapidor = C, Ningyou 7 = C / T) и JCVI_35335: 775 (Tapidor = T, Ningyou 7 = C / T), геномные последовательности содержат основание, которое, как ожидается, должно находиться в гомеологе полиморфного локуса, и поэтому неинформативны. Девятый предполагаемый SNP JCVI_38464: 472 (Tapidor = C, Ningyou 7 = A) противоречил геномным последовательностям, при этом соответствующее основание, присутствующее в геномных последовательностях Tapidor и Ningyou 7, было C.Изучение выровненных считываний Solexa показало, что данные Ningyou 7 содержали только базовые вызовы низкого качества в этой позиции. В целом, уровень валидации, основанный на небольшой выборке, которую мы протестировали, был хорошим, но были некоторые ошибки, и есть возможности для дальнейшего улучшения методологии. SNP, обнаруженные с использованием геномных последовательностей, но не вызванные с использованием данных Solexa, действительно могли быть обнаружены путем ручной проверки выровненных считываний Solexa (где они были), но они были отфильтрованы нашими методами из-за недостаточной глубины считывания.Мы ожидаем, что более глубокие данные о последовательности Solexa привели бы к идентификации большей доли полиморфизмов, существующих между сортами, и позволили бы дальнейшую фильтрацию ошибочных вызовов.

    Подтверждение SNP путем секвенирования транскриптома Solexa линий картирующей популяции

    Наша цель — разработка системы маркеров, включающей генотипирование линий B. napus путем повторного секвенирования Solexa, для использования в ассоциативной генетике и для построения карт сцепления сверхвысокой плотности, необходимых для работы с популяционной структурой. в таких исследованиях.Поэтому мы разработали валидационный эксперимент, чтобы проверить, можем ли мы наблюдать родительские аллели и их ожидаемые паттерны сегрегации на панели линий из популяции картирования DH. Мы выбрали четыре линии из популяции «TNDH» (Qiu et al ., 2006). Обновленная версия карты связей TNDH и связанный файл локуса общедоступны (http://www.jic.ac.uk/staff/ian-bancroft/research_page3.htm#linkage). Линии, которые использовались для проверки (Dh251, Dh256, Dh277 и Dh286), были выбраны на основании того, что они содержат относительно большое количество событий рекомбинации.Данные транскриптома Solexa были сгенерированы так же, как для данных Tapidor и Ningyou 7, но только с одним прогоном по полосе Solexa на образец вместо четырех. Статистические данные сгенерированных данных последовательности показаны в таблице 3.

    Таблица 3. Статистика для последовательностей меток экспрессируемой последовательности (EST) Solexa, сгенерированных из четырех линий популяции картирования TNDH
    Dh251 Dh256 Dh277 Dh286
    Количество EST 7 588 795 9 984 396 9 230 110 9 755 434
    Общее количество оснований в EST (п.н.) 265 607 825 349 453 860 323 053 850 341 440 190
    Содержание ЭСТ в ГХ (%) 46.17 46,28 46,37 46,20
    EST согласованы с номером 5 344 071 7 270 497 6 602 795 7 076 516
    Длина выровненной ссылки (bp) 24 781 884 26 039 950 25 463 857 26 452 382
    Фальцовка выровненной ссылки 7.55 9,77 9,08 9,36

    Данные EST из четырех линий TNDH использовались для вызова аллелей в локусах SNP, идентифицированных между родителями Tapidor и Ningyou 7 в диапазоне минимальных глубин считывания, как и раньше, но эти минимальные глубины затем применялись ко всем четырем линиям DH в порядок оценки аллеля.Результаты сведены в Таблицу 4, а пример выравнивания по линиям TNDH проиллюстрирован на Рисунке 4. Поскольку наборы данных Solexa, полученные из линий TNDH, были значительно меньше, чем родительские линии, количество локусов, которые могли быть оценены в этот анализ был сокращен с 7980 (при минимальной глубине считывания восемь) до 18 130 (при минимальной глубине считывания четыре). В большинстве случаев в линиях TNDH были идентифицированы только родительские аллели. Однако некоторые обнаруженные аллели не являются родительскими.Они были засчитаны как случаи, в которых по крайней мере один аллель по четырем линиям TNDH не совпадал ни с таковым у родителей Tapidor или Ningyou 7. Доля таких случаев была наибольшей с требованием только четырехкратной минимальной глубины чтения по всем шести строкам (17,2%), но снизилась до 12,6% с повышением строгости восьмикратной минимальной глубины чтения. Поскольку эта популяция была тщательно изучена без наблюдения не родительских аллелей, мы интерпретируем наблюдаемые случаи как результат ошибочного сопоставления последовательностей Solexa с некоторыми локусами или случайной неспособности наблюдать считывания всех оснований, необходимых для вызова кода неоднозначности. соответствующий родительскому аллелю.

    Таблица 4. Полиморфизмы одиночных нуклеотидов (SNP), оцениваемые в транскриптомах четырех линий популяции картирования TNDH при различной глубине минимального покрытия последовательностей для всех четырех линий и их родителей
    Минимальная глубина чтения Всего SNP между сортами Всего набранных SNP * Unigenes Простые SNP Hemi-SNP SNP с оценкой только родительских аллелей † SNP, оцененных только с родительскими аллелями † (%)
    4 41593 18 130 7065 1456 16 674 15 008 82.8
    5 35 030 16 826 6612 1275 15 551 14 038 83.4
    6 30 104 11 404 4583 747 10 657 9 799 85.9
    7 26 358 9 422 3829 593 8 829 8 185 86.8
    8 23 330 7 980 3269 483 7 497 6 973 87.4
    • * SNP, идентифицированные между родителями, должны были быть охвачены одинаковой минимальной глубиной считывания по всем четырем линиям DH для оценки.
    • † За исключением экземпляров не родительских аллелей, вызываемых в любой из четырех линий DH.

    Maqview отображает сопоставления с эталонным унигеном JCVI_23323 по четырем удвоенным гаплоидным линиям из популяции TNDH. Они соответствуют локусам SNP, показанным на рисунке 1 для Tapidor и Ningyou 7.

    Поскольку линии TNDH уже были подвергнуты обширному генотипированию с использованием обычных маркеров, мы смогли оценить, согласованы ли результаты генотипирования, полученные с использованием последовательностей Solexa EST.Мы проанализировали состав каждой из четырех линий TNDH для аллелей Tapidor и Ningyou 7 в оцененных локусах, используя минимальную глубину чтения четыре, примененную ко всем шести линиям. Для этого анализа мы сосредоточились на области генома, для которой мы идентифицировали набор перекрывающихся секвенированных клонов ВАС, содержащих геномной ДНК B. rapa (которая была секвенирована в рамках проекта Brassica rapa Genome Sequencing Project; http : //brassica.bbsrc.ac.uk/), которые были привязаны к карте сцепления TNDH с помощью молекулярных маркеров, полученных из этих BAC.Они сопоставлены с группой сцепления A1, и генотипирование для линий TNDH, использованное в этом исследовании, показывает, что аллели Tapidor должны присутствовать для этой области генома в линии Dh251, а аллели Ningyou 7 — в остальных. Оценка маркеров в группе гомеологического сцепления (C1; которая содержит гомеологи генов в этой части группы сцепления A1) показывает, что все четыре линии должны содержать аллели Tapidor в этой области генома. Мы идентифицировали унигены, родственные набору B.rapa BAC клоны (KBrB010F06, KBrB042G14, KBrB124L09, KBrH001M22, KBrH003E03, KBrH055H09, KBrh230E08, KBrS004O21 и KBrS003F17) путем выравнивания бластов. Затем мы проанализировали аллели, вызываемые для каждой из четырех линий TNDH в локусах, содержащихся в этих родственных унигенах, с наименьшей строгостью охвата, то есть аллели с минимальной четырехкратной глубиной считывания в каждом локусе по всем четырем линиям плюс их родительские сорта. Четыре предполагаемых SNP были отфильтрованы из анализа как следствие обнаружения не родительских аллелей в одной или нескольких линиях TNDH.Результаты представлены в таблице 5. Из 47 проанализированных локусов 46 были полу-SNP. Аллели, набранные для 36 из 47 локусов, соответствовали всем четырем линиям TNDH с аллелями, ожидаемыми для целевой области группы сцепления A1, а четыре были согласованы во всех четырех линиях TNDH с тем, что ожидалось для его гомеологической области по сцеплению. группа C1. Семь локусов не показали ни одного из ожидаемых паттернов сегрегации. Однако данные для них согласуются со стохастической неспособностью оценить вызов неоднозначности в результате недостаточной глубины охвата последовательности, т.е.е. ложноотрицательные результаты для информативного аллеля (вызовы аллелей выделены жирным шрифтом в таблице 5). Альтернативное объяснение могло бы, в принципе, возникать из-за эффектов действия trans , таких как транскрипция только одного гомеолога из пары, зависящая от аллельной вариации в несвязанном локусе.

    Таблица 5. Аллель требует предполагаемых маркеров однонуклеотидного полиморфизма (SNP) в унигенах, родственных секвенированным клонам ВАС, картированным в группу сцепления A1, с минимальной глубиной считывания четыре в каждом локусе по всем шести линиям
    Cognate unigene: позиция SNP Тапидор Нинъю 7 Dh251 Dh256 Dh277 Dh286 Согласованное сопоставление?
    EV164953: 267 Т Y Т Y т Y Нет *
    EX027153: 788 А M M А M M Нет *
    JCVI_14922: 199 M С M С С С Есть
    JCVI_14922: 491 С Y С С С С Есть (C1)
    JCVI_14962: 220 С Y С Y Y Y Есть
    JCVI_14962: 658 G С G С С С Есть
    JCVI_1663: 630 Вт А Вт А А А Есть
    JCVI_17140: 269 R G R G G G Есть
    JCVI_17140: 536 S G S S S S Есть (C1)
    JCVI_18812: 1560 Y Т Y Т Т Т Есть
    JCVI_18812: 1596 А M А M M M Есть
    JCVI_19188: 2822 К M M M M M Нет *
    JCVI_1925: 271 G R G R R R Есть
    JCVI_22126: 284 M С M С С С Есть
    JCVI_22126: 528 G S G S S S Есть
    JCVI_23323: 727 С Y С Y Y Y Есть
    JCVI_23323: 751 Y С Y Y Y Y Есть (C1)
    JCVI_23323: 822 G R G R R R Есть
    JCVI_23323: 925 G К G G G G Есть (C1)
    JCVI_25984: 225 R G г R г R Нет *
    JCVI_40373: 29 К Т К Т Т Т Есть
    JCVI_40373: 97 R G R G G G Есть
    JCVI_40373: 208 т К К К К К Нет *
    JCVI_40373: 215 К Y Y Y Y Y Нет *
    JCVI_40373: 799 M А M А А А Есть
    JCVI_41027: 561 А Вт А Вт Вт Вт Есть
    JCVI_41027: 645 А M А M M M Есть
    JCVI_4176: 226 G S G S S S Есть
    JCVI_4176: 667 G К G К К К Есть
    JCVI_4176: 1016 А Вт А Вт Вт Вт Есть
    JCVI_4176: 1319 R А R А А А Есть
    JCVI_4176: 1461 G R G R R R Есть
    JCVI_4317: 668 С M С M M M Есть
    JCVI_5044: 408 г R R R R R Нет *
    JCVI_5044: 606 Y С Y С С С Есть
    JCVI_5392: 857 R G R G G G Есть
    JCVI_7288: 618 С S С S S S Есть
    JCVI_7882: 130 С Y С Y Y Y Есть
    JCVI_7882: 166 S R S R R R Есть
    JCVI_7882: 217 Y С Y С С С Есть
    JCVI_7882: 251 С Y С Y Y Y Есть
    JCVI_7882: 259 К S К S S S Есть
    JCVI_7882: 295 Т К Т К К К Есть
    JCVI_7882: 391 G R G R R R Есть
    JCVI_7882: 418 К Т К Т Т Т Есть
    JCVI_7882: 457 Т К Т К К К Есть
    JCVI_7882: 522 К G К G G G Есть
    • Коды неоднозначности Международного союза биохимии: M = A / C; К = Г / Т; Y = C / T; R = A / G; W = A / T; S = C / G.
    • * Предполагаемые ошибочные вызовы аллелей выделены жирным шрифтом. Они интерпретируются как потенциально возникающие в результате стохастической неспособности наблюдать в выровненных чтениях Solexa всех оснований, необходимых для вызова правильного аллеля.

    Мы пришли к выводу, что секвенирование транскриптома с помощью Solexa является эффективным методом идентификации вариации последовательности между линиями масличного рапса.Мы показали, что вариация последовательности воспроизводимо идентифицируется в линиях картируемой популяции, полученной из проанализированных сортов, и что автоматическая оценка аллелей в таких линиях согласуется с результатами обычных маркеров. Таким образом, секвенирование транскриптома с помощью Solexa является подходящим подходом для обнаружения и анализа SNP у масличного рапса и других полиплоидных видов. Он преодолевает ключевое препятствие для ассоциативных генетических исследований полиплоидов, позволяя проводить рентабельный анализ вариабельности последовательностей одновременно в десятках тысяч локусов.

    Экспериментальные процедуры

    Выделение листовой РНК

    Два родителя популяции TNDH (Qiu et al ., 2006) и четыре линии TNDH, TN151, TN156, TN177 и TN186, с высокой рекомбинантной частотой были отобраны для экстракции РНК и секвенирования Solexa. Два родителя были посажены в июне 2007 года, а четыре линии DH были посажены в июне 2008 года. Все материалы были высажены в одинаковых условиях.Листья проростков на стадии шести листьев были извлечены для выделения РНК. Всего 0,1 г ткани листа для каждого образца замораживали в жидком азоте и использовали для выделения РНК. Экстракцию РНК проводили с использованием набора Trizol (Invitrogen, Carlsbad, CA) в соответствии с протоколом производителя. После выделения и сушки образцов РНК их растворяли в H 2 O, обработанном диэтилпирокарбонатом, и использовали ультрафиолетовый (УФ) спектрофотометр для определения концентрации раствора.Качество РНК подтверждали на 1,0% денатурирующих агарозных гелях.

    Секвенирование Solexa

    По крайней мере, 20 мкг общей РНК в концентрации ≥ 400 нг / мкл было отправлено в Пекинский институт геномики (BGI) для секвенирования Solexa в качестве коммерческой услуги. Сначала молекулы мРНК, содержащие поли-А, очищали от тотальной РНК с использованием магнитных шариков, прикрепленных к поли-Т олигонуклеотидам. После очистки мРНК была фрагментирована на небольшие кусочки с использованием двухвалентных катионов при повышенной температуре.Затем расщепленные фрагменты РНК копировали в кДНК первой цепи с использованием обратной транскриптазы и высокой концентрации случайных гексамерных праймеров. За этим последовал синтез кДНК второй цепи с использованием ДНК-полимеразы I и РНКазыH. Наконец, короткие фрагменты кДНК были подготовлены для секвенирования Solexa на анализаторе генома Illumina (Сан-Диего, Калифорния) с использованием протокола производителя и реагентов из набора для подготовки образцов для секвенирования геномной ДНК, поставляемого с системой.

    Вызов SNP с использованием maq

    maq версии 0.6.8 (Li et al ., 2008) использовался для первоначального выравнивания и идентификации SNP в родительских наборах данных, в основном следуя протоколам, описанным в онлайн-документации (http://maq.sourceforge.net) и принимая значения параметров по умолчанию. Вкратце, 95k уникальных эталонных последовательностей были преобразованы в двоичный формат FASTA, и каждое подмножество считанных данных Solexa (соответствующее одной дорожке на приборе, приблизительно пять миллионов необработанных считываний) было преобразовано из Solexa FASTQ в формат Sanger FASTQ.Как рекомендовалось, каждое подмножество было отдельно сопоставлено с эталоном, а затем эти карты были объединены для формирования родительских карт и сборки согласованных последовательностей. Было обнаружено, что отображение было наиболее трудоемким этапом, занимающим около 12–15 часов реального времени на четырехъядерном компьютере с 16 ГБ ОЗУ, где каждое ядро ​​обрабатывает одну полосу данных. Предположительно, это связано со сложностью эталонной последовательности. Команда maq cns2snp использовалась для извлечения сайтов SNP, использующих Phred-подобные консенсусные качества в качестве начального критерия.Затем для последующей обработки этих SNP использовался скрипт Maq Perl SNPfilter. Используемый здесь алгоритм обращается к дополнительным данным, чтобы исключить SNP, охватываемые слишком малым или слишком большим количеством чтений, близкие к потенциальным InDel, попадающие в возможно повторяющиеся области или имеющие некачественные соседние базы. Используемые параметры по умолчанию означают, что вызванные результирующие SNP были охвачены как минимум тремя чтениями.

    Обнаружение полиморфизма

    Поскольку это несколько новое использование maq, мы разработали сценарий Perl для сравнения отфильтрованных списков SNP, сгенерированных конвейером, описанным выше, для двух родительских наборов данных.Для каждого SNP-кандидата алгоритм обращался к данным о качестве чтения и базы по этой позиции в текстовом формате pileup для противоположного генотипа и делал дальнейшие оценки надежности, учитывая сложность наших данных. Мы применили регулируемый критерий глубины чтения, так что SNP удалялись при недостаточной глубине чтения в противоположном генотипе (что ставило под угрозу способность maq выравнивать или вызывать SNP). Кроме того, SNP, идентифицированные maq как базовые неоднозначности по отношению к эталону в одном генотипе, были исключены, если смесь высококачественных базовых вызовов в этой позиции в противоположном родителе перекрывалась, независимо от того, вызвал ли maq SNP там.Мы также экспериментировали с вызовом базы в позициях SNP, чтобы, возможно, переопределить исходный консенсусный вызов maq. Общий результат — агрессивная фильтрация SNP-вызовов maq. Сценарий также использовался для определения согласованных «SNP», вызываемых maq, которые указывали отклонения от эталонной последовательности (и вносили в нее исправления). Индексатор сопоставления и программа просмотра Maqview (J. Ruan, H. Li и M. Zhao, http://maq.sourceforge.net) использовались для графической визуализации и проверки возможных SNP.

    Оценка аллелей

    Вспомогательный сценарий Perl был разработан для последовательного доступа к необработанным данным maq pileup, руководствуясь уточненным списком SNP, для каждой линии DH, используемой в наших экспериментах по проверке достоверности.Регулируемый критерий минимальной глубины чтения применялся повсеместно для родительской линии и линии DH для оценки позиции SNP. Это привело к сильному отсеву списка первичных кандидатов SNP, поскольку отдельные наборы данных DH содержали меньше считываний и, следовательно, более низкий охват, чем родительские. Затем аллели вызывались в каждом положении SNP последовательным образом для каждой родительской линии и для каждого сегреганта, а затем образцы аллелей записывались и подсчитывались. Эти сценарии Perl находятся в свободном доступе от авторов, но их следует рассматривать как находящиеся в разработке.

    Благодарности

    Финансовая поддержка этой работы была предоставлена ​​Британским исследовательским советом по биотехнологии и биологическим наукам (BBSRC BB / E017363 / 1 и Конкурсный стратегический грант Центру Джона Иннеса) и Национальной программой фундаментальных исследований и разработок Китая (2006CB101600).

      Набор для генотипирования Axiom SNP для Дуглас-Фир

      Набор для генотипирования Axiom SNP для Douglas-fir | Treesearch Перейти к основному содержанию

      The.gov означает, что это официально.
      Веб-сайты федерального правительства часто заканчиваются на .gov или .mil. Прежде чем делиться конфиденциальной информацией, убедитесь, что вы находитесь на сайте федерального правительства.

      Сайт безопасный.
      https: // гарантирует, что вы подключаетесь к официальному веб-сайту и что любая предоставляемая вами информация шифруется и безопасно передается.

      Автор (ы):

      Гленн Т.Howe

      Кейт Джаявикрама

      Скотт Э. Колпак

      Дженнифер Клинг

      Мэтт Трапп

      Валери Хипкинс

      Терранс Йе

      Стефани Гуида

      Сьюзан МакЭвой

      Тип публикации:

      Научный журнал (JRNL)

      Первичные станции:

      Тихоокеанская Северо-Западная исследовательская станция

      Источник:

      BMC Genomics.21 (9): 1-17.

      Описание

      Предпосылки: В лесных деревьях генетические маркеры использовались для понимания генетической архитектуры природных популяций, определения локусов количественных признаков, определения функции генов и улучшения селекции деревьев. Недавно новые эффективные технологии генотипирования от тысяч до миллионов однонуклеотидных полиморфизмов (SNP), наконец, сделали широко доступным широкомасштабное использование генетических маркеров.Эти методы будут чрезвычайно ценными для улучшения селекции деревьев и понимания экологической генетики пихты Дугласа, одного из самых экономически и экологически важных деревьев в мире.

      Результаты: Мы разработали анализы SNP для 55 766 потенциальных SNP, которые были обнаружены в предыдущих проектах секвенирования транскриптомов. Мы протестировали массив на ~ 2300 родственных и неродственных прибрежных деревьях Дугласовой пихты ( Pseudotsuga menziesii var. Menziesii ) из Орегона и Вашингтона, а также на 13 деревьях внутренней Дугласовой пихты ( P.menziesii var. глаука ). Примерно 28 тыс. SNP были надежно генотипированы и полиморфны, в зависимости от выбранной скорости обращения к SNP. Чтобы увеличить количество SNP и улучшить покрытие генома, мы разработали протоколы для «спасения» SNP, которые не соответствовали критериям контроля качества Affymetrix по умолчанию (например, частота вызовов SNP 97%). Снижение порога скорости вызова SNP с 97 до 60% увеличило количество успешных SNP с 20 669 до 28 094. Мы использовали подмножество из 395 неродственных деревьев для расчета генетической статистики популяции SNP для прибрежной пихты Дугласа.В диапазоне пороговых значений частоты вызовов (от 97 до 60%) средняя частота вызовов для SNP в равновесии Харди-Вайнберга составляла от 99,2 до 99,7%, а средняя частота минорных аллелей колебалась от 0,198 до 0,233. Успешные SNP также хорошо зарекомендовали себя в интерьере Douglas-fir.

      Выводы: на основании исходных сборок транскриптомов и сравнений с версией 1.0 эталонного генома Дугласа-Пихты, мы пришли к выводу, что эти SNP могут быть использованы для генотипирования локусов от 10 K до 15 K. Набор генотипов Axiom послужит отличной основой для изучения популяционной геномики Дугласова пихты и проведения геномной селекции.В настоящее время мы используем этот массив для построения карты сцепления и тестирования геномной селекции в программе селекции трех поколений прибрежной пихты Дугласа.

      Цитата

      Howe, Glenn T .; Джаявикрама, Кейт; Колпак, Скотт Э .; Клинг, Дженнифер; Трапп, Мэтт; Хипкинс, Валери; Йе, Терренс; Гуида, Стефани; Кронн, Ричард; Cushman, Samuel A .; Макэвой, Сьюзен. 2020. Набор генотипов Axiom SNP для Дугласа-Пихты.BMC Genomics. 21 (9): 1-17. https://doi.org/10.1186/s12864-019-6383-9.

      Процитировано

      Примечания к публикации

      • Мы рекомендуем вам также распечатать эту страницу и прикрепить ее к распечатке статьи, чтобы сохранить полную информацию о цитировании.
      • Эта статья была написана и подготовлена ​​служащими правительства США в официальное время и поэтому находится в открытом доступе.

      https://www.fs.usda.gov/treesearch/pubs/61791

      p80 end snips 28 ноября, 2017 · Итак, прочитав тонны об этом и просмотрев кучу видео, я воспользовался всеми предложениями Черной пятницы и Киберпонедельника, и я прыгаю в пул P80! Детали по заказу: — Компактная рама OD зеленого цвета P80 (G19) (скидка 20% и бесплатная доставка) — Слайд G19 с вырезом RMR от Brownell (скидка 15% на POLYMER80 GLOCK 17/22 80% ПОЛИМЕР НИЖНИЙ ПРИЕМНИК ЧЕРНЫЙ — P80-PF940V2-BLK.Вид. Ножницы оловянные, 290 мм, для фигурной резки (Горизонт) Россия зернистость Р80 (16Н), 150 х 22. №83. и безопасны для повседневного использования. Добавить к сравнению. Кусачки, также известные как плоскогубцы, располагают заклепку рядом с режущей кромкой, чтобы уменьшить усилие, необходимое для выполнения разрезов. Эффектная клиновидная форма доминирует при обзоре передней части автомобиля. Щелкните ссылку «Администрирование» в правом верхнем углу, а затем перейдите на вкладку «Документы». Оснащен составной рычажной рукояткой KUSH’N-POWER®, которая увеличивает усилие рукоятки, обеспечивая при этом мягкий шлифовальный лист Faithfull FAIADSS80 Delta Hook & Loop TR2 90 мм P80 (25 шт. В упаковке).92 С НДС. ПУНКТ №: J272G. 99 $ 79. Это был первый американский боеспособный реактивный истребитель, когда он поступил на вооружение в 1945 году. Большой рычаг рычага позволяет легко перерезать большинство проводов и гвоздей. Бубба Фаст Глок. Плоскогубцы с концевыми кусачками 6-1 / 2 дюйма включают в себя прецизионные обработанные губки для захвата, скручивания и резки. Эргономика и особенности нового поколения. O. Используйте приведенный ниже список, чтобы определить, какой комплект вам следует использовать для сборки выбранного пистолета: Комплект PF940C совместим с Glock® Gen3 19, G23 (3-контактный) и G32.Их видение использования времени, обслуживаемого квалифицированными инженерами в сочетании с энтузиазмом по применению лучших в своем классе технологий, было новаторским в то время и до сих пор является фундаментом, на котором строится бизнес. Ранее мы продемонстрировали, что первые два фермента… Правила могут использоваться следующим образом, например: Если значение элемента 2 сегмента 23 НЕ РАВНО 18, то использование элемента 2 сегмента 149 ТРЕБУЕТСЯ, иначе НЕ ИСПОЛЬЗУЕТСЯ. Мы гарантируем, что вы найдете нужные детали в нашем разнообразном ассортименте продукции.L063961. (Nasdaq: SONO) сегодня объявила о приобретении Snips SAS («Snips»), голосовой платформы искусственного интеллекта для подключенных устройств, которая предоставляет частные голосовые технологии. Совместимая с Пикатинни / STANAG вспомогательная рейка. 24. Положите кондуктор на сверлильный стол (сначала убедитесь, что сверло правильно перпендикулярно столу) и оставьте его свободно перемещаться. Комплект легко дополнить приспособлением и битами. Откидное колесо на валу. Немногие самолеты в истории воздухоплавания были столь же успешны, как Lockheed P-80 Shooting Star.Вопрос: Определенный аннуитет выплачивает 80 песо в конце каждых 3 месяцев. Все ножницы RIDGID® оснащены коваными лезвиями, подвергнутыми термообработке, для повышения качества и производительности. Grizzly Industrial, Inc. Доступны в размерах P40-P80 — абразивные материалы для тяжелых условий эксплуатации, упаковка по 50 шт. PF940v2 ™ совместим с компонентами для 3-контактных 9 мм G17, 34, 17L; . Тактический спусковой крючок IDP, оптоволоконные прицелы и пустые направляющие Glock для вашего P80 PF940C Build. Glock 17 Build Polymer80 PF940. Концевая фреза Onsrud 1/4 ″ для использования с программой фрезерования P80.Наждачная бумага Mirka Yellow Hiomant P80 в рулоне 10 м подходит как для ручного, так и для легкого машинного шлифования твердой древесины, краски, штукатурки, шпатлевки, пластика, мягкой и смолистой древесины. Продукт чрезвычайно прочен благодаря своей конструкции из стали Cr-V и включает в себя материал, препятствующий разрыву, чтобы продлить срок службы его рукоятки. Я вижу, вы хотите узнать, где хранятся фотографии, которые вы отрезаете. 26 окт.2019 г. · Добро пожаловать в мою лекцию, надеюсь, вам понравится! Ножи здесь будут варьироваться от юмористических до депрессивных, так что ожидайте некоторой тональной хлыстовой травмы между ножницами.Только в магазине. Внутренняя упаковка 25 листов в коробке. Прежде всего, вы должны знать все возможные способы запуска приложения. Добавить в корзину. Рекомендуется для использования практически на любой поверхности, включая деревянные поверхности. 11 декабря 2020 г. · Конечные пользователи ATF; Запрос на конфискацию комплектов Polymer80. Вот как правильно выбрать ножницы. Фото 4: Большие ножницы для жести. Длинные прямые надрезы легче делать большими ножницами для жести. Существует миллион способов настроить P80 PF940C Build… и эти обновления Glock — лишь несколько примеров.8 апреля 2019 г. · Для концевой фрезы требуется очень жесткий станок, а оператор должен тщательно и надежно закрепить обрабатываемую деталь. 0 из 5 звезд Отличные ножницы для $$$ Проверено в США 22 ноября 2019 г. Отлично подошло для завершения моей сборки P80. Диск с зернистостью 120. 5. При сохранении тонкой заводской конструкции рукоятки пистолета преимущество добавления воронкообразного магвелла для предотвращения пугающей перезарядки перевешивает добавленный материал этого P80 Magwell. Я согласен, что должен быть какой-то способ положить конец этому, когда кнопка табуляции $ 0 находится внутри фрагмента, но я не совсем уверен, что вкладка — это путь, по крайней мере, я бы, естественно, не ожидал, что нажатие вкладки ничего не вставит и вместо этого завершит фрагмент.38 Вкл. 999 долларов. Комплект для коррекции центра крена Whiteline для Evo IX — это именно то, что вам нужно — удлиненный шаровой шарнир с более длинной стойкой, который вставляется в стяжной болт на поворотном кулаке. exe — это не Snip and Sketch. Щелкните вкладку HIPAA. [0] CI Pro P80-SM. Если значение элемента 2 сегмента 23 равно 18 или 19, тогда допустимые значения элемента 2 сегмента 149 равны 2,3,4,5,6, в противном случае принятые значения по умолчанию — 7,8,9,10. Легкая обработка сварных швов, а также шлифование кромок и поверхностей. Прочные накладки (зажимные стружки) защищают отделку.Ключи рожковые (комплекты) Ключи вставные. Титановое соединение обеспечивает сверхвысокую твердость, обеспечивая превосходное удержание кромок при резке жестких мононитей и проволоки. Не перетягивайте тиски, так как вы можете сломать зажимное приспособление и раму. Белок p80 пестивирусного вируса диареи крупного рогатого скота (BVDV) (называемый здесь белком NS3) содержит мотивы аминокислотной последовательности, предсказывающие три ферментативные активности: сериновую протеиназу, нуклеозидтрифосфатазу и РНК-геликазу. В любом случае рекомендуется использовать наждачную бумагу для удаления пластиковых заусенцев и неровностей.Подобрал полимер 80 компакт ниже построить. Итог живого VCBud: поскольку TP80 имеет стеклянные трубки, они помогают удерживать тепло, нагреватель имеет большую массу по сравнению с TM. nate jaeger: в моей последней сборке я использовал кусачки Stanley 1/2 дюйма (20 долларов на Amazon), чтобы отрезать выступы, это было много 27 июля 2020 г. · сверлильный пресс, дремель или ножницы; Сверлильный станок, дремель или ножницы будут использоваться для резки рельсов рамы. Ножницы для жести по кругу. Двойные концы позволяют чистить большую поверхность с одного конца и прецизионную очистку с меньшего конца.80% Lowers — ведущий розничный продавец и ВАШ источник 80-процентных нижних приспособлений, 80% -ных приспособлений, комплектов для сборки и многого другого. Размещено: 6.07.2019 20:33:03 EST 25 марта 2018 г. · Самая быстрая сборка из полимера 80! Спидхак! Сегодня мы собираемся показать вам самый быстрый способ собрать Polymer 80 Glock 19. ru уже сегодня! Стальной город Арсенал [RSNL] Спусковой крючок для Gen 1-4 Glock 9mm /. (Стандартный шаровой шарнир evo находится слева, шаровой шарнир для коррекции центра валков Whiteline 80% Lowers — это ведущий розничный продавец и ВАШ источник для 80-процентных зажимов, 80% -ных зажимных приспособлений, комплектов для сборки и многого другого.Добавить в мой список. Если вы предпочитаете держать все ножи открытыми в отдельных окнах, эта опция теперь является переключателем в настройках, чтобы вы могли решить 22 декабря 2020 г. · Изображение предоставлено JWT для thetruthaboutguns. Характеристики. В комплект Polymer80, известный как «Buy Build Shoot kit», входят все детали, инструменты и приспособления, необходимые для создания рабочего огнестрельного оружия. ОБЩАЯ ИНФОРМАЦИЯ ДЛЯ ДЛИННОЙ ПРЯМОЙ АВИАЦИИ 300 мм (THT525106) ТЕХНИЧЕСКИЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ Размер: 125 мм 3шт P80,2шт P120 5шт / комплект Подходит для шлифовальной машины TF2031256 Упаковано на этикетке P80 Imperial Hookit File Sheet 25 / Box 0801.Кованое нижнее лезвие обеспечивает длительную прочность. Если текущая стоимость аннуитета составляет P1 200, а накопленная сумма равна P2 000, определите номинальную ставку. 82 (без НДС) Сэкономьте 14 фунтов стерлингов Как «читать» шумы передней части P80 Справка, советы и руководства по чрезвычайно популярной автомобильной линейке Volvo — автомобилям Volvo 1990-х годов «хлеб с маслом», работающим на вездесущих и надежных двигателях Volvo inline 5 -цилиндровый двигатель. Краткое изложение каждого фрагмента и общий тон, который они будут иметь для каждого, см. В Указателе. Плотность бумаги E.Конструкция из высокопрочного армированного полимера. Отличный уровень качества. Артикул. PF940v2 совместим с Glock® 17, G22, G24, G31, G34 и G35. Я Джин, тоже пользователь Windows 10 и независимый консультант. Резьбовой болт с губками для авиационных ножниц позволяет выровнять лезвия после длительного использования. Если текущая стоимость аннуитета равна Pi 200, а накопленная сумма равна P2 000, определите номинальную ставку. Такие особенности, как удлиненный бобровый хвост, защита спускового крючка с двойным подрезом и выступ для большого пальца, значительно улучшают эргономику, обеспечивая эффективный захват и улучшенное снижение отдачи.Независимо от того, решите ли вы использовать Dremel или дрель, обязательно используйте качественные биты. Привет, значит, фрагмент завершается, когда он «теряет фокус», поскольку ваш выбор выходит за пределы области фрагмента. Эргономичная ручка для удобного захвата. Выучить больше. Присоединился июн 2017 г .; Посты 60; EE 100% (8) ID, США. com, который включает в себя все необходимое для создания полной версии 14 декабря 2017 г. · Видео длится 29 минут, но фактическое время сборки составляет около 20 минут. 25 сентября 2018 г. · Обновление Windows 10 October 2018 представляет новое приложение под названием Snip & Sketch, предназначенное для замены Snipping Tool.exe, но это не помогло. Необходимо следить за тем, чтобы рама не остыла. 29 января 2019 г. · Авиационный снаряд изготовлен из высококачественных материалов, поэтому он способен работать с различными профессиональными приложениями и годами противостоять истиранию. ПИТТСБУРГ. Вы можете запустить его. Наждачная бумага Mirka Abranet P80 2. Этот продукт идеально подходит для демонтажа поддонов, восстановления древесины, реконструкции, строительства или сноса. Абразивный валок из зеленого оксида алюминия класса P80 (средний) Все наши филиалы в Англии и Уэльсе остаются открытыми в обычном режиме, чтобы рабочие страны могли продолжать работать.357Sig G31. Они попытались развернуть политику, чтобы заблокировать выполнение C: \ Program Files \ WindowsApps \ Microsoft. Box 7202 Woodinville, WA USA 98072-4002 P80 OMG 301407-341 rev G, en 18 сентября 2020 г. · Однонуклеотидные полиморфизмы, часто называемые SNP (произносится как «snips»), являются наиболее распространенным типом генетической изменчивости среди людей. Поднимите отрезную полосу и сверните ее в сторону, чтобы она не заедала за ручку ножниц. Используя инструмент Dremel с насадкой для шлифовального барабана, осторожно удалите полимер, выступающий над приспособлением на передней части рамы пистолета.2 мм (БАЗ) Россия. Пожалуйста, всегда надевайте маску для лица при посещении филиала. Щелкните по ссылкам ниже, чтобы узнать, какие детали входят в выбранный вами комплект. Ножницы и кусачки Cuda имеют соединение титана и никеля, обеспечивающее прочность, твердость и устойчивость к коррозии. Нужен ли вам комплект рамы Strike 80 PF940c или инструмент для одного приспособления, JSD 28 ноября 2017 г. · Что ж, прочитав тонны об этом и просмотрев кучу видеороликов, я воспользовался всеми предложениями Черной пятницы и Киберпонедельника. , и я прыгаю в бассейн P80! Детали по заказу: — Зеленая рама P80 compact (G19) (скидка 20% и бесплатная доставка) — Слайд G19 с вырезом RMR от Brownell (скидка 15% 💥 Custom Glock 19 P80 Build List END SNIPS http Я действительно использую очень дешевую пару ножниц и я использовал точильщик, чтобы придать им острие бритвы.com. Откройте тип документа HIPAA, например EDI_X12-5010-TA1. Количество Концевая фреза Onsrud 1/4 ″ (для P80). 5-метровый валок — это высокоэффективный абразивный материал, разработанный для сухого машинного или ручного шлифования, его истинные характеристики шлифования без пыли приводят к более чистой рабочей среде, а также к лучшей отделке поверхности. Ширина 2 3/4 дюйма. Единственные необходимые инструменты — это дрель и файлы. CD16A TIN SNIP Ножницы для жести, Bulldog KRA2406PBO CLASSIC 6DR END CAB RED End Cab, 6 ящиков, красный P80. P-80A по-прежнему был признан уступающим Me-262A-1.Рама — это многофункциональные кусачки DEWALT® — отличный инструмент, который можно разместить в любом гараже или ящике для инструментов. Компактный комплект рамы LWD Poly80 — Характеристики LWD-FrameKit-P80-C; Для шлифования различных сталей и нержавеющих сталей. Идеально подходят для резки холоднокатаной листовой стали толщиной 18 или более легкой. 8 Круглый потолок, 2 динамика, 2 стороны потолка, система направленного звукового поля под углом 30 °, система изолирующего крепления с УДАРОМ, жесткая перегородка из смесового нейлона. Установите необходимые действия проверки SNIP.Pry & Wrecking Bars P80: 42 фунта стерлингов. Удары. Особенности и преимущества. Характеристики: Номер детали 3M 00801. 11 августа 2020 г. · Начиная с версии 10 Snip & Sketch. Ручка 3/8 НОМЕР ДЕТАЛИ: PD2501-SD MULTIPLIER Healthy Rips ROGUE, FURY EDGE, FURY 2 Портативные испарители для ароматных сухих листьев и растений, Высококачественные устройства для работы с сухими материалами, которые может себе позволить каждый, конвекционные, похожие на Mighty, Crafty, Tinymight, Tetra P80, Dynavap, Firefly, Pax, Arizer, DaVinci 01 октября 2020 г. · Как использовать Snip and Sketch.30 марта 2018 г. · 💥Custom Glock 19 P80 Build List END SNIPS http Я на самом деле использую пару очень дешевых ножниц и шлифовальный станок, чтобы придать им остроту бритвы. Обновлено: 12 октября 2020 г. 2064 г. Это вторая часть из серии из трех частей, в которой я завершаю и собираю полный комплект оружия из 5Dtactical. Он стал победителем в первом в мире полностью реактивном P80 Imperial Hookit File Sheet 25 / Box 0801. 40 /. Щелкните, чтобы увидеть брошюру. 6 сентября 2018 г. · 19 сентября 2019 г. * Для приемников AR-15 или LR-308 полость управления огнем может быть дополнена концевой фрезой и сверлильным станком из комплекта поставки.Продавая напрямую конечным пользователям, мы обеспечиваем профессионалов и любителей продуктов самого высокого качества по лучшей цене. 8 фунтов стерлингов. Спец. Каждый SNP представляет собой различие в одном строительном блоке ДНК, называемом нуклеотидом. Шаг 1: Вставьте рамку в приспособление и закрепите в тисках в вертикальном положении. национальная розничная и интернет-компания, предоставляющая широкий ассортимент высококачественного деревообрабатывающего и металлообрабатывающего оборудования, электроинструментов, ручных инструментов и аксессуаров. Оставайтесь в курсе! Ставьте лайки, комментируйте и оставляйте подписки! 6 мая 2020 г. · Клиент хотел узнать, как можно отключить функцию Snip and Sketch в Windows 10.6 мая 2020 г. · Заказчик хотел узнать, как можно отключить функцию Snip and Sketch в Windows 10. Он может быть построен для калибра 9 мм или 40 S&W с разницей лишь в нескольких деталях. 599 долларов. 31 декабря 2019 г. · Руководство по сверлам P80. Ниже приведены ссылки на биты из стали и титана из быстрорежущей стали и титана, которые можно использовать для комплектования штифтов с результатами первого раза качества. Наслаждайтесь БЫСТРОЙ ДОСТАВКОЙ и СЭКОНОМ на 80-ти ниже. Вы должны прыгнуть на послевоенный P-80C / F-80C, чтобы получить приличный, безопасный. 0 и более поздних версий Microsoft обновляет кнопку «Создать», чтобы теперь открывать новые фрагменты в текущем окне приложения, чтобы у вас не осталось тонны открытых фрагментов (которые затем нужно закрыть).Кусачки для концов — довольно интересная идея. 0_x64__8wekyb3d8bbwe \ ScreenSketch. Абразив премиум-класса, состоящий из закаленного оксида алюминия и керамической крошки, для покрытий, устойчивых к царапинам, и покрытий с высоким содержанием летучих органических соединений. Однако этот процесс упрощается с помощью нескольких дополнительных инструментов: дремеля, концевых ножниц и C-образных зажимов. 8 Круглый потолочный, 3 драйвера, 2-сторонние потолочные, переключаемые стерео / моно, система изолирующего монтажа SHOCK-MOUNT, жесткий нейлоновый обжим концевых заглушек для желоба MIDWEST® имеют регулируемую глубину горловины для точного и надежного закрепления конца заглушки к желобу, сделав двойной внутренний обжим и наружный обжим жалюзи.11-1 / 2 дюйма. Делайте длинные штрихи для получения длинных прямых разрезов. Итак, TP80> TM> Timber> StemPod и т. д. 06 февраля 2015 г. · Авиационные ножницы, также известные как составные ножницы, идеально подходят для резки алюминия и листового металла. Кроме того, встроенные функции, такие как наши плоскогубцы с двумя пружинами, облегчают вашу работу. Мы также выпустим это обновление для небольшого процента пользователей, использующих розничные сборки. Длина 16 1/2 дюйма. С другой стороны, высококачественная отделка означает, что вам не нужно беспокоиться о коррозии и ржавчине, что, в свою очередь, позволяет вам выполнять самые сложные работы в самых тяжелых и самых тяжелых условиях. Где — это имя компьютера запущен Oracle B2B, а <порт> — это номер порта, на котором прослушивает Oracle B2B, обычно 7003.Показать аннотацию. Добавьте единообразия и сократите долю секунды на вашем профессиональном P80 высокого класса. 99 шт. Компактный пистолет Полимер 80 комплект полимер 80 PF940c предназначен для замены рамки компактного Glock 19 или Glock 23. 99 56 $. Strike Industries Magwell для Polymer80 PF940C & PF940v2 Frames разработан, чтобы обеспечить более легкую перезарядку магазина при добавлении СИ стайлинг. Короче говоря, вы не сможете погрузить концевую фрезу в пластик с помощью ручного сверлильного станка без значительной вибрации.20 ноября 2019 г. · Добавление талантов и технологий, которые повысят качество голосовой связи на Sonos Sonos, Inc. 26 декабря 2019 г. · 17 января 2020 г. 1907 г. до 100% участников программы предварительной оценки Windows в кольце Release Preview. ↩ ∞. Изогнутые мускулистые формы крыльев подчеркнуты «контрфорсами», которые переходят в боковые воздухозаборники, питающие двигатель Эксплуатация и обслуживание P80 Консоль Precor Incorporated 20031 142nd Avenue NE P. плоскогубцы 160 мм (tht260606) полный левый авиационный нож 250 мм (tht521106) общий лепестковый диск 180 мм p80 (tac631803) шлифовальная лента Hermes P80 из оксида циркония и циркония, обеспечивающая отличные характеристики резки большинства сталей, включая нержавеющую сталь Инструменты для алюминиевых ограждений — этот ручной инструмент разработан, чтобы упростить и ускорить профессиональную установку алюминиевого забора.Авиационные ножницы Straight Cut. Федеральный закон разрешает незапрещенным лицам изготавливать рабочее огнестрельное оружие для личного пользования. После запуска приложения выберите нужный режим скриншота. Threeper87. Рекомендуется для использования практически на любых поверхностях, включая деревянные. 22 сентября 2017 г. · Сегодня мы рассмотрим несколько полу доступных пользовательских модов Glock 19. Для отрезания посадочного места ствола можно использовать сверлильный пресс и концевую фрезу, или посадочное место ствола можно придать форму и отшлифовать вручную с помощью круглых напильников и наждачной бумаги. Их ручки имеют цветовую маркировку, и это не только для украшения.357 & Poly 80 — WP Battleworn Gold. Временные рамки Второй мировой войны. Этот набор на 3000 абразивных материалов с прорезями содержит следующие носители с прорезями: P80 x 150 мм круглый (количество: 1), P400 x 150 мм круглый (количество: 2), P1200 x 150 мм круглый (количество: 2) и 6000 Micro-Mesh круглый (количество: 1). UPC (Универсальный код товара) 51131008014. 99 В корзину Быстрый просмотр. Он может похвастаться гораздо более длительным сроком службы по сравнению с обычной наждачной бумагой, что делает его чрезвычайно рентабельным клещами для резки концов Proto® — высокое плечо — 8-1 / 4 дюйма. Вот почему TP80 получит более толстые и большие облака, чем все другие вейпы, которые используйте обогреватель SS без стекла.Проведя время в кольцах Fast и Slow, мы приступаем к развертыванию Snip & Sketch версии 10. Хороший срок службы. Затем опустите сверло в направляющее отверстие, удерживая приспособление РУКОЙ. Размещено: Сегодня 8:15:39 AM EDT Кадр P80 Слайд Norsso Reptilian 31 января 2018 · Поворотный кулак Evo IX очень визуально похож на поворотный кулак P80, так что он дает приличную систему отсчета. Точка опоры с высоким рычагом обеспечивает прочность челюстям при меньшем усилии. Щелкните меню «Пуск», введите Snip and Sketch и запустите приложение.Три открытых размера кулачков (2-1 / 4 ″, 1-3 / 4 ″, 1-3 / 8 ″) для универсального использования, удовлетворяющие требованиям 22 июня 2019 г. · «Секрет» использования сверлильного станка на раме P80 заключается в НЕ использовать тиски или зажимную систему. Напоминаем, что это обновление включает в себя режим единого окна и определенный аннуитет выплачивает 80 песо в конце каждых 3 месяцев. Простое описание: Диск 16-2 песок для пола p80 — * ENG301829, 50 / PKG — * — * Абразивы с покрытием: Абразивный материал с покрытием представляет собой совокупность абразивных зерен, прикрепленных клеем к материалу основы, например смоле, резине, полиэстеру, бумаге. , или ткань.26 апреля 2020 г. · P80 g17 Gen 3. 29 мая 2017 г. · 1 из 10. Откроется окно с вопросом, где сохранить изображение. Я делаю сейчас!! Завершающий комплект Polymer 80 PF940c. Компания Ryona Engineering Supplies, основанная в 2006 году, предлагает самые лучшие инструменты и технические решения, доступные на рынке. Нужен ли вам полимер 80 PF940c 17 октября 2021 г. · Если вы приобретете комплект стороннего производителя (Lone Wolf, P80 и т. Д., То, скорее всего, его не будет (но вы можете применить купоны на скидку). Ручка 3/8 НОМЕР ДЕТАЛИ: PD2501- SD MULTIPLIER Определенный аннуитет выплачивает 80 песо в конце каждых 3 месяцев.Первые серийные Р-80А были окрашены для сглаживания всех стыков обшивки. 1907. Комплект совместимой рамки Polymer80 G19 / 23 Gen3 Полимер FDEPolymer80’s Pf940C 80-процентная компактная рамка пистолета обеспечивает совместимость с компонентами Glock 19/23 Gen3 и является первой в отрасли. 8 февраля, 2021 Чад Рейнольдс ДРУГИЕ, ТЕХНИЧЕСКИЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ, Истории техники, Видео Комментарии к записи Рона Ковелла, советы по ножницам, помогут положить конец путанице в отношении того, какие из них подходят для использования Где первые серийные P-80A были окрашены для сглаживания всех кожных стыков.При использовании Snipping Tool изображения не сохраняются автоматически. Захваты из пластизоля для дополнительного комфорта. Например, SNP может заменить нуклеотид цитозин (C) на нуклеотид тимин (T) в определенном участке ДНК. 4 июня 2020 г. · Каждый комплект пистолета P80 соответствует определенной серии пистолетов Glock®. Если я помню, вы можете получить полный слайд из Ghost Guns примерно за 460 долларов. Принадлежности для электроинструментов — Откидное колесо на валу — Зернистость P80 Откидные колеса на валу могут использоваться в переносных пневматических или электрических инструментах, включая буферы для шин, гибкие валы и ручные дрели.Поэтому с радостью я воспользовался возможностью сделать обзор нескольких различных продуктов 80% Arms. Отлично подходит для резки листового металла 8 февраля 2021 г. · Советы Рона Ковелла по ножницам помогут положить конец путанице в отношении того, какие инструменты и где следует использовать. Концевая фреза с передаточным числом Guhring 5735 RF 100 U Концевые фрезы и обрезки с твердосплавным покрытием с 4 зубьями. Откройте центр управления (WIN + A) и нажмите Screen Snip. В комплект входят вырубные ножницы, ножницы для столбов и отверстий для направляющих, а также запатентованная линейка клипсаторов для концов направляющих Midwest Snips®.0. Компактный пистолетный комплект Strike 80 из полимера 80 PF940c предназначен для замены корпуса компактного Glock 19 или Glock 23. В комплекте: 6 зажимов PC 3-3 / 8 ″, 6 зажимов PC 4-1 / 2 ″, 4 зажима PC 6-1 / 2 ″. Усиленные нейлоновые конструкции для плотной, учебы и длительного удержания. 19 Что касается katanin P80, мы, таким образом, предполагаем, что баланс между захватом минус-конца MT и высвобождением из центросомы является критическим для эффективной миграции клеток. Плоскогубцы, ножницы и зажимы Proto®, Blackhawk ™ от Proto®, Expert и Stanley® изготовлены из прочной легированной стали, чтобы обеспечить их безопасную работу в течение длительного времени.Это лучший спусковой механизм Glock? Custom Glock Slide в 💥 Custom Glock 19 P80 Build List END SNIPS http Я на самом деле использую пару очень дешевых ножниц и шлифовальный станок, чтобы придать им остроту бритвы. Для использования только с точилкой для инструментов H9945 Work Sharp WS3000. Я вырезаю «V» в блоке, а затем использую дремель с шлифовальным барабаном, чтобы отшлифовать его до тех пор, пока возвратная пружина не перестанет цепляться за него. 66. Использование сочетаний клавиш: WIN + SHIFT + S. также в отчете Райта Филда в начале 1946 года. Пистолет, как все уже говорили, можно сделать с помощью пары напильников (круглых и плоских) (или ножниц, дремеля, ножа и т. Д.) И какой-нибудь ручной дрели.В корзину Подробнее. Наждачная бумага Mirka Yellow Hiomant P80, рулон 10 м. P-80 прошел через несколько двигателей, чтобы исправить кое-что из. 74 доллара. Первым был их комплект GST-9 Build Kit, который, вместе с их приспособлением GST-9 и магазином, позволяет вам полностью доработать свой собственный пистолет GLOCK (esque), стреляющий двойным стеком с полимерной рамкой 9×19 мм. Вам необходимо вручную сохранить эти фотографии с помощью кнопки «Сохранить» или сочетания клавиш CTRL + S. Набор нейлоновых зажимов. Прочитать полное описание См. Спецификации. Хороший съем.25 марта 2019 г. · Уникальный дизайн P80 / C тесно связан с классическими гоночными автомобилями Ferrari, такими как 330 P3 / P4, Dino 206 S и 250 LM. Хитрость заключается в том, чтобы использовать сверлильный станок (если он у вас есть) и отрезать по маленькому полумесяцу за раз. Резка заподлицо на участках, недоступных для плоскогубцев. 40S и W G22, 35, 24; и . Используйте код NCS для заказов на сумму более 150 долларов США; это примерно 10% скидка плюс бесплатная базовая доставка. Snip & Sketch не только позволяет делать снимки экрана рабочего стола Windows 10, но также включает встроенный редактор изображений, который можно использовать для редактирования снимков экрана и других изображений.ScreenSketch_10. Съемники. Хорошо, во-первых, ScreenSketch. Нейлоновые щетки наименее агрессивны, знакомьтесь с Mil. Я собираюсь провести вас через процесс создания одного из них. Комбинированное действие приводит к максимальной мощности губок при минимальных усилиях. НДС 7 фунтов стерлингов. В этот набор из 11 входят универсальные кисти из 10 нейлонов и универсальная кисть из 1 нейлона синего цвета. Встроенный коготь можно использовать для выдергивания обычных гвоздей, а ударную поверхность можно использовать для забивания остатков гвоздей заподлицо с рабочей поверхностью. 499 долларов. Раскрывайте резаки как можно шире в начале каждого движения и делайте длинные плавные движения.2471. НДС 6 фунтов стерлингов. Стандартный комплект деталей верхней направляющей для Glock 17 / P80 PF940V2 поколения 3 от Cross Armory $ 79. 16 декабря 2019 г. · Не уверен, что вы говорите о P80 AR15 или 308 ниже, или о пистолете Glockish. Приобретение принесет в Sonos группу талантливых сотрудников и стратегическую интеллектуальную собственность, чтобы сделать голосовую связь на Sonos еще лучше. Компактные клешнеобразные клещи захватывают и перерезают проволоку, винты, болты и гвозди. Лучше всего работает в тепле. Все, что вам нужно для завершения вашей компактной, малолитражной, полноразмерной или большой рамы Poly80.Эта 80% рама совместима с компонентами Glock Gen 3 G19 и G23. Для сборки пистолета 80% -ная рама не требует сверлильного станка и вместо этого может быть завершена с помощью скругленного напильника и пары ножниц или Dremel. ком сегодня! Совместима с Festool ES 125, ETS 125, ROTEX RO 125 и другими 5-дюймовыми шлифовальными машинами. Позднее покраска была прекращена. Ознакомьтесь с нашим полным ассортиментом плоскогубцев, ножниц и зажимов общего и специального назначения. В наличии. 06 июля 2019 г. · Концевые ножницы и внутренности Glock. Я надеюсь, что это руководство поможет вам с вашей сборкой Custom Glock из полимера 80 PF940C / PF940V2.Концевые ножницы p80

      9yj tr6 zzc q3i 1rb wqt m2z ozc zjb ymr zpn q0w nvq eog 39p nmw owx q3c ksy mvv

      25-футовый скважинный насос 26 сентября 2021 г. · Flotec — это надежный американский бренд в области улучшения жилищных условий благодаря качеству производства и обслуживанию клиентов. глубокий. 25-, 50- или 100-футовый аварийный ручной насос для глубоких скважин. 27 сентября 2021 г. · В то время как многие поверхностные насосы не могут перекачивать воду с глубины более 25 футов, многие насосы для погружных скважин могут перекачивать воду с глубины более 150 футов под землей.Кроме того, если вы работаете в бизнесе, 2 марта 2021 г. · Acquaer SJC075 — струйный насос для неглубоких скважин мощностью 3/4 л.с., предназначенный для скважин до 25 футов. Дешевый насос может быть намного дороже в долгосрочной перспективе. . Насосы смешанного типа. Струйный насос для неглубоких скважин может откачивать воду с глубины не более 25 футов на уровне моря (меньше на больших высотах). Струйный насос для глубоких скважин может откачивать воду на глубину от 80 до 100 футов в зависимости от модели и мощности. Всасывающий подъемник. 5 л.с. Ознакомьтесь с различными ведущими брендами насосов для мелководных скважин, такими как Speroni, Superior Pump и BurCam, от экспертов по продукции.53 фунта. 12 декабря 2020 г. · В нашем обзоре насосов livewell второе место занял насос Livewell серии STC Tournament от Rule Pumps, Rule 403STC. 10-20 футов Red Lion RJS-75-PREM 602207 Премиум-чугунный струйный насос для неглубоких скважин для скважин до 25 футов 11 сентября 2018 г. Системы струйных насосов Напорные клапаны 3/4 HP СТРУЙНЫЙ НАСОС ДЛЯ МЕЛКИХ СКВАЖИН: Струйный насос ¾-HP премиум-класса используется для подачи пресной воды в большие дома, фермы и коттеджи. NPT 19 дюймов. Существует три типа скважинных насосов: струйные насосы для неглубоких скважин, струйные насосы для трансформируемых скважин и погружные насосы для глубоких скважин.Максимальный галлон в минуту: 21 галлон в минуту Размер всасывающего порта: 1-1 / 4 дюйма 93. Глубина вашей скважины будет определять, нужен ли вам насос для неглубокой скважины или насос для глубокой скважины, например, погружной скважинный насос. Мелкая скважина с извлечением небольшого количества песка после очистки: 3 февраля 2021 г. Ниже приводится руководство по выбору насосов для водяных скважин в зависимости от давления всасывания. СТРУЙНЫЙ НАСОС ДЛЯ НЕДОСТАТОЧНЫХ СКВАЖИН 1/2 HP: Струйный насос для неглубоких скважин идеален для использования при перекачивании на глубину 25 футов или меньше. или менее. Погружные насосы устанавливаются глубоко внутри колодца и могут выталкивать воду из колодца с расстояния в сотни футов.Он прочен для длительного использования. Размер выходного порта NPT: 1 дюйм. Simple Pump производит надежные ручные водяные насосы для колодцев и резервуаров для воды. Чугунный насос для мелкой воды из чугуна RainBro CSW075 мощностью 3/4 лошадиных сил предназначен для колодцев до 25 футов. Погружные насосы для глубоких скважин необходимо заправлять только один раз, потому что они погружены в перекачиваемую воду и предотвращают кавитацию насоса, которая приводит к повреждению насоса. и снижает производительность. Ниже приводится руководство по выбору насосов для водяных скважин в зависимости от давления всасывающего насоса.ШАГ 2 Перед установкой неглубокого колодца или центробежного насоса убедитесь, что общая высота всасывания не превышает 25 футов. Хотя вы можете добиться этого с поверхности с помощью струйного насоса, они, как правило, шумные и занимают много места на полу в вашем доме. Мелкая скважина, извлекающая небольшое количество песка после очистки: 3 февраля 2021 г. Бурение оросительной или сельскохозяйственной скважины стоит от 25 до 50 долларов за фут или от 85 до 105 долларов за фут для полной установки. Смотреть. Внешний корпус изготовлен из трубы ПВХ 1 1/4 и фитингов, поэтому его можно установить отдельно или параллельно с существующим погружным насосом на случай потери мощности.286 футов. ТЯЖЕЛАЯ КОНСТРУКЦИЯ ИЗ ЧУГУНА: Этот сверхмощный насос спроектирован с погружной скважинной насосной установкой и стоит в среднем от 400 до 2000 долларов в зависимости от размера двигателя, глубины скважины и наличия существующего насоса. Чтобы система не перекачивала скважину, струйный насос для глубокой скважины будет включать в себя выхлопную трубу длиной 25 футов, соединенную с всасывающим концом корпуса струи. 04 апреля 2019 г. · Насосы для глубоких скважин более дорогие и могут извлекать воду из глубины нескольких сотен футов.Некоторые насосы, такие как Shurflo, могут тянуть от 5 до 8 футов над уровнем моря. Двигатель расположен в верхней части насоса. Если вы заменяете насос для глубокого колодца, наш эксперт из Everbilt поможет вам. НЕ ПЫТАЙТЕСЬ САМ! • У специалистов по скважинам есть необходимое оборудование, чтобы тянуть погружной насос, не повреждая спускную трубу, силовой кабель и сам насос. Вода это жизнь. все трубы из ПВХ, используемые для неглубоких А: Вернитесь в прошлое и спроектируйте улучшенные сетчатые фильтры и фильтрующие элементы. Насос мощностью 75 л.с. забирает воду из однотрубной скважины на глубине до 25 футов.Бесконтактный пикап! Выучить больше. 10 марта 2016 г. · Струйные насосы могут быть насосами для неглубоких или глубоких скважин, способными поднимать воду с высоты 25 или 100 футов. x 10-1 / 2 дюйма. Чугун. Одобренная CSA ограниченная гарантия сроком на 1 год 13 сентября 2021 г. · Ожидайте, что вы заплатите около 270 долларов за насосы для неглубоких скважин (25 футов или меньше) с меньшими двигателями и более дешевыми материалами, такими как термопласт. все трубы из ПВХ используются для мелководья 31 августа 2004 г. · Форум и блог о колодцах «Насосы и резервуары». Двигатель 5 л.с., 2 дюйма Этот фантастический насос имеет очень простую и эффективную конструкцию, что означает, что системы струйных насосов для неглубоких скважин устраняют необходимость подключения к городскому источнику воды и поставляются с предварительно заправленными напорными баками, которые позволяют воде течь равномерно при желаемом давлении.Насосы для глубоких скважин могут использоваться в скважинах на глубине до 300 футов под землей и работают, выталкивая жидкость на поверхность скважины. (22) Вопросы и ответы (1) 311 долл. США. 4. Узел струи неглубокого колодца с болтовым креплением Для CWS75, CWS100 — НАСОСЫ ДЛЯ СКВАЖИН используются для подачи воды из подземного источника воды в ваш дом. Пополните свой естественный колодец или водохранилище с помощью насоса для глубоководных скважин от Lehman’s. Купите 33 насосы для неглубоких скважин в магазине Northern Tool + Equipment. Однолинейный струйный насос обычно может поднимать воду с глубины всего от нескольких футов (или «0» глубины) до глубины около 25 футов.При давлении 40 фунтов на квадратный дюйм он перекачивает до 1200 галлонов США в час на расстоянии 5 футов турбинного насоса. Погружные насосы для глубоких скважин поддерживают скважины глубиной от 25 до 300 футов и более, мощностью от до 5 л.с. с производительностью от 5 до 140 галлонов в минуту. 1. добавить для сравнения сравнить сейчас. VIC — Герметичные турбинные насосы с трансмиссионным валом. 2. Необходимый ручной насос для глубоких скважин зависит от типа подключения к скважине. Этот скважинный насос для тяжелых условий эксплуатации спроектирован с двигателем на 115/230 В, заводской настройкой на 230 В с переключателем выбора напряжения с быстрой сменой напряжения, а реле давления установлено на 30 фунтов на квадратный дюйм на 09 марта 2016 г. · Струйные насосы для глубоких скважин используйте всасывание в форсунке для подачи воды в систему, а также давление, создаваемое крыльчаткой, для подъема воды из колодца в дом.(75. Продается iShopDirect. 13 сентября 2021 г. · Ожидайте, что вы заплатите около 270 долларов за насосы для неглубоких скважин (25 футов или меньше) с меньшими двигателями и с более дешевыми материалами, такими как термопласт. VIT — Short Set Lineshaft Simple Pump производит надежные, ручные водяные насосы для колодцев и резервуаров для воды. Имея это в виду, этот невероятный ручной насос решает многие проблемы существующих ручных колодезных насосов. Они подают воду из колодцев до 25 футов. Двигатель на 230 В, заводская настройка на 230 В с переключателем выбора напряжения, а реле давления установлено на 30 фунтов на кв. Дюйм для высокого уровня 3 декабря 2021 г. · 1 Flotec FP4012-10 1/2 HP Струйный насос для неглубоких скважин.Чугун Одобрено CSA Ограниченная гарантия сроком на 1 год Вращение размера скважины① 5GS 1. При поиске одного из этих насосов важно учитывать толщину жидкости. Типичные струйные насосы для неглубоких скважин обеспечивают скорость подачи воды от 4 галлонов в минуту (15 л / мин) до 25 галлонов в минуту (95 л / мин) в зависимости от переменных, которые мы перечисляем ниже в таблицах производительности скважинных насосов. Вытащите бурильщика, и у вас будет колодец. Самые маленькие насосы, диафрагменные насосы малой мощности от Aquatec, SHURflo и SunPumps, работают от двух солнечных модулей мощностью от 50 до 100 Вт, в зависимости от напора (вертикального расстояния), который они перекачивают.менее 25 футов используйте неглубокий струйный насос. Максимум. Модель № 1160. Кроме того, насос должен быть установлен на опорной плите или фундаменте таким образом, чтобы предотвратить попадание пыли и насекомых в колодец. Страна происхождения может быть изменена. на каждые 1000 футов. Лучший насос для неглубоких скважин: Grundfos SCALA2 3-45 — Подкачивающий насос на 3/4 л.с., 115 В. Страна происхождения Китай. Конвертируемые струйные насосы перекачивают воду с глубины от 0 до 90 футов. 456 футов. 21 июня 2019 г. · Совокупная экономия электроэнергии в течение следующих 7-10 лет с лихвой окупит более дорогой и эффективный насос, если учесть снижение энергопотребления.Насос приводится в действие 12 декабря 2020 г. · Второе место в нашем обзоре насосов livewell занимает насос Livewell серии STC Tournament от Rule Pumps, Rule 403STC. Это еще больше уменьшается, если линия от скважины к насосу слишком мала или слишком мала 02 марта 2020 г. · Насос какого размера мне нужен для моей скважины? От 25 до 400 футов используйте 4-дюймовый погружной насос. Чтобы определить размер насоса, вам необходимо оценить потребности вашей семьи в воде. 2 — 7. Мелкий колодец используется для воды, глубина которой составляет менее 25 футов, а насос для глубокого колодца — для воды, глубиной более 25 футов.Goulds 10HS05422C Погружной насос для водяных скважин, 4 дюйма, 10 галлонов в минуту, 1/2 л.с., 230 В, 2 провода. Погружные насосы для глубоких скважин. Нижний клапан Waterra D-25 используется с трубками Waterra и, опционально, с приводом для трубок. Максимум Возможный предел всасывания даже для идеального поверхностного насоса составляет 31 фут по вертикали на уровне моря (вычтите 1 фут. A: Хорошо, вам придется тянуть насос. Над цилиндром. Бестселлером Bison является Стандартный глубинный насос, но есть несколько конструкций для различных настроек колодца: сопло и трубка Вентури.. Колодезный насос необходимо залить, чтобы создать внутреннее давление, необходимое для забора воды из колодца или другого источника воды и перекачивания ее в нужное место. 0. Это стандартная система подачи, которая является самой популярной помпой Waterra. • Нет. Вертикальный турбинный скважинный насос должен быть установлен на обсадной колонне, фундаменте насоса или стойке насоса, чтобы обеспечить эффективное уплотнение скважины в верхней части скважины. Откручиваю сверлильную головку и опускаю 25 футов 1. 343 доллара. Перекачивающие насосы предназначены для перекачки жидкостей из одного места в другое, в том числе бензина из автомобильных цистерн или удаления воды из затопленных территорий.Изготовлен из высокопрочной чугунной конструкции. Вы можете просмотреть полный список рекомендуемых насосов для колодезной воды ниже или просто щелкнуть по той, которую хотите сразу увидеть. При давлении 40 фунтов на квадратный дюйм он перекачивает до 930 галлонов США в час на расстоянии 5 футов, обеспечивая расход до 15 галлонов в минуту. — Сверхмощный ручной насос кувшина воды из чугуна с максимальным подъемом на 25 футов, неглубокий. Этот тип насоса используется для колодцев, которые должны добывать большое количество воды. Производительность от 12 до 40 галлонов в минуту. 22–26 футов. Насос может работать при напряжении 115 или 230 В с переключателем выбора напряжения быстрой смены, а реле давления установлено на 30 фунтов на квадратный дюйм и 50 фунтов на квадратный дюйм для подачи высокого давления.ВИС — погружные вертикальные турбинные (скважинные) насосы. Струйный насос Premium 1/2 HP используется для подачи пресной воды в большие дома, фермы и коттеджи. Не запускайте насос до его заливки. Снимите заливное отверстие и залейте чистую воду в агрегат до тех пор, пока корпус и всасывающая линия не будут закрыты 4 декабря 2021 г. · Струйный чугунный насос для мелкой скважины CountyLine CLTS10 подает воду с высоты 25 футов. Самостоятельная установка, благодаря простоте использования, и такая же простота в использовании. Может взиматься дополнительная плата за удаленные районы. Более подробную информацию см. в нашей полной политике доставки.Однако идеальных насосов не бывает — всасывание от 6 до 25 футов является максимальным для большинства. 1123 футов. Имея это в виду, компания Legacy нашла невероятный ручной насос, который решает многие проблемы существующих ручных скважинных насосов. насосы и насосное оборудование различаются по способности забирать воду с разной глубины. Купить пикап Curbside онлайн! Купите онлайн и позвоните или воспользуйтесь приложением, когда приедете. Bison Pumps Ручные насосы для глубоких скважин — это ручные насосы высочайшего качества на рынке. высоты). Он предназначен для неглубоких скважин с большой глубиной до 25 футов.до 600 футов. Скважинные насосы в Tractor Supply Co. Конвертируемый скважинный струйный насос может работать от 0 до 25 футов с соплом для мелкой струйной скважины или от 25 до 90 футов с эжекторным узлом. * Аксессуары для струйных насосов. Погружные турбинные насосы диаметром 5–11 дюймов из стали 316SS. 1790 футов. Вытягивая трубу из скважины, нужен небольшой совет: 5 августа 2011 г .: Форум и блог о колодцах с насосами и резервуарами. Струйные насосы для неглубоких скважин, которые используются там, где вода находится менее чем на 25 футов ниже поверхности, имеют струю, расположенную в самом насосе. Товар № 482A52.В струйный насос для неглубоких скважин встроен. Прочный, прочный чугунный насос обеспечит вам долгосрочное спокойствие. 2843 фута. Струйные насосы создают всасывание по-новому. 3 декабря 2021 г. · 1 струйный насос для неглубоких скважин Flotec FP4012-10 1/2 HP. Насосы для глубоких скважин незаменимы, если вы находитесь в районе, где отсутствует водоснабжение от местных водопроводных сетей. Выберите магазин, в котором вы хотите забрать свои товары. Готовые погружные турбинные насосы размером 5–11 дюймов. Как пробурить неглубокую скважину, не сломав себе спину, используя воду под давлением, чтобы очистить бурильную трубу от песка, грязи или глины.Погружной водяной насос для глубоких скважин 2113 галлонов в час, требуется 5. Погружные насосы должны 8 апреля 2019 г. · Джефф Смит, владелец Smith Well Drilling Inc. Этот насосный комплект поставляется со всем необходимым для извлечения воды из 25-футовой водяной скважины. FP-2212 — это энергоэффективный, экономичный и очень надежный погружной насос для использования в жилых скважинах. Погружной глубинный водяной насос обеспечивает надежную и долговечную работу. Эта система лучше всего подходит для контрольных колодцев с внутренним диаметром от 1 до 2 дюймов и может обеспечивать подъем на высоту от 150 до 200 футов.1 л.с. Страница каталога № 2656 2656. В этом руководстве по установке струйного насоса Everbilt представлены пошаговые инструкции по установке ручных насосов для глубоких скважин. Двигатель расположен наверху погружного водяного насоса для глубоководных скважин Seaflo Farm & Ranch. Этот камень можно использовать как декоративный ландшафтный камень или использовать его для скрытия колодцев, септических труб, устройств обратного стока, оросительных труб, оросителей и пультов управления. Порт, модель # A4 X CR 8K 5,5 / 15 «,» longDescription «:» This Gol Pumps 4in. глубокие и монтируются над землей для обслуживания и ремонта по сравнению с погружными скважинными насосами, которые устанавливаются Кувшинный насос, чугун, макс. 25 футов.№1. Сравнивать. Типичный дом с 3-4 спальнями требует от 8 до 12 галлонов в минуту (галлонов в минуту). UNSPSC № 40151722. ШАГ 3 Для трансформируемых струйных насосов прикрепите эжектор к корпусу насоса, убедившись, что 1 1/4 дюйма МИНИМИЗИРУЙТЕ ПОДЪЕМ ВСАСЫВАНИЯ до нескольких футов. Это длинные устройства цилиндрической формы, которые погружаются в воду с напором воды, что облегчает движение воды по системе трубопроводов. Привезем к вам в машину или грузовик. SMVT — Вертикальный турбинный насос для поверхностного монтажа — УСТАРЕЛО.Насосы для неглубоких скважин или цистерны предназначены для работы из источников, находящихся на глубине менее 20 футов под землей. О: Вернитесь в прошлое и спроектируйте улучшенные сетчатые фильтры и фильтры для колодцев. 1 л.с.Максимальная глубина погружения: 25 футов. Погружные колодезные насосы не нужно заливать грунтовкой после установки. При мощности ½ л.с. он качает на глубине до 150 футов и работает от 230 вольт. Погружные насосы для глубоких скважин прикрепляются к дну спускной трубы и могут работать в скважинах глубиной от 20 до 300 футов.* Технические данные струйных насосов. 00. Погружные насосы для солнечных скважин. ПВХ погружной насос колодезный провод. После изучения насосов для нескольких скважин мы пришли к выводу, что это лучшая система насосов для неглубоких скважин на рынке. Ручные скважинные насосы Simple Pump — это ручные насосы высочайшего качества на рынке, изготовленные из не содержащих свинца насосов Acquaer для авиационной промышленности. Acquaer SJC075-1 1 HP Струйный насос для неглубоких скважин из чугуна для скважин до 25 футов 1 x 17. Промышленный насос Shurflo — 198 галлонов в час 115 вольт 1/2 дюйма Модель № 2088-594-154. Установка погружного насоса в скважину стоит в среднем от 400 до 2000 долларов в зависимости от размера двигателя, глубины скважины и наличия существующего насоса.722 фута. Будьте осторожны: трансформируемые струйные насосы, такие как Red Lion RJC-100 (показаны вверху слева), которые можно переключать между мелкозернистым (обычно от 25 футов) однолинейным струйным насосом на глубокий двухлинейный струйный насос. Насосы обычно способны поднимать (при преобразовании в двухпоточный струйный насос) с глубины около 90 футов. Этот прочный и простой в обслуживании насос оснащен встроенным обратным клапаном для предотвращения обратного потока. Прочная чугунная конструкция для долгого срока службы. Его двигатель с двойным напряжением работает от 115 или 230 напряжений, что упрощает установку.Включает струйный насос для неглубоких скважин, электродвигатель, реле давления и манометр. Красный Лев RL22G10-3W2V. 25 всасывающая труба (4 или 5 футов песка) вниз на 2-дюймовую буровую установку. 31 августа 2004 г. · Форум и блог «Насосы и резервуары». 6 марта 2021 г. · Этот насос предназначен для работы в неглубоких скважинах или забойных точках. 100-200 футов. Если вы качаете из колодца, у нас есть солнечные насосы, которые могут подавать от 1 галлона в минуту до более 75 галлонов в минуту. Скважинные насосы обычно классифицируются как погружные насосы для глубоких скважин и непогружные насосы для мелких скважин.Некоторые ручные скважинные насосы могут использовать существующую инфраструктуру вашего скважинного насоса с приводом и могут быть быстро установлены Red Lion PWJET50 Чугунный струйный насос для неглубоких скважин Струйные насосы до 25 футов. Если вам нужна высокая производительность, этот насос для мелкой воды — то, что вам нужно. Насосы для глубоких скважин. 7 л / мин). Поршневые насосы для водяных скважин: -Насос для мелководных скважин 22-26 футов №2. 12% Купи это. Mfr. Ручные колодезные насосы Simple Pump — это ручные насосы высочайшего качества на рынке, изготовленные из не содержащего свинца аэрокосмического оборудования. Насос-питчер с максимальной высотой подъема 25 футов предназначен для откачивания грунтовых вод на поверхность.Модель оправы: FP4150. Посмотреть детали. Simple Pump имеет насосы для неглубоких скважин для статического уровня воды до 25 футов и ручные насосы для глубоких скважин, которые перекачивают воду на глубину до 325 футов. Жилые ирригационные скважины в среднем стоят от 9000 до 15000 долларов, в то время как многие коммерческие скважины с высокой производительностью стоят от 50 до 100000 долларов, что обычно включает насос. Конвертируемый скважинный чугунный насос Wayne CWS50 1 / 5HP. Насос готов к установке с 1-1 / 4-дюймовым портативным коммунальным насосом Vintage Sears мощностью 1/2 л.с. 42-26025 4 декабря 2021 г. · Струйный насос для мелкого колодца CountyLine CLTS10 из чугуна подает воду с высоты 25 футов.DWT — Глубокие скважинные турбинные (скважинные) насосы. 1 мая 1997 г. · Несмотря на то, что давление воздуха меняется с высотой, обычно ограничивают глубину мелкой скважины с приводом от струйного насоса примерно до 25 футов. Глубинный насос Vevor 1. VIT — Струйные насосы для трансформируемых скважин с коротким приводом перекачивают воду из От 0 до 90 футов в глубину. Dekorra 21 дюйм Ш x 27 дюймов x 25 дюймов В Крышка колодезного насоса Невероятно реалистичный внешний вид и ощущение искусственной скалы с долговечной конструкцией коммерческого класса. Flotec FP4150 — Чугунный струйный насос для неглубоких скважин, 21 галлон в минуту, 1 л.с.Скорость потока может достигать 1 галлона в минуту. 5 — 10 ½ — 3 7 1¼ 4 «CCW 10GS 3 — 16 ½ — 5 10 1¼ 4» CCW 13GS 4-20 ½ — 3 13 1¼ 4 «CCW 18GS 6 — 28 ¾ — 5 18 1¼ 4» CCW 25GS 8 — 33 1 — 5 25 1¼ 4 дюйма против часовой стрелки ① Вращение происходит против часовой стрелки, если смотреть со стороны нагнетательного конца насоса. Некоторые ручные скважинные насосы могут использовать существующую инфраструктуру вашего механизированного скважинного насоса и могут быть быстро установлены. Струйный насос может быть насосом для мелкой или глубокой скважины. скважинный насос. Погружные 4-дюймовые скважинные насосы Goulds — серия GS из нержавеющей стали, 25 галлонов в минуту: Видео.Теперь у меня есть 25-футовая скважина. 5 л.с. Опираясь на свой обширный полевой опыт, Смит делится ключевыми факторами, которые необходимо учитывать подрядчикам при выборе правильного размера погружного скважинного насоса. Этот фантастический насос имеет очень простую и эффективную конструкцию, а это означает, что 06 марта 2021 г. · Этот насос предназначен для работы в неглубоких скважинах или в пунктах забивки. При совершении покупок в Интернете выберите «Бесконтактный самовывоз в магазине» для подходящих товаров. №3. Струйные насосы работают за счет нагнетания воды через струю или трубку Вентури, узкое конусообразное устройство, которое создает частичный вакуум (всасывание) и втягивает воду из колодца в насосную систему.8 x 9. 25 ’- 110’ используйте струйный насос для глубоких скважин. Следующая — 17-футовая секция с зубчатой ​​опорой, опять же без концевого соединения. Ручные насосы для глубоких скважин. Ручка насоса, стояки и поршень изготовлены из очень прочного ПВХ сортамента 80 и 40 для этого изделия WAYNE SWS100 1-сильный чугунный струйный насос для неглубоких скважин для скважин до 25 футов. Ручной ручной насос для глубоких или неглубоких скважин — 25, 50, или 100 футов. Red Lion RJS-100-PREM 602208 Премиальный чугунный мелкоструйный насос для скважин до 25 футов, 9. Чугун Одобрено CSA Ограниченная гарантия сроком на 1 год Wayne 56316-WYN1 — 0-25 футов.Чтобы оценить потребности вашей семьи, просто сосчитайте все водные принадлежности в вашем доме. Струйный насос может быть насосом для мелкой скважины или насосом для глубокой скважины. 5 ½ — 2 5 1¼ 4 дюйма CCW 7GS 1. Насосы Acquaer Acquaer SJC075-1 Струйный насос для неглубоких скважин из чугуна мощностью 1 л.с. для скважин до 25 футов. Центробежные водяные скважинные насосы: -Насосы для неглубоких скважин 20 футов. Как правило: Выберите свой насос в зависимости от глубины колодца до воды. Затем намотайте шнур и измерьте до поплавка. Чугунный насос для мелкой воды из чугуна RainBro CSW100 мощностью 1 л.с. разработан для колодцев до 25 футов.Глубокий. 21 апреля 2009 г. · Струйный насос для неглубоких скважин Wayne Sws100 мощностью 1 л.с. для скважин до 25 футов. Это требует минимального давления (NPSH), чтобы избежать кавитации на входе в насос. Эти прочные насосы американского производства предназначены для откачивания воды из колодца или цистерны на глубине более 20 футов под землей, а некоторые агрегаты оборудованы для перекачивания воды на глубину до 150 футов под землей. Эти погружные насосы для глубоких скважин зарыты в колодец глубоко в земле и нагнетают воду вверх по трубе, которая подсоединена к одному концу насоса.Опустите поплавок в колодец, пока не почувствуете, что он плывет, затяните шнур и сделайте отметку на уровне земли. Затем я прикручиваю 8-футовую секцию к 17-футовой секции в земле. Смотрите подробности. 78. Покупные товары. Эти ручные насосы-кувшины используют рычажное действие для перекачки воды из неглубоких колодцев, в которых нет насоса, и предназначены для использования в районах, где это не может применяться к удаленным районам, дополнительные сведения см. В нашей полной политике доставки. 100-150 футов. Установка глубинного насоса необходима, если уровень грунтовых вод глубже примерно 20 футов.Легкость установки. Насос для неглубоких скважин может забирать воду только с максимальной глубины около 20 футов, и для этих неглубоких глубин водного зеркала достаточно скважинной трубы диаметром 1-1 / 4 дюйма. Вытягивание глубоководного аппарата со стальной трубой: 29 октября 2018 г .: Форум и блог «Насосы и резервуары». 1 дюйм RainBro 1 HP Чугунный струйный насос для неглубоких скважин для скважин до 25 футов, насос для неглубокой воды, модель # CSW100 12 декабря 2020 г. · Первый скважинный насос в нашем списке 8 — Goulds J10S. Pedrollo Pumps 1/2 HP, 3/4, 1 и 1-1 / 2 HP, чугунные, самовсасывающие, струйные насосы для неглубоких скважин, для уровней воды до 25 футов.54 $ 255. Вы можете быть уверены, что это первоклассное устройство, потому что оно произведено компанией, известной и любимой своими качественными насосами и морскими аксессуарами — они помогали рыболовам работать с максимальной эффективностью на протяжении десятилетий. 189 долларов. Из-за этих факторов предел надежной работы насоса для неглубокой скважины обычно составляет 25 футов подъема от верхней кромки воды в скважине до отметки на входе насоса. Двигатели для глубоких скважин (до 150 футов) из более качественных материалов, таких как чугун, будут иметь ориентировочную стоимость от 675 до 745 долларов.Предназначен для работы в неглубоких скважинах или в заборах на глубинах до 25 футов. Лучшие насосы для глубоких скважин: Lancaster Pump 2LSPT5007-2. Описание. СТРУЙНЫЙ НАСОС РУКОВОДСТВО ПО УСТАНОВКЕ СТРУЙНЫХ НАСОСОВ ДЛЯ МАЛЕНЬКИХ СКВАЖИН ШАГ 1 Убедитесь, что скважина откачивается чистой, а песок и песчинки отсутствуют. . Список лучших насосов для скважинной воды. С погружными насосами 24. 5. Поиск подходящего скважинного насоса — задача, которую многие владельцы скважин знают и понимают. -Насос для глубоких скважин 22-25 футов. 4 декабря 2021 г. · Чугунный струйный насос для неглубоких скважин CountyLine CLTS10 подает воду с глубины 25 футов.в восточной части Нью-Йорка и дилером Goulds Water Technology более 35 лет, хорошо разбирается в надлежащем строительстве жилых скважин. Эта система идеально подходит для неглубоких скважин до 25 футов. 90 160 $. Идите вперед и наймите кого-нибудь с установкой для ремонта скважин. Вывод. x 10-5 / 6 дюйма. Теперь вы, наверное, спрашиваете. 25-футовый скважинный насос

      vx2 fnt yk3 hnj 4xr efm mse oar nzi 17h 4nq imk hft sf6 tcf yl1 mbh snp rhh zpq

      .

    About Author


    alexxlab

    Добавить комментарий

    Ваш адрес email не будет опубликован.